[日本語] English
万見
- PDB-7yf2: Crystal structure of METTL9 in complex with unmethylated SLC39A5 ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yf2
タイトルCrystal structure of METTL9 in complex with unmethylated SLC39A5 peptide and SAH
要素
  • Protein-L-histidine N-pros-methyltransferase
  • SLC39A5 peptide
キーワードTRANSFERASE / METTL9 / SLC39A5 / histidine methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-L-histidine N-pros-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation / endoplasmic reticulum / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Protein-L-histidine N-pros-methyltransferase / DREV methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Protein-L-histidine N-pros-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.691 Å
データ登録者Xie, H. / Wang, X. / Xu, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for METTL9-mediated N1-histidine methylation.
著者: Wang, X. / Xie, H. / Guo, Q. / Cao, D. / Ru, W. / Zhao, S. / Zhu, Z. / Zhang, J. / Pan, W. / Yao, X. / Xu, C.
履歴
登録2022年7月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein-L-histidine N-pros-methyltransferase
B: Protein-L-histidine N-pros-methyltransferase
C: SLC39A5 peptide
D: SLC39A5 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6026
ポリマ－65,8334
非ポリマー7692
水8,215456
1
A: Protein-L-histidine N-pros-methyltransferase
C: SLC39A5 peptide
ヘテロ分子

B: Protein-L-histidine N-pros-methyltransferase
D: SLC39A5 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6026
ポリマ－65,8334
非ポリマー7692
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_445x-1/2,y-1/2,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area24550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.838, 45.836, 106.415
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 122.640, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Protein-L-histidine N-pros-methyltransferase / DORA reverse strand protein / DREV / DREV1 / Methyltransferase-like protein 9 / hMETTL9 / METTL9


分子量: 31554.012 Da / 分子数: 2 / 変異: L95A, F96A, L99A, F103A, V107A, F111A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL9, DREV, CGI-81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H1A3, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質・ペプチド SLC39A5 peptide


分子量: 1362.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL9, DREV, CGI-81 / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M BICINE pH 9.0, 2% 1,4-Dioxane, 10% w/v PEG 20000, 12% Glycerol, 0.01 M TCEP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→60.56 Å / Num. obs: 63898 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.69→1.78 Å / Num. unique obs: 63898 / CC1/2: 0.892

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Model from alphaFold2

解像度: 1.691→35.418 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2184 1999 3.13 %
Rwork0.1792 61899 -
obs0.1804 63898 97.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.26 Å2 / Biso mean: 32.9245 Å2 / Biso min: 12.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.691→35.418 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4530 0 52 456 5038
Biso mean--23.46 38.23 -
残基数----567
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.691-1.73330.31291220.2545380585
1.7333-1.78010.26931390.2379427194
1.7801-1.83250.26151450.217448899
1.8325-1.89170.24991440.2108445799
1.8917-1.95930.25051430.206443399
1.9593-2.03770.23791440.1992446998
2.0377-2.13040.2221420.1905441898
2.1304-2.24280.22891450.1886449399
2.2428-2.38320.21211460.1878448699
2.3832-2.56720.23111430.1958444398
2.5672-2.82550.2191460.1918451199
2.8255-3.23410.21011450.1801449498
3.2341-4.07360.21951460.1534453899
4.0736-35.4180.1821490.1561459397
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.25560.4121-0.17050.8827-0.03320.90230.0280.00810.14190.01570.02260.0031-0.06280.0171-0.0440.15140.0104-0.0050.1314-0.01120.154724.5436-6.324614.7364
22.83780.9367-0.89511.512-0.6341.57480.2358-0.60340.04410.331-0.2154-0.007-0.14730.162-0.00740.2034-0.0543-0.0080.25610.00470.160363.2177-3.496729.7166
30.3620.3186-0.5062.0902-0.78370.78230.05790.30120.7896-0.3495-0.04780.6685-0.3228-0.23720.09210.23630.038-0.0260.25720.04690.382615.289-0.67946.074
40.41010.5909-0.25441.1169-0.58920.3633-0.3403-0.3589-0.7526-0.1457-0.2661-0.52340.61650.41810.54810.33020.07560.05360.32840.13140.382367.9382-13.956421.6016
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 44 through 401)A44 - 401
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 51 through 401)B51 - 401
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid -4 through 7)C-4 - 7
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid -4 through 7)D-4 - 7

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る