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- PDB-7yib: Crystal structure of wild-type Cap4 SAVED domain-containing recep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yib
タイトルCrystal structure of wild-type Cap4 SAVED domain-containing receptor from Enterobacter cloacae
要素CD-NTase-associated protein 4
キーワードHYDROLASE / SAVED domain-containing protein
機能・相同性SMODS-associated and fused to various effectors / SMODS-associated and fused to various effectors sensor domain / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding / CD-NTase-associated protein 4
機能・相同性情報
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Ko, T.-P. / Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Wang, Y.-C. / Chen, Y.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)109-2311-B241-001 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)111-2311-B-039-001-MY3 台湾
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / : 2023
タイトル: Specific recognition of cyclic oligonucleotides by Cap4 for phage infection.
著者: Chang, J.J. / You, B.J. / Tien, N. / Wang, Y.C. / Yang, C.S. / Hou, M.H. / Chen, Y.
履歴
登録2022年7月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD-NTase-associated protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6392
ポリマ-56,6031
非ポリマー351
6,720373
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area22330 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)150.958, 70.947, 56.468
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

CL

21A-932-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CD-NTase-associated protein 4 / Cap4 / Endodeoxyribonuclease Cap4


分子量: 56603.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
遺伝子: cap4, P853_02261 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0DUD5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M sodium chloride, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.979, 0.979, 0.954
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月9日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.9541
反射解像度: 2.18→30 Å / Num. obs: 60956 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 43.13
反射 シェル解像度: 2.18→2.26 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 5.95 / Num. unique obs: 3126 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.18→26.44 Å / SU ML: 0.1796 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.2279
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1998 3064 5.03 %
Rwork0.1656 57892 -
obs0.1673 60956 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→26.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3941 0 0 373 4314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00234027
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56565458
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0439595
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034725
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.87991489
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.18-2.210.2421240.21552394X-RAY DIFFRACTION89.48
2.21-2.250.28371350.21232527X-RAY DIFFRACTION96.24
2.25-2.280.22241410.20282628X-RAY DIFFRACTION99.25
2.29-2.330.23011340.2012657X-RAY DIFFRACTION99.86
2.33-2.370.25931380.18652625X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.420.21031400.18142666X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.470.23881430.18612664X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.530.21221390.1812641X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.590.22461460.18832671X-RAY DIFFRACTION99.93
2.59-2.660.20651410.19362624X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.740.24941450.19362650X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.830.23151380.19822698X-RAY DIFFRACTION99.96
2.83-2.930.25511410.18862619X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.050.2141380.18512639X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.190.2391370.18632660X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.350.19091430.17042660X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.560.1971410.162645X-RAY DIFFRACTION99.86
3.56-3.840.17391380.15252643X-RAY DIFFRACTION99.93
3.84-4.220.22331400.13722635X-RAY DIFFRACTION100
4.22-4.830.13841390.12062654X-RAY DIFFRACTION99.79
4.83-6.070.17381420.15872675X-RAY DIFFRACTION99.86
6.08-26.440.17761410.16452617X-RAY DIFFRACTION99.07
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.96798731511-1.163662660050.9151704660931.77694568636-0.9151160115210.9493073453420.08663943616580.04615610648150.00973928139995-0.110814677391-0.0486900198885-0.06605051319650.07207322776950.0310978116730.0002244774307170.255754656410.01750501526250.06238732134350.2695495853890.03538070085990.2884367139561.060156477516.096190539215.1277972329
21.09301225969-0.114564525467-0.3492493935520.375475340409-0.478236317420.3819809672390.005266831885840.09064881540340.372947479334-0.0670179764233-0.122114427421-0.01690758821840.02448346242620.00739945658775-0.05625713809780.3692263182710.02851393656160.01824493527890.3653459440050.08610471567010.34815627046649.520895911132.08886819097.07579731986
33.178625991360.55673366669-0.5841590476621.114063958730.3761501552431.1281715683-0.0783001974468-0.01130099086580.0872343822545-0.0574751055339-0.06168210936960.1924181137980.164761657234-0.0235469647107-3.36823039496E-50.3354766510860.02660334443950.00161454644080.284858538389-0.0483830911540.27989984998624.553625522921.764530090418.4950868801
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 192 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 193 through 287 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 288 through 499 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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