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- PDB-7yit: Molecular mechanism of biased signaling at the kappa opioid receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yit
タイトルMolecular mechanism of biased signaling at the kappa opioid receptor
要素
  • Kappa-type opioid receptor
  • Nanobody39
  • Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN/INHIBITOR/IMMUNE SYSTEM / Kappa Opioid Receptor / MEMBRANE PROTEIN / nalfurafine / opioids / MEMBRANE PROTEIN-INHIBITOR-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to acrylamide / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / dynorphin receptor activity / regulation of saliva secretion / negative regulation of luteinizing hormone secretion / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / G protein-coupled opioid receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine secretion ...response to acrylamide / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / dynorphin receptor activity / regulation of saliva secretion / negative regulation of luteinizing hormone secretion / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / G protein-coupled opioid receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine secretion / sensory perception / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / receptor serine/threonine kinase binding / maternal behavior / conditioned place preference / neuropeptide binding / positive regulation of p38MAPK cascade / eating behavior / behavioral response to cocaine / neuropeptide signaling pathway / estrous cycle / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / axon terminus / T-tubule / sensory perception of pain / Peptide ligand-binding receptors / sarcoplasmic reticulum / locomotory behavior / response to insulin / response to nicotine / electron transport chain / cellular response to glucose stimulus / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / response to estrogen / synaptic vesicle membrane / presynaptic membrane / cellular response to lipopolysaccharide / G alpha (i) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / defense response to virus / perikaryon / response to ethanol / postsynaptic membrane / periplasmic space / electron transfer activity / neuron projection / immune response / iron ion binding / heme binding / dendrite / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. ...Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
nalfurafine / Soluble cytochrome b562 / Kappa-type opioid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kim, K. / Che, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM143061 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Molecular mechanism of biased signaling at the kappa opioid receptor.
著者: El Daibani, A. / Paggi, J.M. / Kim, K. / Laloudakis, Y.D. / Popov, P. / Bernhard, S.M. / Krumm, B.E. / Olsen, R.H.J. / Diberto, J. / Carroll, F.I. / Katritch, V. / Wunsch, B. / Dror, R.O. / Che, T.
履歴
登録2022年7月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kappa-type opioid receptor
D: Nanobody39
E: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8254
ポリマ－60,3493
非ポリマー4771
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.750, 76.530, 154.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Kappa-type opioid receptor / K-OR-1 / KOR-1


分子量: 34687.332 Da / 分子数: 1 / 変異: I135L,S324C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OPRK1, OPRK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P41145
#2: タンパク質 Nanobody39


分子量: 13570.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 12090.537 Da / 分子数: 1 / 変異: M1007W,V1084E,H1102I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0ABE7
#4: 化合物 ChemComp-IVB / nalfurafine / ~{N}-[(4~{R},4~{a}~{S},7~{R},7~{a}~{R},12~{b}~{S})-3-(cyclopropylmethyl)-4~{a},9-bis(oxidanyl)-1,2,4,5,6,7,7~{a},13-octahydro-4,12-methanobenzofuro[3,2-e]isoquinolin-7-yl]-3-(furan-3-yl)-~{N}-methyl-propanamide / ナルフラフィン


分子量: 476.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H32N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.7
詳細: 40-200 mM magnesium sulfate hydrate, 100 mM sodium citrate tribasic dehydrate, 10 mM Manganese (II) chloride tetrahydrate 28-30% PEG400
PH範囲: 6.5-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 83 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→38.38 Å / Num. obs: 40881 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 125.38 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 3.3→3.56 Å / Num. unique obs: 1594 / CC1/2: 0.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6B73

6b73


解像度: 3.3→37.14 Å / SU ML: 0.7198 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 43.3771
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3352 1244 10.02 %
Rwork0.2851 11176 -
obs0.2899 12420 94.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 130.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→37.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3351 0 35 0 3386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00453456
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82044754
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0446601
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046582
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.6089498
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.430.48491210.42871103X-RAY DIFFRACTION85.59
3.43-3.590.44911320.39821153X-RAY DIFFRACTION88.99
3.59-3.780.43681230.35161171X-RAY DIFFRACTION90.93
3.78-4.010.39391430.31771219X-RAY DIFFRACTION93.48
4.01-4.320.34111300.27771275X-RAY DIFFRACTION97.1
4.32-4.760.34711450.25711270X-RAY DIFFRACTION97.25
4.76-5.440.30721460.26761297X-RAY DIFFRACTION97.96
5.44-6.850.38321450.34151303X-RAY DIFFRACTION98.37
6.85-37.140.27641590.24521385X-RAY DIFFRACTION97.54
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.0017720896 Å / Origin y: 16.977098987 Å / Origin z: 5.50676474267 Å
111213212223313233
T1.21272234949 Å2-0.0212649239291 Å20.0479274005477 Å2-1.01671163001 Å20.0396183364128 Å2--1.02275481129 Å2
L0.468065266806 °20.0729281269411 °2-0.068590368063 °2-0.797256200009 °20.314382265946 °2--0.354124448379 °2
S-0.055411238046 Å °-0.00855830274128 Å °-0.0351967642503 Å °0.0202226992411 Å °-0.00510633175621 Å °-0.0537742290896 Å °0.0824376705096 Å °-0.188997555955 Å °0.0812938109448 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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