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- PDB-7ydx: Crystal structure of human RIPK1 kinase domain in complex with co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ydx
タイトルCrystal structure of human RIPK1 kinase domain in complex with compound RI-962
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / RIPK1 / kinase / complex / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ATP:ADP antiporter activity / ripoptosome assembly / positive regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of miRNA processing / ripoptosome assembly involved in necroptotic process / death domain binding / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / TRIF-mediated programmed cell death / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death ...regulation of ATP:ADP antiporter activity / ripoptosome assembly / positive regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of miRNA processing / ripoptosome assembly involved in necroptotic process / death domain binding / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / TRIF-mediated programmed cell death / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / programmed necrotic cell death / TNF signaling / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / T cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / positive regulation of macrophage differentiation / necroptotic signaling pathway / JUN kinase kinase kinase activity / peptidyl-serine autophosphorylation / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of necroptotic process / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / death-inducing signaling complex / negative regulation of necroptotic process / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / death receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of programmed cell death / TRP channels / positive regulation of programmed necrotic cell death / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / positive regulation of execution phase of apoptosis / necroptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to tumor necrosis factor / signaling adaptor activity / extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / positive regulation of JNK cascade / protein catabolic process / Regulation of necroptotic cell death / cellular response to growth factor stimulus / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of neuron apoptotic process / Ovarian tumor domain proteases / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to oxidative stress / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / protein autophosphorylation / receptor complex / endosome membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / Ub-specific processing proteases / protein kinase activity / intracellular signal transduction / inflammatory response / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
RIP1, Death domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...RIP1, Death domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3CI / IODIDE ION / Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.642 Å
データ登録者Zhang, L. / Wang, Y. / Li, Y. / Wu, C. / Luo, X. / Wang, T. / Lei, J. / Yang, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Generative deep learning enables the discovery of a potent and selective RIPK1 inhibitor.
著者: Li, Y. / Zhang, L. / Wang, Y. / Zou, J. / Yang, R. / Luo, X. / Wu, C. / Yang, W. / Tian, C. / Xu, H. / Wang, F. / Yang, X. / Li, L. / Yang, S.
履歴
登録2022年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,78711
ポリマ－66,9372
非ポリマー1,8499
水1,17165
1
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子

B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,78711
ポリマ－66,9372
非ポリマー1,8499
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1/2,-y,z-1/21
Buried area2380 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area24480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.569, 97.530, 132.377
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1 / Cell death protein RIP / Receptor-interacting protein 1 / RIP-1


分子量: 33468.730 Da / 分子数: 2 / 変異: C34A,C217A,C233A,C240A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RIPK1, RIP, RIP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13546, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-3CI / 1-methyl-5-[2-(2-methylpropanoylamino)-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl]-N-[(1S)-1-phenylethyl]indole-3-carboxamide


分子量: 480.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H28N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.25M ammonium iodide, 0.03M glycyl-glycyl-glycine, 23% polyethylene glycol (PEG) 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→50 Å / Num. obs: 18712 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 40.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 36
反射 シェル解像度: 2.64→2.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.167 / Num. unique obs: 873 / CC1/2: 0.781

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ITJ

4itj


解像度: 2.642→48.765 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2892 1844 10 %
Rwork0.2603 16589 -
obs0.2632 18433 98.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.09 Å2 / Biso mean: 42.1556 Å2 / Biso min: 16.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.642→48.765 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4229 0 79 65 4373
Biso mean--29.75 42.05 -
残基数----532
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6422-2.71360.34291140.32271026114082
2.7136-2.79350.39911400.3071261140198
2.7935-2.88360.3331390.327412451384100
2.8836-2.98670.37661430.32912961439100
2.9867-3.10620.34681410.315712601401100
3.1062-3.24760.36551430.299112841427100
3.2476-3.41880.39361420.287212871429100
3.4188-3.63290.32831430.263612861429100
3.6329-3.91330.27981450.248712941439100
3.9133-4.30690.2471430.230313011444100
4.3069-4.92960.18971460.211813071453100
4.9296-6.20880.2481480.243313281476100
6.2088-48.7650.25271570.228914141571100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3320.249-0.40262.29010.38491.3756-0.0616-0.0497-0.18660.09890.0998-0.18440.10660.0079-0.03020.19020.0106-0.07130.2174-0.03670.2289-8.9844-15.864226.1282
2-0.0521-0.24210.18140.9043-0.3386-0.0221-0.712-0.036-0.4241-0.37410.1371-0.8683-0.49431.1907-0.0134-0.026-0.0041-0.15060.3315-0.07420.4973.4697-6.879520.6015
30.85640.0767-0.51191.2213-0.36641.20350.37680.26680.27710.15560.0421-0.03-0.8068-0.4328-0.03340.35270.1095-0.12840.2512-0.02350.1503-13.82097.691919.2075
41.0289-0.6812-0.11292.114-0.26920.9941-0.0136-0.07870.12580.33130.0015-0.0214-0.11580.0199-0.00970.2117-0.01760.00470.23590.02690.2049-22.79295.649752.6043
51.26590.14160.32941.1494-0.07572.04680.1626-0.0235-0.15780.10970.02280.30210.5003-0.2297-0.02580.2727-0.0385-0.03810.19020.03030.3095-27.6789-16.641654.6388
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 154 )A8 - 154
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 155 through 206 )A155 - 206
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 207 through 294 )A207 - 294
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 9 through 170 )B9 - 170
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 171 through 294 )B171 - 294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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