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- PDB-7yj1: Cryo-EM structure of SPT-ORMDL3 (ORMDL3-deltaN2) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yj1
タイトルCryo-EM structure of SPT-ORMDL3 (ORMDL3-deltaN2) complex
要素
  • (Serine palmitoyltransferase 1) x 2
  • ORM1-like protein 3
  • Serine palmitoyltransferase 2
  • Serine palmitoyltransferase small subunit A
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / TRANSFERASE-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sphinganine biosynthetic process / regulation of fat cell apoptotic process / negative regulation of ceramide biosynthetic process / sphingomyelin biosynthetic process / serine palmitoyltransferase complex / intracellular sphingolipid homeostasis / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / ceramide metabolic process / sphingosine biosynthetic process ...sphinganine biosynthetic process / regulation of fat cell apoptotic process / negative regulation of ceramide biosynthetic process / sphingomyelin biosynthetic process / serine palmitoyltransferase complex / intracellular sphingolipid homeostasis / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / ceramide metabolic process / sphingosine biosynthetic process / sphingolipid metabolic process / sphingolipid biosynthetic process / regulation of smooth muscle contraction / Sphingolipid de novo biosynthesis / ceramide biosynthetic process / positive regulation of lipophagy / motor behavior / negative regulation of B cell apoptotic process / adipose tissue development / specific granule membrane / myelination / positive regulation of autophagy / secretory granule membrane / positive regulation of protein localization to nucleus / pyridoxal phosphate binding / intracellular protein localization / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Small subunit of serine palmitoyltransferase-like / Small subunit of serine palmitoyltransferase-like / ORMDL family / ORMDL family / : / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II ...: / Small subunit of serine palmitoyltransferase-like / Small subunit of serine palmitoyltransferase-like / ORMDL family / ORMDL family / : / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine palmitoyltransferase 1 / Serine palmitoyltransferase 2 / ORM1-like protein 3 / Serine palmitoyltransferase small subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Xie, T. / Liu, P. / Gong, X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Ceramide sensing by human SPT-ORMDL complex for establishing sphingolipid homeostasis.
著者: Tian Xie / Peng Liu / Xinyue Wu / Feitong Dong / Zike Zhang / Jian Yue / Usha Mahawar / Faheem Farooq / Hisham Vohra / Qi Fang / Wenchen Liu / Binks W Wattenberg / Xin Gong /
要旨: The ORM/ORMDL family proteins function as regulatory subunits of the serine palmitoyltransferase (SPT) complex, which is the initiating and rate-limiting enzyme in sphingolipid biosynthesis. This ...The ORM/ORMDL family proteins function as regulatory subunits of the serine palmitoyltransferase (SPT) complex, which is the initiating and rate-limiting enzyme in sphingolipid biosynthesis. This complex is tightly regulated by cellular sphingolipid levels, but the sphingolipid sensing mechanism is unknown. Here we show that purified human SPT-ORMDL complexes are inhibited by the central sphingolipid metabolite ceramide. We have solved the cryo-EM structure of the SPT-ORMDL3 complex in a ceramide-bound state. Structure-guided mutational analyses reveal the essential function of this ceramide binding site for the suppression of SPT activity. Structural studies indicate that ceramide can induce and lock the N-terminus of ORMDL3 into an inhibitory conformation. Furthermore, we demonstrate that childhood amyotrophic lateral sclerosis (ALS) variants in the SPTLC1 subunit cause impaired ceramide sensing in the SPT-ORMDL3 mutants. Our work elucidates the molecular basis of ceramide sensing by the SPT-ORMDL complex for establishing sphingolipid homeostasis and indicates an important role of impaired ceramide sensing in disease development.
履歴
登録2022年7月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
改定 2.02025年6月18日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / em_software / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _em_admin.last_update / _em_software.name / _entity_name_com.name / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.12025年6月18日Data content type: EM metadata
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Group: Data processing / Experimental summary ...Data processing / Experimental summary / Other / Source and taxonomy / Structure summary
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
カテゴリ: em_admin / em_software ...em_admin / em_software / entity / entity_poly / entity_src_gen
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _em_admin.last_update / _em_software.name / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Serine palmitoyltransferase 2
E: Serine palmitoyltransferase 1
D: ORM1-like protein 3
C: Serine palmitoyltransferase small subunit A
A: Serine palmitoyltransferase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,1985
ポリマ－144,1985
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Serine palmitoyltransferase 2 / Long chain base biosynthesis protein 2 / LCB 2 / Long chain base biosynthesis protein 2a / LCB2a / ...Long chain base biosynthesis protein 2 / LCB 2 / Long chain base biosynthesis protein 2a / LCB2a / Serine-palmitoyl-CoA transferase 2 / SPT 2


分子量: 63232.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPTLC2, KIAA0526, LCB2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15270, serine C-palmitoyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Serine palmitoyltransferase 1 / Long chain base biosynthesis protein 1 / LCB 1 / Serine-palmitoyl-CoA transferase 1 / SPT 1 / SPT1


分子量: 5898.994 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-50 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPTLC1, LCB1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15269, serine C-palmitoyltransferase
#3: タンパク質 ORM1-like protein 3


分子量: 17398.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ORMDL3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N138
#4: タンパク質 Serine palmitoyltransferase small subunit A / Small subunit of serine palmitoyltransferase A


分子量: 10742.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPTSSA / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q969W0
#5: タンパク質 Serine palmitoyltransferase 1 / Long chain base biosynthesis protein 1 / LCB 1 / Serine-palmitoyl-CoA transferase 1 / SPT 1 / SPT1


分子量: 46925.828 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 51-473 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPTLC1, LCB1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15269, serine C-palmitoyltransferase
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SPT-ORMDL3 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.1_3865: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 317358 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0059341
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66712644
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d27.1431265
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0461413
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041604

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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