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- PDB-7yhj: Effector binding domain of LysR-Type transcription factor LrhA fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yhj
タイトルEffector binding domain of LysR-Type transcription factor LrhA from E. coli
要素Probable HTH-type transcriptional regulator LrhA
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Probable HTH-type transcriptional regulator LrhA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.237 Å
データ登録者Xie, C. / Jiang, X.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan) 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Effector binding domain of LysR-Type transcription factor LrhA from E. coli
著者: Xie, C. / Jiang, X.
履歴
登録2022年7月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable HTH-type transcriptional regulator LrhA
B: Probable HTH-type transcriptional regulator LrhA
C: Probable HTH-type transcriptional regulator LrhA
D: Probable HTH-type transcriptional regulator LrhA
E: Probable HTH-type transcriptional regulator LrhA
F: Probable HTH-type transcriptional regulator LrhA
G: Probable HTH-type transcriptional regulator LrhA
H: Probable HTH-type transcriptional regulator LrhA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,99311
ポリマ－284,6948
非ポリマー2983
水39622
1
A: Probable HTH-type transcriptional regulator LrhA
C: Probable HTH-type transcriptional regulator LrhA
E: Probable HTH-type transcriptional regulator LrhA
G: Probable HTH-type transcriptional regulator LrhA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,5496
ポリマ－142,3474
非ポリマー2022
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area31390 Å2
手法PISA
2
B: Probable HTH-type transcriptional regulator LrhA
H: Probable HTH-type transcriptional regulator LrhA

D: Probable HTH-type transcriptional regulator LrhA
F: Probable HTH-type transcriptional regulator LrhA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,4435
ポリマ－142,3474
非ポリマー961
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x+1/2,-y,z-1/21
Buried area6830 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area31370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.682, 169.312, 190.852
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Probable HTH-type transcriptional regulator LrhA


分子量: 35586.805 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: lrhA, genR, b2289, JW2284 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P36771
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.81 % / 解説: plate crystal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3350, 0.1 M HEPES, 0.2 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.23→50 Å / Num. obs: 43674 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.246 / Rpim(I) all: 0.172 / Rrim(I) all: 0.462 / Net I/σ(I): 3.2
反射 シェル解像度: 3.23→3.35 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 1.385 / Num. unique obs: 4278 / CC1/2: 0.5 / Rpim(I) all: 0.89 / Rrim(I) all: 2.385 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ONM

3onm


解像度: 3.237→48.713 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3376 2148 4.94 %RANDOM
Rwork0.3208 41343 --
obs0.3217 43491 97.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 110.45 Å2 / Biso mean: 36.6604 Å2 / Biso min: 12.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.237→48.713 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11809 0 17 22 11848
Biso mean--52.27 30 -
残基数----1532
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.237-3.3120.40051460.3466240788
3.312-3.39480.32881410.3449270896
3.3948-3.48660.35421380.3435269698
3.4866-3.58910.371150.3341276298
3.5891-3.70490.38581400.3265272298
3.7049-3.83730.33661660.3108272098
3.8373-3.99090.34131450.3091274698
3.9909-4.17240.31441270.3109275298
4.1724-4.39220.33421440.2964276298
4.3922-4.66720.31421550.3009275798
4.6672-5.02720.31421490.3278098
5.0272-5.53250.33311240.3128283299
5.5325-6.33160.3271640.3164281099
6.3316-7.97150.35311560.3268287399
7.9715-48.7130.32631380.3502301699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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