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Yorodumi- PDB-7yk3: Crystal structure of DarTG toxin-antitoxin complex from Mycobacte... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7yk3 | |||||||||
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Title | Crystal structure of DarTG toxin-antitoxin complex from Mycobacterium tuberculosis | |||||||||
Components |
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Keywords | TOXIN / DarT-DarG complex / Toxin-Antitoxin complex / Mycobacterium tuberculosis | |||||||||
Function / homology | Function and homology information peptidyl-glutamate ADP-deribosylation / Hydrolases; Glycosylases; Hydrolysing N-glycosyl compounds / glycosyltransferase activity / Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases / nucleotidyltransferase activity / hydrolase activity / DNA binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | |||||||||
Authors | Deep, A. / Kaur, J. / Singh, L. / Thakur, K.G. | |||||||||
Funding support | India, 2items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2023 Title: Structural insights into DarT toxin neutralization by cognate DarG antitoxin: ssDNA mimicry by DarG C-terminal domain keeps the DarT toxin inhibited. Authors: Deep, A. / Singh, L. / Kaur, J. / Velusamy, M. / Bhardwaj, P. / Singh, R. / Thakur, K.G. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7yk3.cif.gz | 339.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7yk3.ent.gz | 276.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7yk3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7yk3_validation.pdf.gz | 467 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7yk3_full_validation.pdf.gz | 475.6 KB | Display | |
Data in XML | 7yk3_validation.xml.gz | 33.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7yk3_validation.cif.gz | 47.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/7yk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/7yk3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7omyS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26844.420 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E183A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: darT, Rv0059 / Plasmid: pET DuetN-Rv0059 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Variant (production host): Rosetta(DE3) References: UniProt: O53604, Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases #2: Protein | Mass: 20836.672 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: darG, Rv0060 / Plasmid: pETDuetN-Rv0060 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta References: UniProt: O53605, Hydrolases; Glycosylases; Hydrolysing N-glycosyl compounds #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.47 Å3/Da / Density % sol: 16.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 / Details: 0.1 M NaHEPES, 20% w/v PEG 10000 / PH range: 6.5 - 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ELETTRA / Beamline: 11.2C / Wavelength: 0.978 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 21, 2019 / Details: LN2 closed loop cooling |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→34.48 Å / Num. obs: 34943 / % possible obs: 92.2 % / Redundancy: 3 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.135 / Χ2: 0.55 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 103813 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.27 Å / % possible obs: 91.4 % / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.649 / Num. measured all: 9078 / Num. unique obs: 3045 / CC1/2: 0.606 / Rpim(I) all: 0.455 / Rrim(I) all: 0.798 / Χ2: 0.52 / Net I/σ(I) obs: 2.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7OMY for DarT and RoseTTAFold predicted model for DarG Resolution: 2.2→34.48 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / Phase error: 27.54 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→34.48 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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