PDB-7yj0: Structural basis of oxepinone formation by a flavin-monooxygenase VibO

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yj0

タイトル

Structural basis of oxepinone formation by a flavin-monooxygenase VibO

要素

VibO

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Monooxygenase / Ring-expansive oxygenation

機能・相同性

FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

機能・相同性情報

生物種

Boreostereum vibrans (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.43 Å

データ登録者

Zhang, M.F. / Pan, L.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A flavin-monooxygenase catalyzing oxepinone formation and the complete biosynthesis of vibralactone.
著者: Feng, K.N. / Zhang, Y. / Zhang, M. / Yang, Y.L. / Liu, J.K. / Pan, L. / Zeng, Y.

履歴

登録	2022年7月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月17日	Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.2	2023年6月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yj0.cif.gz	497 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yj0.ent.gz	401.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yj0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/7yj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/7yj0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: VibO

B: VibO

C: VibO

D: VibO

ヘテロ分子

290 kDa, 4 ポリマー
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1

A: VibO

B: VibO

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
145 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: VibO

D: VibO

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
145 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.083, 92.504, 104.639
Angle α, β, γ (deg.)	89.874, 74.919, 75.746
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1

#1: タンパク質	VibO 分子量: 71815.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Boreostereum vibrans (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Tris pH 8.0, 16% w/v Polyethylene glycol 10,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.425→71.979 Å / Num. obs: 94891 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 42.67 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 2.425→2.467 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4814 / CC_1/2: 0.814

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
autoPROC		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
autoPROC		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.43→34.38 Å / SU ML: 0.3162 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 26.0521
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2297	4737	5 %
R_work	0.1762	90097	-
obs	0.1789	94834	92.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.43→34.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19255	0	218	444	19917

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0104	20012
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1475	27266
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0681	3010
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	3504
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.133	7089

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.43-2.45	0.3123	181	0.2471	3069	X-RAY DIFFRACTION	95.03
2.45-2.48	0.3088	149	0.2536	3075	X-RAY DIFFRACTION	94.82
2.48-2.51	0.3124	164	0.2381	3054	X-RAY DIFFRACTION	95.18
2.51-2.54	0.2965	166	0.2445	3086	X-RAY DIFFRACTION	94.73
2.54-2.58	0.3313	180	0.246	3064	X-RAY DIFFRACTION	94.44
2.58-2.61	0.3136	142	0.2467	3053	X-RAY DIFFRACTION	94.78
2.61-2.65	0.3613	151	0.2374	3086	X-RAY DIFFRACTION	94.98
2.65-2.69	0.3001	137	0.225	3133	X-RAY DIFFRACTION	94.59
2.69-2.73	0.2466	158	0.2129	3014	X-RAY DIFFRACTION	94.15
2.73-2.78	0.3024	159	0.2221	3029	X-RAY DIFFRACTION	94.6
2.78-2.82	0.2803	151	0.2262	3097	X-RAY DIFFRACTION	94.09
2.82-2.88	0.2931	159	0.2203	2999	X-RAY DIFFRACTION	93.49
2.88-2.93	0.3142	173	0.2197	2981	X-RAY DIFFRACTION	93.01
2.93-2.99	0.2657	179	0.2168	3060	X-RAY DIFFRACTION	93.13
2.99-3.06	0.2764	165	0.2125	2969	X-RAY DIFFRACTION	92.53
3.06-3.13	0.2755	153	0.2051	2951	X-RAY DIFFRACTION	91.46
3.13-3.2	0.2551	157	0.2033	2954	X-RAY DIFFRACTION	90.86
3.2-3.29	0.2627	151	0.2006	2854	X-RAY DIFFRACTION	88.77
3.29-3.39	0.28	163	0.1998	2735	X-RAY DIFFRACTION	85.06
3.39-3.5	0.2261	126	0.1901	2579	X-RAY DIFFRACTION	78.36
3.5-3.62	0.2376	146	0.1808	3063	X-RAY DIFFRACTION	95.28
3.62-3.77	0.2265	154	0.1728	3087	X-RAY DIFFRACTION	95.66
3.77-3.94	0.211	180	0.1621	3082	X-RAY DIFFRACTION	95.6
3.94-4.15	0.2124	170	0.1464	3102	X-RAY DIFFRACTION	95.48
4.15-4.4	0.182	173	0.1384	3087	X-RAY DIFFRACTION	95.41
4.4-4.74	0.1831	153	0.1261	3024	X-RAY DIFFRACTION	93.58
4.74-5.22	0.181	150	0.1393	3025	X-RAY DIFFRACTION	92.94
5.22-5.97	0.176	144	0.1509	2929	X-RAY DIFFRACTION	90.41
5.97-7.51	0.1764	133	0.1576	2711	X-RAY DIFFRACTION	83.11
7.51-34.38	0.1703	170	0.1337	3145	X-RAY DIFFRACTION	97.39

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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