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- PDB-7yjr: Crystal structure of MCR-1-S treated by sodium aurothiomalate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yjr
タイトルCrystal structure of MCR-1-S treated by sodium aurothiomalate
要素Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1
キーワードTRANSFERASE / MCR-1-S / ANTIBIOTIC / sodium aurothiomalate
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / 転移酵素; リンを含む基を移すもの / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphoethanolamine transferase, N-terminal / Phosphoethanolamine transferase EptA/EptB / Phosphoethanolamine transferase / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhang, Q. / Sun, H. / Wang, M.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)R7070-18 香港
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2023
タイトル: Gold drugs as colistin adjuvants in the fight against MCR-1 producing bacteria.
著者: Zhang, Q. / Wang, M. / Hu, X. / Yan, A. / Ho, P.L. / Li, H. / Sun, H.
履歴
登録2022年7月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1
B: Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8574
ポリマ－74,4632
非ポリマー3942
水1,22568
1
A: Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4282
ポリマ－37,2311
非ポリマー1971
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4282
ポリマ－37,2311
非ポリマー1971
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.108, 83.878, 81.713
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1 / Polymyxin resistance protein MCR-1


分子量: 37231.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mcr1, mcr-1, APZ14_31440 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0R6L508, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100mM Tris-HNO3, pH 8.0, 32% PEG 3350, 25% Glycerol, 5mM sodium aurothiomalate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→80.72 Å / Num. obs: 39355 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 39.36 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 133992 / Scaling rejects: 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.98-2.093.30.48555630.9360.310.57887.8
6.28-9.93.50.03114190.9980.0190.03699.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimless0.7.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→58.16 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2296 1336 5.07 %
Rwork0.181 25009 -
obs0.1836 26345 94.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.98 Å2 / Biso mean: 39.1952 Å2 / Biso min: 18.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→58.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5052 0 2 68 5122
Biso mean--41.89 34.5 -
残基数----646
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.380.30081380.22432627276599
2.38-2.480.31951410.22872634277599
2.48-2.590.28511470.22182581272899
2.59-2.730.3198980.23611916201472
2.73-2.90.28311230.23762572269597
2.9-3.120.33331300.23772505263594
3.12-3.440.25741350.20492625276099
3.44-3.930.24261050.16832326243186
3.93-4.950.15521870.13392567275498
4.95-58.160.18731320.14212656278897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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