+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yf3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of METTL9 in complex with unmethylated S100A9 peptide and SAH | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSFERASE / METTL9 / S100A9 / histidine methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-L-histidine N-pros-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation / endoplasmic reticulum / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.434 Å | ||||||
データ登録者 | Xie, H. / Wang, X. / Xu, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023 タイトル: Molecular basis for METTL9-mediated N1-histidine methylation. 著者: Wang, X. / Xie, H. / Guo, Q. / Cao, D. / Ru, W. / Zhao, S. / Zhu, Z. / Zhang, J. / Pan, W. / Yao, X. / Xu, C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yf3.cif.gz | 119.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7yf3.ent.gz | 90 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yf3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7yf3_validation.pdf.gz | 931.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7yf3_full_validation.pdf.gz | 938.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7yf3_validation.xml.gz | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7yf3_validation.cif.gz | 27.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/7yf3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/7yf3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7y9cC 7yf2SC 7yf4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31554.012 Da / 分子数: 2 / 変異: L95A, F96A, L99A, F103A, V107A, F111A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL9, DREV, CGI-81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H1A3, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1121.192 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.27 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 30% (w/v) PEG 4000, 0.1 M NDSB-256 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.43→70.32 Å / Num. obs: 7067 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.43→3.64 Å / Num. unique obs: 7067 / CC1/2: 0.797 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7YF2 解像度: 3.434→70.319 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.3 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 85.48 Å2 / Biso mean: 60.1084 Å2 / Biso min: 47.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.434→70.319 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|