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- PDB-7yd8: TR-SFX MmCPDII-DNA complex: 2 ns snapshot. Includes 2 ns, dark, a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yd8
タイトルTR-SFX MmCPDII-DNA complex: 2 ns snapshot. Includes 2 ns, dark, and extrapolated structure factors
要素
  • (CPD photolesion containing ...) x 2
  • Deoxyribodipyrimidine photolyase
  • complementary oligonucleotide to the CPD containing DNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Flavoprotein / photolyase / light driven electron transfer / DNA repair / time-resolved serial crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribodipyrimidine photo-lyase / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / DNA repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA photolyase class 2 / : / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DNA / DNA (> 10) / Deoxyribodipyrimidine photo-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Maestre-Reyna, M. / Wang, P.-H. / Nango, E. / Hosokawa, Y. / Saft, M. / Furrer, A. / Yang, C.-H. / Ngura Putu, E.P.G. / Wu, W.-J. / Emmerich, H.-J. ...Maestre-Reyna, M. / Wang, P.-H. / Nango, E. / Hosokawa, Y. / Saft, M. / Furrer, A. / Yang, C.-H. / Ngura Putu, E.P.G. / Wu, W.-J. / Emmerich, H.-J. / Engilberge, S. / Caramello, N. / Wranik, M. / Glover, H.L. / Franz-Badur, S. / Wu, H.-Y. / Lee, C.-C. / Huang, W.-C. / Huang, K.-F. / Chang, Y.-K. / Liao, J.-H. / Weng, J.-H. / Gad, W. / Chang, C.-W. / Pang, A.H. / Gashi, D. / Beale, E. / Ozerov, D. / Milne, C. / Cirelli, C. / Bacellar, C. / Sugahara, M. / Owada, S. / Joti, Y. / Yamashita, A. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Luo, F.J. / Tono, K. / Kiontke, S. / Spadaccini, R. / Royant, A. / Yamamoto, J. / Iwata, S. / Standfuss, J. / Essen, L.-O. / Bessho, Y. / Tsai, M.-D.
資金援助 台湾, 日本, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)AS-KPQ-105-TPP 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)AS-KPQ-109-TPP2 台湾
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16K01942 日本
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Visualizing the DNA repair process by a photolyase at atomic resolution.
著者: Maestre-Reyna, M. / Wang, P.H. / Nango, E. / Hosokawa, Y. / Saft, M. / Furrer, A. / Yang, C.H. / Gusti Ngurah Putu, E.P. / Wu, W.J. / Emmerich, H.J. / Caramello, N. / Franz-Badur, S. / Yang, ...著者: Maestre-Reyna, M. / Wang, P.H. / Nango, E. / Hosokawa, Y. / Saft, M. / Furrer, A. / Yang, C.H. / Gusti Ngurah Putu, E.P. / Wu, W.J. / Emmerich, H.J. / Caramello, N. / Franz-Badur, S. / Yang, C. / Engilberge, S. / Wranik, M. / Glover, H.L. / Weinert, T. / Wu, H.Y. / Lee, C.C. / Huang, W.C. / Huang, K.F. / Chang, Y.K. / Liao, J.H. / Weng, J.H. / Gad, W. / Chang, C.W. / Pang, A.H. / Yang, K.C. / Lin, W.T. / Chang, Y.C. / Gashi, D. / Beale, E. / Ozerov, D. / Nass, K. / Knopp, G. / Johnson, P.J.M. / Cirelli, C. / Milne, C. / Bacellar, C. / Sugahara, M. / Owada, S. / Joti, Y. / Yamashita, A. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Luo, F. / Tono, K. / Zarzycka, W. / Muller, P. / Alahmad, M.A. / Bezold, F. / Fuchs, V. / Gnau, P. / Kiontke, S. / Korf, L. / Reithofer, V. / Rosner, C.J. / Seiler, E.M. / Watad, M. / Werel, L. / Spadaccini, R. / Yamamoto, J. / Iwata, S. / Zhong, D. / Standfuss, J. / Royant, A. / Bessho, Y. / Essen, L.O. / Tsai, M.D.
履歴
登録2022年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyribodipyrimidine photolyase
B: Deoxyribodipyrimidine photolyase
C: CPD photolesion containing DNA
D: complementary oligonucleotide to the CPD containing DNA
E: CPD photolesion containing DNA
F: complementary oligonucleotide to the CPD containing DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,6669
ポリマ－127,9996
非ポリマー1,6673
水6,810378
1
A: Deoxyribodipyrimidine photolyase
C: CPD photolesion containing DNA
D: complementary oligonucleotide to the CPD containing DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8815
ポリマ－63,9993
非ポリマー8822
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area21260 Å2
手法PISA
2
B: Deoxyribodipyrimidine photolyase
E: CPD photolesion containing DNA
F: complementary oligonucleotide to the CPD containing DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7854
ポリマ－63,9993
非ポリマー7861
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.470, 115.930, 169.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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CPD photolesion containing ... , 2種, 2分子 CE

#2: DNA鎖 CPD photolesion containing DNA


分子量: 4569.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 CPD photolesion containing DNA


分子量: 4569.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABDF

#1: タンパク質 Deoxyribodipyrimidine photolyase


分子量: 55123.480 Da / 分子数: 2 / 変異: M377T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌)
株: ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F8I5V2
#3: DNA鎖 complementary oligonucleotide to the CPD containing DNA


分子量: 4305.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 381分子

#5: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.24 %
結晶化温度: 296 K / 手法: batch mode / pH: 4.6
詳細: 100 mM Sodium Acetate pH 4.6 250 mM ammonium sulfate 4% PEG4000 (w/v) 50 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESA / 波長: 1.0875 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0875 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→16.78 Å / Num. obs: 87484 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1064.5 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.21
反射 シェル解像度: 2.07→2.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique obs: 4286 / CC1/2: 0.501
Serial crystallography measurementXFEL pulse repetition rate: 100 Hz
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection解説: SwissFEL injector / Filter size: 20 µm / Flow rate: 4.2 µL/min / Injector diameter: 75 µm / Injector temperature: 298 K
Serial crystallography data reductionFrames indexed: 75274

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19_4092: ???)精密化
CrystFELデータ削減
pointlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7YC7

7yc7


解像度: 2.15→16.78 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2432 3843 4.92 %
Rwork0.2337 --
obs0.2342 78141 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→16.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7068 1021 111 379 8579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0148653
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81611992
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7853219
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1171261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051366
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.180.42981510.45672686X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.210.4271440.43912745X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.240.48071290.44022711X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.270.44761480.42052742X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.30.42081490.41822668X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.340.41061610.41512722X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.380.41591410.41152695X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.420.42191690.39442759X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.460.42631320.37552668X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.510.38561230.3812780X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.560.40971520.36712705X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.610.36171380.35822723X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.670.37271520.34532734X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.740.32751390.3452733X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.810.35561350.31792756X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.90.29051500.30542752X-RAY DIFFRACTION100
2.9-2.990.31421250.28762729X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.10.27911370.26312738X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.220.2851590.25922741X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.360.28951250.22662769X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.540.20771210.2022786X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.760.16121530.17722758X-RAY DIFFRACTION100
3.76-4.050.14211150.1492833X-RAY DIFFRACTION100
4.05-4.450.13341290.13172789X-RAY DIFFRACTION100
4.45-5.080.11231870.12222767X-RAY DIFFRACTION100
5.08-6.340.13711290.11972856X-RAY DIFFRACTION100
6.34-16.780.08891500.08452953X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -22.1602 Å / Origin y: -0.8756 Å / Origin z: -14.9442 Å
111213212223313233
T0.1199 Å20.0239 Å20.0093 Å2-0.1457 Å20.0174 Å2--0.1165 Å2
L0.3262 °20.2418 °20.0514 °2-0.713 °20.1535 °2--0.2454 °2
S-0.0286 Å °0.0587 Å °-0.0349 Å °-0.0989 Å °0.0412 Å °-0.0345 Å °0.0302 Å °0.0097 Å °-0.0046 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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