PDB-7yia: Crystal structure of K74A mutant of Cap4 SAVED domain-containing ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yia

タイトル

Crystal structure of K74A mutant of Cap4 SAVED domain-containing receptor from Enterobacter cloacae

要素

CD-NTase-associated protein 4

キーワード

HYDROLASE / SAVED domain-containing protein

機能・相同性

SMODS-associated and fused to various effectors / SMODS-associated and fused to various effectors sensor domain / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleotide binding / DNA binding / CD-NTase-associated protein 4

機能・相同性情報

生物種

Enterobacter cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.428 Å

データ登録者

Ko, T.-P. / Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Wang, Y.-C. / Chen, Y.

資金援助

台湾, 2件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Specific recognition of cyclic oligonucleotides by Cap4 for phage infection.
著者: Chang, J.J. / You, B.J. / Tien, N. / Wang, Y.C. / Yang, C.S. / Hou, M.H. / Chen, Y.

履歴

登録	2022年7月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yia.cif.gz	119.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yia.ent.gz	86.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yia.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yia_validation.pdf.gz	428.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yia_full_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示
XML形式データ	7yia_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	7yia_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/7yia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/7yia	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yibSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CD-NTase-associated protein 4

ヘテロ分子

56.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.901, 70.212, 150.734
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	CD-NTase-associated protein 4 / Cap4 / Endodeoxyribonuclease Cap4 分子量: 56263.773 Da / 分子数: 1 / 変異: K74A / 由来タイプ: 組換発現詳細: The first Gly residue is generated by the expression vector. The second Met should be assigned as +1 position. 由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: cap4, P853_02261 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0DUD5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.03 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 0.2 M sodium acetate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.42→30 Å / Num. obs: 23087 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 28.7
反射シェル	解像度: 2.42→2.51 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2312 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP	11.7.03	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7YIB

7yib

解像度: 2.428→29.895 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 7.369 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.553 / ESU R Free: 0.255 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2192	1033	4.964 %
R_work	0.2019	19775	-
all	0.203	-	-
obs	-	20808	88.308 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.116 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.639 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.602 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.037 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.428→29.895 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3915	0	1	135	4051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	4001
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.414	1.644	5421
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.226	1.579	8521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.298	5	490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.785	21.867	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.647	15	667
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.476	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	521
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4603
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	977
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	820
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	3525
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1924
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.051	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.168	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.255	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.101	4.202	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.102	4.202	1965
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.403	6.289	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.401	6.289	2455
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.072	4.567	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.071	4.567	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.366	6.69	2967
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.366	6.69	2967
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.137	47.586	4353
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.14	47.577	4346

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.428-2.491	0.236	47	0.248	901	X-RAY DIFFRACTION	55.8633
2.491-2.558	0.258	54	0.232	1013	X-RAY DIFFRACTION	64.3935
2.558-2.632	0.26	49	0.226	1105	X-RAY DIFFRACTION	72.125
2.632-2.712	0.318	59	0.247	1226	X-RAY DIFFRACTION	80.6654
2.712-2.801	0.235	53	0.232	1309	X-RAY DIFFRACTION	90.4382
2.801-2.898	0.215	77	0.206	1344	X-RAY DIFFRACTION	96.4698
2.898-3.006	0.236	79	0.204	1354	X-RAY DIFFRACTION	99.8606
3.006-3.128	0.297	59	0.225	1312	X-RAY DIFFRACTION	100
3.128-3.265	0.265	78	0.212	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
3.265-3.423	0.224	55	0.213	1202	X-RAY DIFFRACTION	99.9205
3.423-3.605	0.208	54	0.224	1179	X-RAY DIFFRACTION	99.8381
3.605-3.82	0.3	42	0.242	766	X-RAY DIFFRACTION	70.6912
3.82-4.079	0.219	56	0.186	981	X-RAY DIFFRACTION	95.0504
4.079-4.399	0.182	51	0.159	968	X-RAY DIFFRACTION	99.902
4.399-4.809	0.141	48	0.132	882	X-RAY DIFFRACTION	99.7854
4.809-5.359	0.143	50	0.147	812	X-RAY DIFFRACTION	99.4233
5.359-6.156	0.311	44	0.205	719	X-RAY DIFFRACTION	100
6.156-7.461	0.23	37	0.209	632	X-RAY DIFFRACTION	99.8507
7.461-10.24	0.143	22	0.19	520	X-RAY DIFFRACTION	99.0859
10.24-29.895	0.17	19	0.255	301	X-RAY DIFFRACTION	89.8876

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)