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- PDB-7ye3: Crystal structure of Lactobacillus rhamnosus 4-deoxy-L-threo-5-he... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ye3
タイトルCrystal structure of Lactobacillus rhamnosus 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase KduI complexed with MES
要素4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
キーワードISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


5-dehydro-4-deoxy-D-glucuronate isomerase / 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase activity / D-galacturonate catabolic process / D-glucuronate catabolic process / pectin catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
5-keto 4-deoxyuronate isomerase / 5-keto-4-deoxyuronate isomerase, N-terminal / KduI/IolB isomerase / KduI/IolB family / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Lacticaseibacillus rhamnosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.553 Å
データ登録者Yamamoto, Y. / Oiki, S. / Takase, R. / Mikami, B. / Hashimoto, W.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: J Appl Glycosci (1999) / 年: 2023
タイトル: Crystal Structures of Lacticaseibacillus 4-Deoxy-L- threo- 5-hexosulose-uronate Ketol-isomerase KduI in Complex with Substrate Analogs.
著者: Iwase, H. / Yamamoto, Y. / Yamada, A. / Kawai, K. / Oiki, S. / Watanabe, D. / Mikami, B. / Takase, R. / Hashimoto, W.
履歴
登録2022年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
B: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
C: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
D: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
E: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
F: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,16316
ポリマ－199,9906
非ポリマー1,17310
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.035, 189.102, 114.852
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.120, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 2:195 or resseq 200 or resseq 202:267))
21(chain B and (resseq 2:195 or resseq 200 or resseq 202:267))
31(chain C and (resseq 2:195 or resseq 200 or resseq 202:267))
41chain D
51(chain E and (resseq 2:195 or resseq 200 or resseq 202:267))
61(chain F and (resseq 2:195 or resseq 200 or resseq 202:267))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERMETMET(chain A and (resseq 2:195 or resseq 200 or resseq 202:267))AA2 - 1952 - 195
12HISHISHISHIS(chain A and (resseq 2:195 or resseq 200 or resseq 202:267))AA200200
13ARGARGGLNGLN(chain A and (resseq 2:195 or resseq 200 or resseq 202:267))AA202 - 267202 - 267
21SERSERMETMET(chain B and (resseq 2:195 or resseq 200 or resseq 202:267))BB2 - 1952 - 195
22HISHISHISHIS(chain B and (resseq 2:195 or resseq 200 or resseq 202:267))BB200200
23ARGARGGLNGLN(chain B and (resseq 2:195 or resseq 200 or resseq 202:267))BB202 - 267202 - 267
31SERSERMETMET(chain C and (resseq 2:195 or resseq 200 or resseq 202:267))CC2 - 1952 - 195
32HISHISHISHIS(chain C and (resseq 2:195 or resseq 200 or resseq 202:267))CC200200
33ARGARGGLNGLN(chain C and (resseq 2:195 or resseq 200 or resseq 202:267))CC202 - 267202 - 267
41SERSERGLNGLNchain DDD2 - 2672 - 267
51SERSERMETMET(chain E and (resseq 2:195 or resseq 200 or resseq 202:267))EE2 - 1952 - 195
52HISHISHISHIS(chain E and (resseq 2:195 or resseq 200 or resseq 202:267))EE200200
53ARGARGGLNGLN(chain E and (resseq 2:195 or resseq 200 or resseq 202:267))EE202 - 267202 - 267
61SERSERMETMET(chain F and (resseq 2:195 or resseq 200 or resseq 202:267))FF2 - 1952 - 195
62HISHISHISHIS(chain F and (resseq 2:195 or resseq 200 or resseq 202:267))FF200200
63ARGARGGLNGLN(chain F and (resseq 2:195 or resseq 200 or resseq 202:267))FF202 - 267202 - 267

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要素

#1: タンパク質
4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase / 5-keto-4-deoxyuronate isomerase / DKI isomerase


分子量: 33331.629 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lacticaseibacillus rhamnosus (バクテリア)
遺伝子: kduI, HMPREF0539_0625 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: C2JUP1, 5-dehydro-4-deoxy-D-glucuronate isomerase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES (pH 6.5), 1 mM 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate, 1 mM rhamnose, 12% PEG 4000, 25% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 60742 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.38 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.34
反射 シェル解像度: 2.55→2.71 Å / 冗長度: 3.51 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / Num. unique obs: 19187 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7E4S

7e4s


解像度: 2.553→37.567 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.35 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 3029 4.99 %
Rwork0.1933 57649 -
obs0.1965 60678 98.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 224.15 Å2 / Biso mean: 86.2976 Å2 / Biso min: 39.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.553→37.567 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13229 0 54 9 13292
Biso mean--120.4 69.17 -
残基数----1644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813627
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1118453
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671943
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082393
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7588071
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7664X-RAY DIFFRACTION18.63TORSIONAL
12B7664X-RAY DIFFRACTION18.63TORSIONAL
13C7664X-RAY DIFFRACTION18.63TORSIONAL
14D7664X-RAY DIFFRACTION18.63TORSIONAL
15E7664X-RAY DIFFRACTION18.63TORSIONAL
16F7664X-RAY DIFFRACTION18.63TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.553-2.59290.47021340.3666255497
2.5929-2.63540.41921380.3521263899
2.6354-2.68080.4461340.3312255399
2.6808-2.72950.38371390.31262599
2.7295-2.7820.38041370.2851259999
2.782-2.83880.32751380.2738263299
2.8388-2.90050.38651370.274263199
2.9005-2.96790.34671350.2721259299
2.9679-3.04210.37271390.2552262899
3.0421-3.12430.31851370.2499262199
3.1243-3.21620.34631370.2506259299
3.2162-3.320.32111390.2427265699
3.32-3.43860.30431360.244260899
3.4386-3.57610.29831390.2325264199
3.5761-3.73880.30211390.2153263899
3.7388-3.93570.27911380.2004261499
3.9357-4.18190.25431390.1789264799
4.1819-4.50440.20621370.1429260999
4.5044-4.95670.16111380.1316260498
4.9567-5.67190.18851380.1461263899
5.6719-7.13790.22341400.1623265499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4755-0.09430.11030.16210.07130.3497-0.30160.1826-0.14160.01340.2240.19920.0353-0.1537-00.5857-0.17480.03790.5098-0.09320.583916.7425-94.97422.1381
2-0.00680.00140.0199-0.00480.03080.0298-0.325-0.2688-0.25860.33430.420.23650.2448-0.1076-0.00010.9021-0.02940.19880.82190.08810.90485.9721-94.626339.401
30.1116-0.0223-0.09150.0876-0.03490.0322-0.2608-0.06420.17840.24170.30930.36490.1912-0.1344-0.00010.5502-0.0528-0.01740.58540.04950.536710.6485-81.856635.0055
40.131-0.1099-0.13480.08740.10560.0927-0.1729-0.1135-0.03750.04980.25490.13160.1392-0.187100.6162-0.0006-0.03210.67250.0330.594214.8314-83.170735.8598
50.82410.1458-0.02050.0701-0.06540.4954-0.1978-0.2959-0.1455-0.1267-0.0531-0.24750.09620.115-0.00340.59750.0960.10570.49690.11950.464944.5632-96.155140.3552
60.0232-0.0106-0.04810.2196-0.03160.0947-0.1672-0.1841-0.0237-0.3162-0.0062-0.20770.19730.0957-0.00010.76020.05260.09250.59810.00140.59151.1145-88.475627.5375
70.03380.00660.0048-0.0045-0.00430.0301-0.1009-0.086-0.1154-0.08850.0498-0.09410.28470.2318-0.00010.96420.00820.09670.6194-0.06890.723543.038-95.138121.8295
80.0682-0.06760.12010.0994-0.00150.13440.0130.089-0.15-0.003-0.06260.082-0.0904-0.3698-0.00010.6973-0.0324-0.00950.5645-0.09770.602653.2011-64.48889.1123
90.1033-0.01760.10.0122-0.00790.0819-0.08360.13210.3448-0.0721-0.0159-0.25440.07480.049400.7864-0.04370.12270.4853-0.02920.616468.2125-62.4594-4.5388
100.1279-0.0888-0.0010.06440.09720.0361-0.0607-0.08550.1733-0.1288-0.0989-0.29890.34990.2157-00.8767-0.04650.17030.5482-0.13650.778669.247-63.6315-3.2335
110.045-0.0565-0.02710.0489-0.02860.00360.16730.0698-0.3622-0.02040.02010.0034-0.11220.05970.00270.73360.03560.10440.72910.02551.034976.1498-79.277513.5244
120.1448-0.06210.0510.07340.070.0893-0.1512-0.28730.0448-0.0478-0.1804-0.39070.12020.055-0.00020.73010.0090.17820.5987-0.0950.819170.1539-71.218814.5533
130.04450.03070.07060.0318-0.05590.1336-0.3589-0.2894-0.1731-0.2210.0621-0.18480.23880.1262-0.00030.8-0.01070.10220.5659-0.1280.565757.4246-76.275915.9991
140.04660.0161-0.04320.0485-0.02320.014-0.2014-0.03760.15360.16610.1292-0.06460.0225-0.11050.00010.73890.07130.03910.7835-0.1550.932767.918-67.259721.981
150.0581-0.09210.08710.2318-0.19570.6384-0.2027-0.30110.3860.05490.2265-0.38570.12480.1125-0.03470.45670.0681-0.15660.5642-0.28870.986765.2962-41.140225.8398
160.01210.0354-0.04560.0884-0.14130.1040.03850.2520.1329-0.1838-0.0342-0.4624-0.0518-0.1716-0.00020.57790.0134-0.00830.6322-0.16811.007357.494-29.412211.771
170.0707-0.13360.00480.13540.0160.0223-0.2529-0.14310.27910.1980.2104-0.3240.0736-0.06460.00020.568-0.0017-0.07610.5804-0.18350.757149.598-37.512419.3216
180.43950.6157-0.29630.8377-0.70310.43730.0057-0.0219-0.11640.25970.21240.1654-0.1706-0.033200.64850.15030.0130.59590.03670.46035.2204-46.859444.6472
190.0239-0.03130.0280.0328-0.01770.01110.02490.2008-0.22420.04680.18430.4779-0.2732-0.3938-0.00030.79090.10660.13120.76480.19440.7044-0.3099-60.435835.7477
200.02560.0786-0.00540.07970.00640.0036-0.14660.0324-0.23550.03220.12990.30610.1357-0.2162-0.00010.5970.1122-0.00540.69280.08310.61047.1017-60.170536.633
210.2761-0.02610.1680.88110.19720.3412-0.85690.8172-0.46860.05440.5668-0.28120.5523-0.8476-0.36140.516-0.2458-0.09751.2174-0.14210.360817.2147-43.185214.5371
220.11690.07280.30870.59520.3410.761-0.16670.76370.3835-0.0094-0.13530.05790.18030.138-0.55180.5301-0.0323-0.17611.5690.48740.61844.6109-30.478713.3948
230.01240.14770.08130.90930.23950.92370.15481.20080.84020.23741.08210.3721-0.655-0.42161.95590.15790.2109-0.31241.10050.62090.400913.7357-24.593417.0839
240.00250.0028-0.0134-0.0211-0.01330.02520.00840.17010.27650.03430.2435-0.4289-0.1798-0.22910.00050.49240.1121-0.1190.84520.19110.758828.5441-24.587319.0895
250.03860.02950.01970.01160.0160.0081-0.32890.0176-0.05420.69380.0340.1244-0.0911-0.04470.00010.8210.089-0.0860.93790.07980.653222.7114-33.140725.0028
260.11970.1315-0.08140.025-0.09930.0713-0.57570.598-0.07540.08490.4359-0.291-0.1015-0.442700.6264-0.0268-0.04970.7609-0.07350.426529.0864-34.834618.0253
27-0.00220.00010.00020.0119-0.0232-0.00390.0157-0.14530.1074-0.2590.00910.11640.06670.2694-0.00011.02380.0058-0.01361.4904-0.17041.270525.4594-30.249633.8925
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 141 )A2 - 141
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 142 through 179 )A142 - 179
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 180 through 229 )A180 - 229
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 230 through 279 )A230 - 279
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 179 )B2 - 179
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 180 through 256 )B180 - 256
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 257 through 280 )B257 - 280
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 2 through 54 )C2 - 54
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 55 through 108 )C55 - 108
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 109 through 141 )C109 - 141
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 142 through 162 )C142 - 162
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 163 through 210 )C163 - 210
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 211 through 256 )C211 - 256
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 257 through 280 )C257 - 280
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 2 through 141 )D2 - 141
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 142 through 202 )D142 - 202
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 203 through 267 )D203 - 267
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 2 through 179 )E2 - 179
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 180 through 202 )E180 - 202
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 203 through 280 )E203 - 280
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 2 through 65 )F2 - 65
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 66 through 108 )F66 - 108
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 109 through 179 )F109 - 179
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 180 through 196 )F180 - 196
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 197 through 210 )F197 - 210
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 211 through 264 )F211 - 264
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 265 through 279 )F265 - 279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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