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万見
- PDB-7ydq: Structure of PfNT1(Y190A)-GFP in complex with GSK4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ydq
タイトルStructure of PfNT1(Y190A)-GFP in complex with GSK4
要素Nucleoside transporter 1,Green fluorescent protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / malaria / nucleoside transporter / GSK4 / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / Ribavirin ADME / adenosine transport / Azathioprine ADME / nucleoside transmembrane transporter activity / purine nucleobase transport / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Equilibrative nucleoside transporter / MFS transporter superfamily / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IRX / Green fluorescent protein / Nucleoside transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.04 Å
データ登録者Wang, C. / Yu, L.Y. / Li, J.L. / Ren, R.B. / Deng, D.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)National Key R&D Program of China 2016YFA0502700 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171211 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of the substrate recognition and inhibition mechanism of Plasmodium falciparum nucleoside transporter PfENT1.
著者: Chen Wang / Leiye Yu / Jiying Zhang / Yanxia Zhou / Bo Sun / Qingjie Xiao / Minhua Zhang / Huayi Liu / Jinhong Li / Jialu Li / Yunzi Luo / Jie Xu / Zhong Lian / Jingwen Lin / Xiang Wang / ...著者: Chen Wang / Leiye Yu / Jiying Zhang / Yanxia Zhou / Bo Sun / Qingjie Xiao / Minhua Zhang / Huayi Liu / Jinhong Li / Jialu Li / Yunzi Luo / Jie Xu / Zhong Lian / Jingwen Lin / Xiang Wang / Peng Zhang / Li Guo / Ruobing Ren / Dong Deng /
要旨: By lacking de novo purine biosynthesis enzymes, Plasmodium falciparum requires purine nucleoside uptake from host cells. The indispensable nucleoside transporter ENT1 of P. falciparum facilitates ...By lacking de novo purine biosynthesis enzymes, Plasmodium falciparum requires purine nucleoside uptake from host cells. The indispensable nucleoside transporter ENT1 of P. falciparum facilitates nucleoside uptake in the asexual blood stage. Specific inhibitors of PfENT1 prevent the proliferation of P. falciparum at submicromolar concentrations. However, the substrate recognition and inhibitory mechanism of PfENT1 are still elusive. Here, we report cryo-EM structures of PfENT1 in apo, inosine-bound, and inhibitor-bound states. Together with in vitro binding and uptake assays, we identify that inosine is the primary substrate of PfENT1 and that the inosine-binding site is located in the central cavity of PfENT1. The endofacial inhibitor GSK4 occupies the orthosteric site of PfENT1 and explores the allosteric site to block the conformational change of PfENT1. Furthermore, we propose a general "rocker switch" alternating access cycle for ENT transporters. Understanding the substrate recognition and inhibitory mechanisms of PfENT1 will greatly facilitate future efforts in the rational design of antimalarial drugs.
履歴
登録2022年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside transporter 1,Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3772
ポリマ－77,0361
非ポリマー3411
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Nucleoside transporter 1,Green fluorescent protein


分子量: 77035.766 Da / 分子数: 1 / 変異: Y190A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PfNT1(Y190A) fused with GFP the GFP was inserted into PfNT1 between K370 and K371
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: PF3D7_1347200, GFP / 細胞株 (発現宿主): IPLB-Sf-21-AE(Sf9)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8IDM6, UniProt: P42212
#2: 化合物 ChemComp-IRX / 5-methyl-N-[2-(2-oxidanylideneazepan-1-yl)ethyl]-2-phenyl-1,3-oxazole-4-carboxamide


分子量: 341.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: nucleoside/nucleobase transporter fusion with GFP / タイプ: COMPLEX
詳細: the cDNA of the GFP was cloned into PfNT1 between K370 and K371
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 47.5 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)36329
21Aequorea victoria (オワンクラゲ)6100
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1100 nm
撮影電子線照射量: 52.452 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 329768 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 171.65 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00314897
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69896636
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0425757
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0059825
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.3851627

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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