PDB-7yd3: Single-chain variable fragment of app 3D1 antibody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yd3

タイトル

Single-chain variable fragment of app 3D1 antibody

要素

heavy chain of 3D1 scFv
light chain of 3D1 scFv

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Combinatorial antibody library / broad neutralizing mAb

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Yan, L. / Yang, G.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cross-reactive epitopes between HIV and Coronavirus revealed by 3D1
著者: Yan, L. / Yang, G.

履歴

登録	2022年7月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yd3.cif.gz	195.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yd3.ent.gz	153.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yd3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/7yd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/7yd3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7y8jC 7yi6C 6kvfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: heavy chain of 3D1 scFv

L: light chain of 3D1 scFv

A: heavy chain of 3D1 scFv

B: light chain of 3D1 scFv

C: heavy chain of 3D1 scFv

D: light chain of 3D1 scFv

E: heavy chain of 3D1 scFv

F: light chain of 3D1 scFv

ヘテロ分子

99 kDa, 8 ポリマー
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1

H: heavy chain of 3D1 scFv

L: light chain of 3D1 scFv

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
24.7 kDa, 2 ポリマー
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2

A: heavy chain of 3D1 scFv

B: light chain of 3D1 scFv

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: heavy chain of 3D1 scFv

D: light chain of 3D1 scFv

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

E: heavy chain of 3D1 scFv

F: light chain of 3D1 scFv

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.183, 70.490, 74.815
Angle α, β, γ (deg.)	108.830, 93.820, 90.090
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and resid 1 through 120)
2	1	chain C
3	1	chain E
4	1	chain H
1	2	(chain B and resid 3 through 111)
2	2	(chain D and resid 2 through 111)
3	2	chain F
4	2	(chain L and resid 1 through 110)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	SER	SER	(chain A and resid 1 through 120)	A	C	1 - 120	1 - 120
2	1	GLN	GLN	SER	SER	chain C	C	E	1 - 119	1 - 119
3	1	GLN	GLN	SER	SER	chain E	E	G	1 - 119	1 - 119
4	1	GLN	GLN	SER	SER	chain H	H	A	1 - 119	1 - 119
1	2	ALA	ALA	GLY	GLY	(chain B and resid 3 through 111)	B	D	3 - 111	3 - 111
2	2	SER	SER	GLY	GLY	(chain D and resid 2 through 111)	D	F	2 - 111	2 - 111
3	2	SER	SER	LEU	LEU	chain F	F	H	2 - 110	2 - 110
4	2	GLN	GLN	LEU	LEU	(chain L and resid 1 through 110)	L	B	1 - 110	1 - 110

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
抗体 , 2種, 8分子 HACELBDF

#1: 抗体	heavy chain of 3D1 scFv 分子量: 13041.506 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	light chain of 3D1 scFv 分子量: 11459.471 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 644分子

#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 631 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.13 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% 2-propanol, 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→19.92 Å / Num. obs: 155752 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.91 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 2.16→2.24 Å / Num. unique obs: 45947 / CC_1/2: 0.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KVF

6kvf

解像度: 2.16→19.92 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.3 / 位相誤差: 26.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2537	3826	4.36 %
R_work	0.2174	83984	-
obs	0.219	87810	90.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 55.29 Å² / B_iso mean: 18.0401 Å² / B_iso min: 4.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.16→19.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6837	0	61	631	7529
B_iso mean	-	-	20.16	23.02	-
残基数	-	-	-	-	915

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2190	X-RAY DIFFRACTION	10.521	TORSIONAL
1	2	C	2190	X-RAY DIFFRACTION	10.521	TORSIONAL
1	3	E	2190	X-RAY DIFFRACTION	10.521	TORSIONAL
1	4	H	2190	X-RAY DIFFRACTION	10.521	TORSIONAL
2	1	B	1932	X-RAY DIFFRACTION	10.521	TORSIONAL
2	2	D	1932	X-RAY DIFFRACTION	10.521	TORSIONAL
2	3	F	1932	X-RAY DIFFRACTION	10.521	TORSIONAL
2	4	L	1932	X-RAY DIFFRACTION	10.521	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.16-2.19	0.4103	60	0.2832	1389	1449	41
2.19-2.22	0.3237	131	0.275	2573	2704	75
2.22-2.25	0.3607	133	0.2828	3021	3154	86
2.25-2.28	0.346	141	0.2678	3019	3160	87
2.28-2.31	0.3244	129	0.2581	2936	3065	87
2.31-2.35	0.2788	176	0.2476	3297	3473	93
2.35-2.39	0.2828	131	0.2413	3132	3263	94
2.39-2.43	0.2607	155	0.2403	3266	3421	94
2.43-2.47	0.316	153	0.2427	3230	3383	94
2.47-2.52	0.3141	134	0.2428	3238	3372	94
2.52-2.57	0.2894	140	0.2352	3235	3375	93
2.57-2.63	0.304	168	0.2304	3221	3389	93
2.63-2.69	0.2707	162	0.2209	3124	3286	92
2.69-2.76	0.2886	122	0.2261	3241	3363	92
2.76-2.83	0.2764	129	0.2289	3041	3170	89
2.83-2.91	0.2332	134	0.2143	3287	3421	95
2.91-3.01	0.2247	142	0.2122	3236	3378	94
3.01-3.11	0.2303	163	0.2138	3287	3450	95
3.11-3.24	0.2188	138	0.2264	3249	3387	94
3.24-3.38	0.2532	130	0.2131	3299	3429	94
3.38-3.56	0.2659	157	0.2145	3191	3348	94
3.56-3.78	0.2595	160	0.2145	3138	3298	92
3.78-4.07	0.2142	144	0.1873	3316	3460	96
4.07-4.48	0.1962	150	0.1623	3313	3463	95
4.48-5.12	0.1801	154	0.1649	3243	3397	95
5.12-6.41	0.2257	137	0.1967	3248	3385	94
6.41-19.92	0.2403	153	0.2401	3214	3367	93

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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