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- PDB-7yjw: Structure of Leptospira santarosai serovar shermani LRR protein L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yjw
タイトルStructure of Leptospira santarosai serovar shermani LRR protein LSS01692
要素Membrane protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Leptospira / Leptospirosis / Leucine-rich repeat / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine rich repeat protein
類似検索 - 構成要素
生物種Leptospira santarosai serovar Shermani (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wu, C.T. / Hsu, S.H. / Yang, C.W. / Sun, Y.J.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of Leptospira LSS_01692 reveals a dimeric structure and induces inflammatory responses through Toll-like receptor 2-dependent NF-kappa B and MAPK signal transduction pathways.
著者: Hsu, S.H. / Wu, C.T. / Sun, Y.J. / Chang, M.Y. / Li, C. / Ko, Y.C. / Chou, L.F. / Yang, C.W.
履歴
登録2022年7月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane protein
B: Membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5562
ポリマ－76,5562
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area28490 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)65.713, 78.862, 66.578
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 30 through 36 or resid 38 through 240 or resid 242 through 330))
21(chain B and (resid 30 through 36 or resid 38...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYGLUGLU(chain A and (resid 30 through 36 or resid 38 through 240 or resid 242 through 330))AA30 - 3630 - 36
12ALAALASERSER(chain A and (resid 30 through 36 or resid 38 through 240 or resid 242 through 330))AA38 - 24038 - 240
13LEULEUPHEPHE(chain A and (resid 30 through 36 or resid 38 through 240 or resid 242 through 330))AA242 - 330242 - 330
21GLYGLYGLUGLU(chain B and (resid 30 through 36 or resid 38...BB30 - 3630 - 36
22ALAALAASNASN(chain B and (resid 30 through 36 or resid 38...BB38 - 4138 - 41
23VALVALSERSER(chain B and (resid 30 through 36 or resid 38...BB45 - 24045 - 240
24LEULEUPHEPHE(chain B and (resid 30 through 36 or resid 38...BB242 - 330242 - 330

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要素

#1: タンパク質 Membrane protein


分子量: 38277.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira santarosai serovar Shermani (バクテリア)
遺伝子: LSS_01692 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K8Y546

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.21 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH=8.5), 2% Tasimate pH, and 16% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 10860 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 47.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.923 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 39710
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.2-3.263.20.6195020.8630.3980.7380.80498.2
3.26-3.313.40.6295720.7140.3910.7420.80198.3
3.31-3.383.60.5685120.7630.3530.6710.923100
3.38-3.453.70.4485540.8580.2720.5250.86299.3
3.45-3.523.70.4185470.8590.2540.490.911100
3.52-3.63.80.2865260.9310.170.3330.88399.6
3.6-3.693.80.2355640.9590.140.2740.97599.8
3.69-3.793.80.1865390.9660.1110.2170.98299.4
3.79-3.93.70.1315390.9860.0790.1541.03799.8
3.9-4.033.80.1215450.9830.0720.1410.96299.8
4.03-4.173.80.1045570.990.0620.1210.97399.3
4.17-4.343.80.0955320.9890.0560.1110.93399.3
4.34-4.543.70.0785440.9920.0470.0911.01399.1
4.54-4.783.70.0635450.9940.0380.0740.91499.1
4.78-5.073.70.0565520.9960.0340.0661.01899.1
5.07-5.463.70.0625340.9970.0370.0721.0998
5.46-6.013.70.0555510.9960.0330.0651.01899.1
6.01-6.873.60.0395490.9980.0240.0460.89798.6
6.87-8.623.60.0295570.9990.0180.0340.79698.9
8.62-303.40.01453910.0090.0160.59594.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U06

4u06


解像度: 3.2→29.65 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3039 983 10.01 %
Rwork0.2528 8835 -
obs0.2578 9818 90.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.28 Å2 / Biso mean: 45.3715 Å2 / Biso min: 9.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→29.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4824 0 0 0 4824
残基数----599
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1778X-RAY DIFFRACTION1.744TORSIONAL
12B1778X-RAY DIFFRACTION1.744TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.370.3356870.347875684355
3.37-3.580.39061240.31631148127282
3.58-3.850.34531580.26211373153199
3.86-4.240.27881540.239113881542100
4.24-4.850.27481490.21891384153399
4.85-6.10.27971500.24991412156299
6.11-29.650.29121610.23751374153597
精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0007-0.0011-0.00310.0109-0.0023-0.00340.0270.008-0.0634-0.0220.05060.01970.0472-0.01790.29310.0423-0.03940.1007-0.23220.3298-14.5404-3.747387.4467
2-0.00910.00680.0250.01020.0230.0060.05960.1659-0.0895-0.02750.0151-0.0214-0.02190.08250.0202-0.0072-0.0057-0.1123-0.357-0.3216-3.494329.762685.581
3-0.0001-0.0007-0.0001-0.00010.00050.00010.0136-0.00040.0011-0.00840.0070.0011-0.0058-0.00640.49620.0705-0.00870.5233-0.04570.5621-34.203963.6788111.4715
40.0058-0.0035-0.00050.0073-0.00450.0012-0.00020.0210.01050.0213-0.00670.0204-0.03610.01250.2420.00710.04070.232-0.09150.4076-20.99457.5931109.4933
5-0.00370.00760.00220.0070.0040.0094-0.0133-0.06460.04310.0081-0.10790.0782-0.01220.04850.0571-0.0391-0.00580.0517-0.1736-0.1413-10.258637.949116.3302
60.00230.0001-0.00170.00720.00440.0071-0.0080.015-0.03670.0012-0.05250.0342-0.00730.02930.21790.0201-0.01430.09360.01090.0454-16.54512.3259119.2055
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 144 )A30 - 144
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 145 through 330 )A145 - 330
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 30 through 51 )B30 - 51
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 52 through 118 )B52 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 119 through 233 )B119 - 233
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 234 through 330 )B234 - 330

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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