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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yit | ||||||
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タイトル | Molecular mechanism of biased signaling at the kappa opioid receptor | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN/INHIBITOR/IMMUNE SYSTEM / Kappa Opioid Receptor / MEMBRANE PROTEIN / nalfurafine / opioids / MEMBRANE PROTEIN-INHIBITOR-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() dynorphin receptor activity / response to acrylamide / regulation of saliva secretion / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / G protein-coupled opioid receptor activity / negative regulation of luteinizing hormone secretion / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine secretion ...dynorphin receptor activity / response to acrylamide / regulation of saliva secretion / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / G protein-coupled opioid receptor activity / negative regulation of luteinizing hormone secretion / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine secretion / sensory perception / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / conditioned place preference / maternal behavior / receptor serine/threonine kinase binding / neuropeptide binding / positive regulation of p38MAPK cascade / eating behavior / behavioral response to cocaine / neuropeptide signaling pathway / estrous cycle / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / axon terminus / sensory perception of pain / T-tubule / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / sarcoplasmic reticulum / locomotory behavior / cellular response to glucose stimulus / electron transport chain / response to nicotine / response to insulin / synaptic vesicle membrane / response to estrogen / presynaptic membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / cellular response to lipopolysaccharide / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / response to ethanol / defense response to virus / periplasmic space / electron transfer activity / neuron projection / iron ion binding / immune response / dendrite / heme binding / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, K. / Che, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular mechanism of biased signaling at the kappa opioid receptor. 著者: El Daibani, A. / Paggi, J.M. / Kim, K. / Laloudakis, Y.D. / Popov, P. / Bernhard, S.M. / Krumm, B.E. / Olsen, R.H.J. / Diberto, J. / Carroll, F.I. / Katritch, V. / Wunsch, B. / Dror, R.O. / Che, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 224.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 147.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6b73S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34687.332 Da / 分子数: 1 / 変異: I135L,S324C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P41145 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 13570.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 12090.537 Da / 分子数: 1 / 変異: M1007W,V1084E,H1102I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0ABE7 |
#4: 化合物 | ChemComp-IVB / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.75 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.7 詳細: 40-200 mM magnesium sulfate hydrate, 100 mM sodium citrate tribasic dehydrate, 10 mM Manganese (II) chloride tetrahydrate 28-30% PEG400 PH範囲: 6.5-7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 83 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→38.38 Å / Num. obs: 40881 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 125.38 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.56 Å / Num. unique obs: 1594 / CC1/2: 0.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6B73 解像度: 3.3→37.14 Å / SU ML: 0.7198 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 43.3771 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 130.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→37.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 17.0017720896 Å / Origin y: 16.977098987 Å / Origin z: 5.50676474267 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |