PDB-7yji: Crystal structure of Lpg1083 from Legionella pneumophila

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yji

タイトル

Crystal structure of Lpg1083 from Legionella pneumophila

要素

T4SS effector Lpg1083

キーワード

APOPTOSIS / T4SS Effector / Nuclear-Localization / Lamin-B2 / Importin-13

機能・相同性

ACETATE ION / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Ge, H. / Gao, J. / Chen, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J Mol Cell Biol / 年: 2023
タイトル: The bacterial effector SidN/Lpg1083 promotes cell death by targeting Lamin-B2.
著者: Gao, J. / Xu, W. / Tang, F. / Xu, M. / Zhou, Q. / Yang, X. / Zhang, N. / Ma, J. / Yang, Q. / Chen, X. / Qin, X. / Ge, H.

履歴

登録	2022年7月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yji.cif.gz	109.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yji.ent.gz	83.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yji.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yji_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yji_full_validation.pdf.gz	441 KB	表示
XML形式データ	7yji_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	7yji_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/7yji ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/7yji	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: T4SS effector Lpg1083

ヘテロ分子

27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: T4SS effector Lpg1083

ヘテロ分子

A: T4SS effector Lpg1083

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
55.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.660, 93.660, 136.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	T4SS effector Lpg1083 分子量: 27543.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: C3927_04810 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S6F9N6
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.65 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 2.4 M Sodium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97931 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97931 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→77.185 Å / Num. all: 17123 / Num. obs: 17123 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 15.7 % / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.162 / R_sym value: 0.157 / Net I/av σ(I): 3.2 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 268633

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.1-2.21	16.1	1.126	0.7	41671	2590	0.289	1.163	1.126	2.9	100
2.21-2.35	16.1	0.678	1.1	32168	1999	0.174	0.701	0.678	4.6	81.9
2.35-2.51	16	0.477	1.6	37255	2326	0.123	0.492	0.477	6.4	100
2.51-2.71	16	0.314	2.4	31317	1956	0.081	0.325	0.314	8.9	90.7
2.71-2.97	15.8	0.204	3.5	31773	2005	0.053	0.21	0.204	12.5	100
2.97-3.32	15.7	0.131	4.9	28417	1805	0.034	0.135	0.131	17.5	100
3.32-3.83	15.6	0.108	5.2	21565	1386	0.028	0.112	0.108	22	86
3.83-4.7	15.1	0.111	5	19667	1305	0.029	0.115	0.111	24.4	94.1
4.7-6.64	14.2	0.105	5	15554	1093	0.028	0.109	0.105	24	100
6.64-77.185	14.1	0.078	6.6	9246	658	0.022	0.081	0.078	25.5	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MOSFLM		データ削減
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→19.296 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2333	809	4.74 %
R_work	0.1821	16269	-
obs	0.1845	17078	94.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 117.73 Å² / B_iso mean: 44.5839 Å² / B_iso min: 14.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→19.296 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1859	0	4	103	1966
B_iso mean	-	-	72.75	43.88	-
残基数	-	-	-	-	225

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1001-2.2315	0.2733	154	0.2186	2791	100
2.2315-2.4035	0.238	105	0.1966	2410	85
2.4035-2.6448	0.2257	151	0.1907	2807	100
2.6448-3.0262	0.2448	121	0.191	2672	93
3.0262-3.8079	0.2603	125	0.1759	2666	92
3.8079-19.296	0.2115	153	0.1716	2923	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0857	-0.2091	0.0308	0.794	0.264	0.4357	0.0024	-0.124	-0.0554	0.0449	0.0747	-0.0172	-0.4475	-0.3023	0.1888	0.2289	0.185	-0.0052	0.1849	0.0886	0.284	-15.7084	18.0354	2.3069
2	0.1272	0.0608	0.0818	0.2902	-0.0064	0.4765	0.0303	-0.18	0.0656	0.2173	-0.0154	0.0261	-0.1924	-0.0631	-0.0001	0.2187	0.0669	0.0413	0.2487	-0.0085	0.2161	-12.3678	12.2624	13.9124
3	0.9455	-0.3219	0.0781	1.0552	0.0938	1.0361	-0.1317	-0.3545	0.0349	0.0606	0.2377	0.1156	-0.3302	0.0348	0.0001	0.3498	0.1053	0.0231	0.331	-0.0451	0.2903	-7.1591	20.3873	41.2998

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 32 )	A	1 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 81 )	A	33 - 81
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 82 through 225 )	A	82 - 225

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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