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万見
- PDB-7yfj: Crystal structure of human WTAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yfj
タイトルCrystal structure of human WTAP
要素Pre-mRNA-splicing regulator WTAP
キーワードPROTEIN BINDING / WTAP-VIRMA / m6A writer
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / mRNA modification / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA splicing / mRNA processing / nuclear membrane / nuclear speck / nucleoplasm / identical protein binding ...RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / mRNA modification / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA splicing / mRNA processing / nuclear membrane / nuclear speck / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA-splicing regulator WTAP / WTAP/Mum2p family
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-splicing regulator WTAP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Yan, X.H. / Guan, Z.Y. / Tang, C. / Yin, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2022
タイトル: AI-empowered integrative structural characterization of mA methyltransferase complex.
著者: Xuhui Yan / Kai Pei / Zeyuan Guan / Feiqing Liu / Junjun Yan / Xiaohuan Jin / Qiang Wang / Mengjun Hou / Chun Tang / Ping Yin /
履歴
登録2022年7月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing regulator WTAP
B: Pre-mRNA-splicing regulator WTAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9324
ポリマ－28,7782
非ポリマー1542
水1,51384
1
B: Pre-mRNA-splicing regulator WTAP
ヘテロ分子

A: Pre-mRNA-splicing regulator WTAP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9324
ポリマ－28,7782
非ポリマー1542
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area2890 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area16400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.754, 62.754, 336.345
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-341-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing regulator WTAP / Female-lethal(2)D homolog / hFL(2)D / WT1-associated protein / Wilms tumor 1-associating protein


分子量: 14389.101 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WTAP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15007
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.97 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: MES, magnesium nitrate, sodium bromide, PEG6000, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.397→48.9 Å / Num. obs: 16547 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 55.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.397→2.49 Å / 冗長度: 20.7 % / Rmerge(I) obs: 0.978 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 1679 / CC1/2: 0.978 / Rpim(I) all: 0.3 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→45.64 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 860 5.24 %
Rwork0.22 --
obs0.221 16410 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 81.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1543 0 10 84 1637
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081580
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9252106
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.483639
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004281
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.54680.28181190.2852506X-RAY DIFFRACTION99
2.5468-2.74340.29751260.26972549X-RAY DIFFRACTION100
2.7434-3.01950.28661450.24382551X-RAY DIFFRACTION100
3.0195-3.45620.27981500.25612566X-RAY DIFFRACTION100
3.4562-4.3540.20451490.19432630X-RAY DIFFRACTION100
4.354-45.640.23071710.20532748X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.8693 Å / Origin y: 31.4866 Å / Origin z: 14.2729 Å
111213212223313233
T0.6624 Å20.0113 Å20.0855 Å2-0.4474 Å2-0.0932 Å2--0.4906 Å2
L2.1416 °2-3.3347 °2-3.154 °2-5.6498 °25.472 °2--5.5549 °2
S-0.1545 Å °-0.2317 Å °-0.1168 Å °0.0536 Å °0.1798 Å °0.2614 Å °0.026 Å °0.3326 Å °-0.0167 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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