+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ygo | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | DNA duplex containing 5OHU-Hg(II)-T base pairs | ||||||||||||||||||||||||||||
Components | DNA (5'-D(*Keywords | DNA / metal-mediated base pair / metallo-DNA / mercury | Function / homology | : / DNA / DNA (> 10) | Function and homology information Biological species | synthetic construct (others) | Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.403 Å | Authors | Kondo, J. / Torigoe, H. / Arakawa, F. | Funding support | Japan, 1items |
Citation | Journal: J.Inorg.Biochem. / Year: 2023 | Title: Specific binding of Hg 2+ to mismatched base pairs involving 5-hydroxyuracil in duplex DNA. Authors: Torigoe, H. / Kondo, J. / Arakawa, F. History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ygo.cif.gz | 16.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7ygo.ent.gz | 9.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ygo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/7ygo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/7ygo | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 7ygpC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: DNA chain | Mass: 3656.351 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-HG / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.02 Å3/Da / Density % sol: 59.31 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: MPD, spermine, potassium nitrate, MOPS |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-5A / Wavelength: 1.0091 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 21, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0091 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→27.866 Å / Num. obs: 3345 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 10.032 % / Biso Wilson estimate: 71.07 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rrim(I) all: 0.038 / Χ2: 1.568 / Net I/σ(I): 30.95 / Num. measured all: 33557 / Scaling rejects: 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.403→27.866 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / Phase error: 31.81 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 92.16 Å2 / Biso mean: 72.6245 Å2 / Biso min: 60.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.403→27.866 Å
| ||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|