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万見
- PDB-7yf1: Structure of FABP at 1.7 Angstroms resolution. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yf1
タイトルStructure of FABP at 1.7 Angstroms resolution.
要素Fatty acid-binding protein, heart
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / FABP
機能・相同性
機能・相同性情報


Triglyceride catabolism / icosatetraenoic acid binding / positive regulation of long-chain fatty acid import into cell / regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / regulation of fatty acid oxidation / oleic acid binding / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / intracellular lipid transport / phospholipid homeostasis / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity ...Triglyceride catabolism / icosatetraenoic acid binding / positive regulation of long-chain fatty acid import into cell / regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / regulation of fatty acid oxidation / oleic acid binding / positive regulation of phospholipid biosynthetic process / intracellular lipid transport / phospholipid homeostasis / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / sarcoplasm / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / cytoskeletal protein binding / cholesterol homeostasis / fatty acid binding / extracellular space / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Fatty acid-binding protein, heart
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Liu, Y.h. / Wang, L.l.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Other governmentChina Postdoctoral Science Foundation:2020M682420 中国
Other governmentGuangzhou International Collaborative Grant:2019A050510027 中国
引用ジャーナル: Life / 年: 2022
タイトル: Structural Insights into Mouse H-FABP.
著者: Wang, L. / Zhang, H. / Lv, P. / Li, Y. / Teng, M. / Liu, Y. / Wu, D.
履歴
登録2022年7月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, heart
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0672
ポリマ－15,8111
非ポリマー2561
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area7060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.305, 54.419, 65.387
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, heart / Fatty acid-binding protein 3 / Heart-type fatty acid-binding protein / H-FABP / Mammary-derived ...Fatty acid-binding protein 3 / Heart-type fatty acid-binding protein / H-FABP / Mammary-derived growth inhibitor / MDGI


分子量: 15810.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fabp3, Fabph1
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: P11404
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 25% PEG 2000 MME, 0.1 M HEPES pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→41.83 Å / Num. obs: 15182 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 1.1 % / Biso Wilson estimate: 16.59 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.761 Å / Num. unique obs: 1456 / CC1/2: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G5W

1g5w


解像度: 1.7→41.83 Å / SU ML: 0.193 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.3159
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1967 760 5.01 %
Rwork0.1685 14422 -
obs0.1698 15182 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1038 0 18 212 1268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00561076
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85511449
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0587173
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3495154
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.830.22581670.21092786X-RAY DIFFRACTION99.09
1.83-2.020.19241380.1642847X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.310.19871380.17252874X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.910.19641680.1812874X-RAY DIFFRACTION100
2.91-41.830.19051490.15423041X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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