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- PDB-7yf4: Crystal structure of METTL9 in complex with SLC39A5 mutant peptid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yf4
タイトルCrystal structure of METTL9 in complex with SLC39A5 mutant peptide and SAH
要素
  • Protein-L-histidine N-pros-methyltransferase
  • SLC39A5 mutant peptide
キーワードTRANSFERASE / METTL9 / SLC39A5 / histidine methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-L-histidine N-pros-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation / endoplasmic reticulum / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Protein-L-histidine N-pros-methyltransferase / DREV methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Protein-L-histidine N-pros-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Xie, H. / Wang, X. / Xu, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for METTL9-mediated N1-histidine methylation.
著者: Wang, X. / Xie, H. / Guo, Q. / Cao, D. / Ru, W. / Zhao, S. / Zhu, Z. / Zhang, J. / Pan, W. / Yao, X. / Xu, C.
履歴
登録2022年7月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-L-histidine N-pros-methyltransferase
B: Protein-L-histidine N-pros-methyltransferase
C: SLC39A5 mutant peptide
D: SLC39A5 mutant peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2436
ポリマ－65,4744
非ポリマー7692
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area22970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.387, 43.213, 106.231
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 122.770, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein-L-histidine N-pros-methyltransferase / DORA reverse strand protein / DREV / DREV1 / Methyltransferase-like protein 9 / hMETTL9 / METTL9


分子量: 31554.012 Da / 分子数: 2 / 変異: L95A, F96A, L99A, F103A, V107A, F111A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL9, DREV, CGI-81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H1A3, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質・ペプチド SLC39A5 mutant peptide


分子量: 1183.197 Da / 分子数: 2 / 変異: S374A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL9, DREV, CGI-81 / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES monohydrate pH6.5, 12% w/v PEG 20000, 0.2 M sodium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→59.86 Å / Num. obs: 14118 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / Num. unique obs: 14118 / CC1/2: 0.894

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7YF2

7yf2


解像度: 2.75→59.86 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2853 1412 10 %
Rwork0.2228 12706 -
obs0.229 14118 97.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 117.41 Å2 / Biso mean: 60.217 Å2 / Biso min: 41.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→59.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4256 0 52 7 4315
Biso mean--53.57 53.41 -
残基数----539
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.75-2.850.41771420.324212791421100
2.85-2.960.38931430.318512851428100
2.96-3.090.40281470.281313321479100
3.09-3.260.36131400.257112621402100
3.26-3.460.31751320.23791180131292
3.46-3.730.34561300.23891169129989
3.73-4.10.29021340.22341205133993
4.1-4.70.24911450.181313071452100
4.7-5.920.23131480.208513271475100
5.92-59.860.22071510.18231360151199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.15120.50050.49861.22810.25841.30830.0195-0.13370.0407-0.18260.03670.0238-0.12760.00510.00010.3780.0044-0.00040.4709-0.01690.373924.346-6.34815.131
21.65630.5691-0.01721.0118-0.27831.30990.1301-0.3331-0.10490.1084-0.1578-0.03810.05240.0550.00010.3866-0.0647-0.01760.70330.02060.4327-8.779-24.54929.405
30.00390.0019-0.00480.0133-0.00540.00080.04810.06890.1899-0.33140.33660.2945-0.2004-0.07050.00250.5324-0.02720.02120.8113-0.00340.41814.008-3.865.774
40.0120.0055-0.0070.0154-0.01950.059-0.1177-0.0457-0.02370.0013-0.2393-0.2283-0.1294-0.0678-0.00080.68710.042-0.04210.6762-0.03040.7543-3.927-31.31819.436
50.10110.0184-0.11430.0262-0.00040.14550.162-0.0722-0.00050.0002-0.14050.31610.1597-0.0488-0.00150.71870.08260.03420.71360.14390.529316.613-7.72217.137
60.29890.13320.0720.08160.0370.0189-0.09780.0027-0.0252-0.1165-0.2260.11930.03690.05030.00030.64240.0265-0.15950.91740.11180.5484-1.544-21.91226.649
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 54:318 )A54 - 318
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 55:318 )B55 - 318
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID -3:3 )C-3 - 3
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID -3:2 )D-3 - 2
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 401:401 )A401
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 401:401 )B401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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