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- PDB-7ygg: Crystal structure of human CD47 in complex with engineered SIRPa.... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ygg | ||||||
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Title | Crystal structure of human CD47 in complex with engineered SIRPa.D1(N80A) | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / SIRPa-Fc fusion protein / IMM01 | ||||||
Function / homology | ![]() cellular response to interleukin-12 / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte extravasation / cell-cell adhesion mediator activity / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of interleukin-10 production / regulation of type II interferon production / ATP export / fibrinogen binding ...cellular response to interleukin-12 / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte extravasation / cell-cell adhesion mediator activity / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of interleukin-10 production / regulation of type II interferon production / ATP export / fibrinogen binding / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of interleukin-12 production / regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of interleukin-6 production / Signal regulatory protein family interactions / negative regulation of phagocytosis / thrombospondin receptor activity / tertiary granule membrane / cellular response to interleukin-1 / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of phagocytosis / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of T cell activation / cellular response to type II interferon / positive regulation of inflammatory response / cell migration / angiogenesis / inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yu, J. / Tian, W. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Human CD47 in Complex with Engineered SIRP alpha.D1(N80A). Authors: Yu, J. / Li, S. / Chen, D. / Liu, D. / Guo, H. / Yang, C. / Zhang, W. / Zhang, L. / Zhao, G. / Tu, X. / Peng, L. / Liu, S. / Bai, X. / Song, Y. / Jiang, Z. / Zhang, R. / Tian, W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 201 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 161.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 27.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2jjsS ![]() 5tz2S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 15261.130 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The sequence has been deposited to Genbank with accession number AAH26692.1. Residue N80A represents mutation. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 14245.014 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Chemical | #4: Sugar | ChemComp-NAG / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.14 Å3/Da / Density % sol: 60.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 30% w/v PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 2, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97935 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.76→47.19 Å / Num. obs: 19839 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 8.5 % / CC1/2: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.288 / Rpim(I) all: 0.109 / Rrim(I) all: 0.309 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 168759 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5TZ2, 2JJS Resolution: 2.76→47.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 26.921 / SU ML: 0.273 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.642 / ESU R Free: 0.336 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 125.96 Å2 / Biso mean: 49.453 Å2 / Biso min: 19.11 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.76→47.19 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.76→2.831 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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