PDB-7yjp: Crystal structure of MCR-1 treated by AuCl

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yjp

タイトル

Crystal structure of MCR-1 treated by AuCl

要素

Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1

キーワード

TRANSFERASE / MCR-1-S / AuCl / ANTIBIOTIC

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / 転移酵素; リンを含む基を移すもの / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Zhang, Q. / Wang, M. / Sun, H.

資金援助

香港, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2023
タイトル: Gold drugs as colistin adjuvants in the fight against MCR-1 producing bacteria.
著者: Zhang, Q. / Wang, M. / Hu, X. / Yan, A. / Ho, P.L. / Li, H. / Sun, H.

履歴

登録	2022年7月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yjp.cif.gz	136.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yjp.ent.gz	107.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yjp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yjp_validation.pdf.gz	789.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yjp_full_validation.pdf.gz	791.2 KB	表示
XML形式データ	7yjp_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	7yjp_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/7yjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/7yjp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yjqC 7yjrC 7yjsC 7yjtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1

B: Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1

ヘテロ分子

74.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.110, 83.540, 81.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.240, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Probable phosphatidylethanolamine transferase Mcr-1 / Polymyxin resistance protein MCR-1 分子量: 37231.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mcr1, mcr-1, APZ14_31440 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0R6L508, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-AU / GOLD ION 分子量: 196.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100mM Tris-HNO3, pH 8.0, 32% PEG 3350, 25% Glycerol, 5mM AuCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.88→58.093 Å / Num. obs: 48894 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 11.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.88-1.93	3.5	0.677	3650	0.853	0.42	0.799	97.9
7.41-9.09	3.3	0.032	583	0.993	0.021	0.038	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.2	データスケーリング
PHENIX	dev_3339	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.88→58.093 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2445	2394	4.92 %
R_work	0.202	46313	-
obs	0.2041	48707	95.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.2 Å² / B_iso mean: 41.2595 Å² / B_iso min: 21.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.88→58.093 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5068	0	2	76	5146
B_iso mean	-	-	60.57	37.45	-
残基数	-	-	-	-	646

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.88-1.9184	0.3417	132	0.2791	2751	97
1.9184-1.9601	0.311	137	0.2719	2776	97
1.9601-2.0057	0.3411	138	0.2704	2737	97
2.0057-2.0559	0.4134	147	0.3684	2657	93
2.0559-2.1114	0.3488	140	0.2634	2729	97
2.1114-2.1736	0.2583	143	0.2417	2665	94
2.1736-2.2437	0.3175	156	0.2358	2787	97
2.2437-2.3239	0.3167	124	0.2544	2766	97
2.3239-2.417	0.4121	131	0.3503	2346	83
2.417-2.527	0.2892	148	0.2361	2795	98
2.527-2.6602	0.3042	166	0.2315	2766	97
2.6602-2.8269	0.261	124	0.2315	2788	98
2.8269-3.0451	0.2766	111	0.2293	2730	95
3.0451-3.3515	0.2369	126	0.2127	2741	95
3.3515-3.8364	0.2392	168	0.1825	2742	97
3.8364-4.8331	0.1636	151	0.1396	2779	97
4.8331-58.09	0.1806	152	0.1466	2758	95

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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