PDB-7yen: Crystal structure of the Keap1 Kelch domain in complex with Caffe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yen

タイトル

Crystal structure of the Keap1 Kelch domain in complex with Caffeic acid

要素

Kelch-like ECH-associated protein 1

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / Kelch -like ECH-associated protein 1

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Ub-specific processing proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Wang, C. / Jiang, L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Keap1 Kelch domain complexed with Caffeic acid
著者: Wang, C. / Jiang, L.

履歴

登録	2022年7月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yen.cif.gz	73.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yen.ent.gz	50.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yen.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yen_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yen_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	7yen_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	7yen_validation.cif.gz	17.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/7yen ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/7yen	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (3)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Kelch-like ECH-associated protein 1

ヘテロ分子

33.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.080, 103.080, 54.761
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 分子量: 32271.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z2X8

-
非ポリマー , 5種, 23分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-DHC / CAFFEIC ACID / 3,4-DIHYDROXYCINNAMIC ACID / 3,4-ジヒドロキシけい皮酸分子量: 180.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Ammonium sulfate, Lithium sulfate, Sodium citrate, pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 2 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 2 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→23.328 Å / Num. obs: 8306 / % possible obs: 99.772 % / 冗長度: 7.8 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 45.15
反射シェル	解像度: 2.8→2.871 Å / Num. unique obs: 8308 / CC_1/2: 0.998

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.8→23.328 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / WR_factor R_free: 0.238 / WR_factor R_work: 0.18 / SU B: 13.516 / SU ML: 0.256 / Average fsc free: 0.9071 / Average fsc work: 0.9318 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.363 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2369	366	4.408 %
R_work	0.1827	7937	-
all	0.185	-	-
obs	-	8303	99.772 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.226 Å²	-0.613 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.226 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.978 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→23.328 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2226	0	62	12	2300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2333
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.017	2012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.568	1.637	3179
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.233	1.571	4642
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.771	5	289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.649	20.538	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.289	15	337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.565	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	282
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2665
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	530
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	429
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.073	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.239	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.237	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.099	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.898	1.014	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.895	1.01	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.645	1.512	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.645	1.515	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.184	1.266	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.184	1.269	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.937	1.847	1732
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.936	1.85	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.626	11.992	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.625	12.001	2462

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.873	0.342	35	0.273	579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.873-2.951	0.41	25	0.252	560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.951-3.037	0.409	14	0.239	567	X-RAY DIFFRACTION	100
3.037-3.13	0.284	19	0.223	548	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.233	0.303	13	0.206	539	X-RAY DIFFRACTION	100
3.233-3.346	0.342	19	0.189	491	X-RAY DIFFRACTION	100
3.346-3.472	0.225	24	0.193	483	X-RAY DIFFRACTION	100
3.472-3.614	0.183	27	0.173	472	X-RAY DIFFRACTION	100
3.614-3.774	0.249	25	0.157	431	X-RAY DIFFRACTION	100
3.774-3.958	0.201	23	0.157	445	X-RAY DIFFRACTION	100
3.958-4.172	0.15	20	0.135	407	X-RAY DIFFRACTION	99.7664
4.172-4.424	0.149	25	0.125	374	X-RAY DIFFRACTION	100
4.424-4.729	0.105	6	0.13	381	X-RAY DIFFRACTION	100
4.729-5.107	0.184	16	0.123	339	X-RAY DIFFRACTION	100
5.107-5.592	0.198	15	0.172	312	X-RAY DIFFRACTION	100
5.592-6.249	0.234	15	0.184	290	X-RAY DIFFRACTION	100
6.249-7.21	0.222	10	0.208	256	X-RAY DIFFRACTION	100
7.21-8.816	0.215	21	0.2	211	X-RAY DIFFRACTION	100
8.816-12.407	0.24	10	0.159	165	X-RAY DIFFRACTION	100
12.407-23.328	0.438	4	0.267	87	X-RAY DIFFRACTION	84.2593

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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