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- PDB-7yfu: Structure of Rpgrip1l CC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yfu
タイトルStructure of Rpgrip1l CC2
要素Protein fantom
キーワードPROTEIN BINDING / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


thromboxane A2 receptor binding / nose development / neural tube patterning / pericardium development / lateral ventricle development / head development / establishment of planar polarity / ciliary transition zone / Hedgehog 'off' state / limb morphogenesis ...thromboxane A2 receptor binding / nose development / neural tube patterning / pericardium development / lateral ventricle development / head development / establishment of planar polarity / ciliary transition zone / Hedgehog 'off' state / limb morphogenesis / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / telencephalon development / corpus callosum development / olfactory bulb development / camera-type eye development / non-motile cilium assembly / regulation of smoothened signaling pathway / embryonic forelimb morphogenesis / embryonic hindlimb morphogenesis / determination of left/right symmetry / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment or maintenance of cell polarity / cochlea development / axoneme / cilium assembly / bicellular tight junction / cerebellum development / kidney development / liver development / brain development / cell-cell junction / in utero embryonic development / nuclear speck / ciliary basal body / cilium / centrosome / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RPGR-interacting protein 1, first C2 domain / RPGRIP1 family / RPGRIP1, C-terminal / First C2 domain of RPGR-interacting protein 1 / Retinitis pigmentosa G-protein regulator interacting C-terminal / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.5 Å
データ登録者He, R. / Chen, G. / Li, Z. / Li, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2023
タイトル: Structure of the N-terminal coiled-coil domains of the ciliary protein Rpgrip1l.
著者: He, R. / Chen, G. / Li, Z. / Li, J.
履歴
登録2022年7月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein fantom
B: Protein fantom


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5062
ポリマ－10,5062
非ポリマー00
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.620, 26.939, 37.469
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.690, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Protein fantom / Nephrocystin-8 / RPGR-interacting protein 1-like protein / RPGRIP1-like protein


分子量: 5252.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rpgrip1l, Ftm, Nphp8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CG73
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.26 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 2.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 13124 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 1.26 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 77240
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.5-1.534.10.3365510.9580.1770.3831.15985.2
1.53-1.554.70.3976000.9380.1990.4470.99892.2
1.55-1.585.60.3566670.9580.1620.3920.92698.2
1.58-1.626.10.3256200.9730.1390.3540.91199.5
1.62-1.656.30.2956730.9720.1250.3210.83299.7
1.65-1.696.20.266620.9760.1110.2830.73499.8
1.69-1.736.10.2296520.9810.0990.250.746100
1.73-1.785.80.1986790.9820.0890.2170.748100
1.78-1.835.80.1626320.9860.0730.1780.829100
1.83-1.896.30.1416630.9920.0590.1530.813100
1.89-1.966.40.1316700.9920.0550.1430.9499.9
1.96-2.046.20.1056540.9930.0450.1140.995100
2.04-2.135.70.0836660.9940.0370.0911.193100
2.13-2.245.90.0736660.9950.0330.081.487100
2.24-2.386.30.0666700.9960.0280.0721.491100
2.38-2.566.30.0616640.9960.0260.0661.698100
2.56-2.825.80.0536640.9980.0240.0581.68499.8
2.82-3.236.30.056740.9980.0220.0552.0399.9
3.23-4.075.80.0466880.9980.0210.0512.342100
4.07-305.70.0487090.9970.0220.0532.45899.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.18.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.5→21.16 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2154 628 4.79 %
Rwork0.1773 12492 -
obs0.1791 13120 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.23 Å2 / Biso mean: 27.9743 Å2 / Biso min: 10.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→21.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数714 0 0 112 826
Biso mean---37.18 -
残基数----88
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.650.19571450.17712960310594
1.65-1.890.22371570.195331293286100
1.89-2.380.22121590.189831663325100
2.38-21.160.21391670.168132373404100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.3021-4.5735-5.20654.10053.61723.936-0.8194-0.0606-0.90590.2048-0.01971.02030.0417-1.06680.67810.26370.0070.00530.3555-0.0590.3154-29.1685-6.551416.8905
25.13192.7982-1.49130.6853-1.0110.67870.02690.13130.28640.03820.00950.1484-0.05980.0158-0.09890.169-0.01180.00640.1313-0.01610.17111.93130.07110.0186
37.91591.6345-1.11352.33071.15481.8863-0.4267-0.25-0.9694-0.00220.3897-0.32861.2557-0.0376-0.00780.4809-0.00820.050.21910.04680.2865-20.5766-22.95437.0527
46.28512.66321.66260.56310.62520.6423-0.10810.1891-0.3152-0.04020.0878-0.08250.0387-0.0207-0.00510.1877-0.0393-0.00050.1444-0.02460.15475.1432-9.10748.3662
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -3 through 2 )A-3 - 2
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 3 through 40 )A3 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid -3 through 2 )B-3 - 2
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 40 )B3 - 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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