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- PDB-7yi6: bnAb 3D1 in complex with 6-mer HR1 peptide from HCoV-229E S protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yi6
タイトルbnAb 3D1 in complex with 6-mer HR1 peptide from HCoV-229E S protein
要素
  • Spike glycoprotein
  • heavy chain of 3D1
  • light chain of 3D1
キーワードANTIVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / bnAb / HR1 / 6-mer / ANTIVIRAL PROTEIN / ANTIVIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. ...Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human coronavirus 229E (ヒトコロナウイルス 229E)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Yan, L. / Yang, G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cross-reactive epitopes between HIV and Coronavirus revealed by 3D1
著者: Yan, L. / Yang, G.
履歴
登録2022年7月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein
B: light chain of 3D1
D: heavy chain of 3D1
C: Spike glycoprotein
E: light chain of 3D1
F: heavy chain of 3D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,65713
ポリマ－93,2056
非ポリマー4527
水8,251458
1
A: Spike glycoprotein
B: light chain of 3D1
D: heavy chain of 3D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8868
ポリマ－46,6033
非ポリマー2845
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19140 Å2
手法PISA
2
C: Spike glycoprotein
E: light chain of 3D1
F: heavy chain of 3D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7715
ポリマ－46,6033
非ポリマー1682
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.906, 72.703, 86.264
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.540, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 836 through 841)
21chain C
12(chain B and (resid 3 through 8 or resid 10 through 212))
22(chain E and (resid 3 through 8 or resid 10 through 212))
13(chain D and (resid 1 through 134 or resid 140 through 220))
23chain F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALGLYGLY(chain A and resid 836 through 841)AA836 - 8412 - 7
211VALVALGLYGLYchain CCD836 - 8412 - 7
112ALAALAPROPRO(chain B and (resid 3 through 8 or resid 10 through 212))BB3 - 81 - 6
122ALAALAPROPRO(chain B and (resid 3 through 8 or resid 10 through 212))BB10 - 2128 - 210
212ALAALAPROPRO(chain E and (resid 3 through 8 or resid 10 through 212))EE3 - 81 - 6
222ALAALAPROPRO(chain E and (resid 3 through 8 or resid 10 through 212))EE10 - 2128 - 210
113PCAPCASERSER(chain D and (resid 1 through 134 or resid 140 through 220))DC1 - 1341 - 134
123GLYGLYPROPRO(chain D and (resid 1 through 134 or resid 140 through 220))DC140 - 220140 - 220
213PCAPCAPROPROchain FFF1 - 2201 - 220

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質・ペプチド / 抗体 / タンパク質 , 3種, 6分子 ACBEDF

#1: タンパク質・ペプチド Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 758.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human coronavirus 229E (ヒトコロナウイルス 229E)
遺伝子: S, 2
発現宿主: chemical production metagenome (メタゲノム)
参照: UniProt: P15423
#2: 抗体 light chain of 3D1


分子量: 22473.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 heavy chain of 3D1


分子量: 23370.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 465分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS buffer at pH 5.5 and 25% (w/v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2022年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→69.65 Å / Num. obs: 39040 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.28→2.34 Å / Num. unique obs: 3986 / CC1/2: 0.91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KVF

6kvf


解像度: 2.28→45.86 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2204 2000 5.13 %
Rwork0.1927 37006 -
obs0.1941 39006 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.79 Å2 / Biso mean: 32.46 Å2 / Biso min: 12.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.28→45.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6431 0 28 458 6917
Biso mean--43.57 34.5 -
残基数----869
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A42X-RAY DIFFRACTION10.987TORSIONAL
12C42X-RAY DIFFRACTION10.987TORSIONAL
21B1805X-RAY DIFFRACTION10.987TORSIONAL
22E1805X-RAY DIFFRACTION10.987TORSIONAL
31D1922X-RAY DIFFRACTION10.987TORSIONAL
32F1922X-RAY DIFFRACTION10.987TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.28-2.340.30511420.2444262699
2.34-2.40.25671420.2323264499
2.4-2.470.28731430.2211262199
2.47-2.550.28071400.2343261399
2.55-2.640.27771430.2222263199
2.64-2.750.26831430.22512660100
2.75-2.870.24651430.2109265799
2.87-3.030.24591430.2103263699
3.03-3.220.24341410.2185263099
3.22-3.460.19811440.1926265499
3.46-3.810.18951420.1848264399
3.81-4.360.18251450.1592266399
4.36-5.490.16211430.1427266299
5.5-60.21611460.1829266697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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