PDB-7yib: Crystal structure of wild-type Cap4 SAVED domain-containing recep...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yib

タイトル

Crystal structure of wild-type Cap4 SAVED domain-containing receptor from Enterobacter cloacae

要素

CD-NTase-associated protein 4

キーワード

HYDROLASE / SAVED domain-containing protein

機能・相同性

SMODS-associated and fused to various effectors / SMODS-associated and fused to various effectors sensor domain / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding / CD-NTase-associated protein 4

機能・相同性情報

生物種

Enterobacter cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Ko, T.-P. / Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Wang, Y.-C. / Chen, Y.

資金援助

台湾, 2件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Specific recognition of cyclic oligonucleotides by Cap4 for phage infection.
著者: Chang, J.J. / You, B.J. / Tien, N. / Wang, Y.C. / Yang, C.S. / Hou, M.H. / Chen, Y.

履歴

登録	2022年7月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yib.cif.gz	261.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yib.ent.gz	173.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yib.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yib_validation.pdf.gz	429.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yib_full_validation.pdf.gz	433.6 KB	表示
XML形式データ	7yib_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	7yib_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/7yib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/7yib	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yiaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CD-NTase-associated protein 4

ヘテロ分子

56.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.958, 70.947, 56.468
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-501- CL
2	1	A-932- HOH

#1: タンパク質	CD-NTase-associated protein 4 / Cap4 / Endodeoxyribonuclease Cap4 分子量: 56603.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: cap4, P853_02261 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0DUD5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.99 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M sodium chloride, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.979, 0.979, 0.954

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月9日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.954	1

反射

解像度: 2.18→30 Å / Num. obs: 60956 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 43.13

反射シェル

解像度: 2.18→2.26 Å / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 5.95 / Num. unique obs: 3126 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.17.1_3660	位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.18→26.44 Å / SU ML: 0.1796 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.2279
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1998	3064	5.03 %
R_work	0.1656	57892	-
obs	0.1673	60956	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→26.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3941	0	0	373	4314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	4027
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5656	5458
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0439	595
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0034	725
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.8799	1489

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.18-2.21	0.242	124	0.2155	2394	X-RAY DIFFRACTION	89.48
2.21-2.25	0.2837	135	0.2123	2527	X-RAY DIFFRACTION	96.24
2.25-2.28	0.2224	141	0.2028	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.25
2.29-2.33	0.2301	134	0.201	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.33-2.37	0.2593	138	0.1865	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.42	0.2103	140	0.1814	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.47	0.2388	143	0.1861	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.53	0.2122	139	0.181	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.59	0.2246	146	0.1883	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.59-2.66	0.2065	141	0.1936	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.74	0.2494	145	0.1936	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.83	0.2315	138	0.1982	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.83-2.93	0.2551	141	0.1886	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.05	0.214	138	0.1851	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.19	0.239	137	0.1863	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.35	0.1909	143	0.1704	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.56	0.197	141	0.16	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.56-3.84	0.1739	138	0.1525	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.84-4.22	0.2233	140	0.1372	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-4.83	0.1384	139	0.1206	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.79
4.83-6.07	0.1738	142	0.1587	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.86
6.08-26.44	0.1776	141	0.1645	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.07

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.96798731511	-1.16366266005	0.915170466093	1.77694568636	-0.915116011521	0.949307345342	0.0866394361658	0.0461561064815	0.00973928139995	-0.110814677391	-0.0486900198885	-0.0660505131965	0.0720732277695	0.031097811673	0.000224477430717	0.25575465641	0.0175050152625	0.0623873213435	0.269549585389	0.0353807008599	0.28843671395	61.0601564775	16.0961905392	15.1277972329
2	1.09301225969	-0.114564525467	-0.349249393552	0.375475340409	-0.47823631742	0.381980967239	0.00526683188584	0.0906488154034	0.372947479334	-0.0670179764233	-0.122114427421	-0.0169075882184	0.0244834624262	0.00739945658775	-0.0562571380978	0.369226318271	0.0285139365616	0.0182449352789	0.365345944005	0.0861047156701	0.348156270466	49.5208959111	32.0888681909	7.07579731986
3	3.17862599136	0.55673366669	-0.584159047662	1.11406395873	0.376150155243	1.1281715683	-0.0783001974468	-0.0113009908658	0.0872343822545	-0.0574751055339	-0.0616821093696	0.192418113798	0.164761657234	-0.0235469647107	-3.36823039496E-5	0.335476651086	0.0266033444395	0.0016145464408	0.284858538389	-0.048383091154	0.279899849986	24.5536255229	21.7645300904	18.4950868801

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 192 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 193 through 287 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 288 through 499 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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