PDB-7yjq: Crystal structure of MCR-1-S treated by auranofin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yjq

タイトル

Crystal structure of MCR-1-S treated by auranofin

要素

Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1

キーワード

TRANSFERASE / MCR-1-S / ANTIBIOTIC / auranofin

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / 転移酵素; リンを含む基を移すもの / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Zhang, Q. / Sun, H. / Wang, M.

資金援助

香港, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2023
タイトル: Gold drugs as colistin adjuvants in the fight against MCR-1 producing bacteria.
著者: Zhang, Q. / Wang, M. / Hu, X. / Yan, A. / Ho, P.L. / Li, H. / Sun, H.

履歴

登録	2022年7月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yjq.cif.gz	139.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yjq.ent.gz	109.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yjq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yjq_validation.pdf.gz	766.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yjq_full_validation.pdf.gz	769.6 KB	表示
XML形式データ	7yjq_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	7yjq_validation.cif.gz	36.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/7yjq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/7yjq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yjpC 7yjrC 7yjsC 7yjtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1

B: Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1

ヘテロ分子

74.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.020, 84.490, 81.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.640, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1 / Polymyxin resistance protein MCR-1 分子量: 37231.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mcr1, mcr-1, APZ14_31440 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0R6L508, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-AU / GOLD ION 分子量: 196.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100mM Tris-HNO3, pH 8.0, 32% PEG 3350, 25% Glycerol, 5mM Auranofin

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→43.22 Å / Num. obs: 83349 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 17.1 / Num. measured all: 560362 / Scaling rejects: 145

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.64	6.9	1.16	6133	0.746	0.475	0.925	100
7.16-9.22	5.8	0.033	969	0.992	0.016	0.037	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.2	データスケーリング
PHENIX	1.15_3459	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→43.219 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2225	4252	5.11 %
R_work	0.1976	79032	-
obs	0.1989	83284	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.95 Å² / B_iso mean: 36.694 Å² / B_iso min: 16.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→43.219 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5044	0	2	176	5222
B_iso mean	-	-	28.99	33.91	-
残基数	-	-	-	-	646

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.3746	134	0.3245	2617	100
1.6182-1.6372	0.3384	128	0.3149	2636	100
1.6372-1.6572	0.306	130	0.2987	2639	100
1.6572-1.6782	0.3368	138	0.2694	2654	100
1.6782-1.7003	0.2753	144	0.2695	2596	100
1.7003-1.7236	0.3164	149	0.2614	2618	100
1.7236-1.7482	0.2748	149	0.2527	2597	100
1.7482-1.7743	0.2751	141	0.2438	2621	100
1.7743-1.802	0.2572	139	0.241	2638	100
1.802-1.8315	0.2632	144	0.2372	2619	100
1.8315-1.8631	0.2782	139	0.2311	2641	100
1.8631-1.897	0.3025	140	0.2291	2640	100
1.897-1.9335	0.2526	149	0.2177	2610	100
1.9335-1.973	0.2346	141	0.206	2638	100
1.973-2.0159	0.2383	142	0.215	2619	100
2.0159-2.0627	0.2597	153	0.216	2629	100
2.0627-2.1143	0.2262	146	0.208	2623	100
2.1143-2.1715	0.2451	135	0.2199	2627	100
2.1715-2.2354	0.2378	146	0.2102	2644	100
2.2354-2.3075	0.2623	135	0.2131	2635	100
2.3075-2.39	0.2297	138	0.2197	2650	100
2.39-2.4857	0.253	140	0.2196	2660	100
2.4857-2.5988	0.2579	150	0.2179	2610	100
2.5988-2.7358	0.2304	138	0.2116	2646	100
2.7358-2.9072	0.2432	145	0.2069	2629	100
2.9072-3.1316	0.2057	148	0.1969	2661	100
3.1316-3.4466	0.2005	144	0.1887	2628	100
3.4466-3.945	0.2043	154	0.1701	2636	100
3.945-4.9692	0.1624	123	0.1502	2663	99
4.9692-43.219	0.1912	150	0.1724	2708	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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