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- PDB-7ycj: Crystal structure of Vac8 bound to Vac17 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ycj
タイトルCrystal structure of Vac8 bound to Vac17
要素
  • Vacuolar protein 8
  • vacuole-related protein 17
キーワードCELL CYCLE / Vacuole-inheritance
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleus-vacuole junction assembly / Cvt vesicle assembly / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex / protein localization to membrane raft / establishment of organelle localization / nucleus-vacuole junction / vacuole inheritance / vacuole fusion, non-autophagic / ribophagy / pexophagy ...nucleus-vacuole junction assembly / Cvt vesicle assembly / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex / protein localization to membrane raft / establishment of organelle localization / nucleus-vacuole junction / vacuole inheritance / vacuole fusion, non-autophagic / ribophagy / pexophagy / protein localization to phagophore assembly site / piecemeal microautophagy of the nucleus / protein-containing complex localization / fungal-type vacuole membrane / nuclear outer membrane / phagophore assembly site / autophagosome assembly / protein-membrane adaptor activity / macroautophagy / lipid metabolic process / autophagy / nuclear membrane / membrane raft / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vacuole-related protein 17 / Vacuole-related protein 17 / Vacuolar protein 8 / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
vacuole-related protein 17 / Vacuolar protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Kim, H. / Kim, H. / Lee, C.
資金援助 韓国, 3件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2021M3A9G8022417 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2022R1A2C1007314 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2021R1A2C2009550 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Vac8 bound to Vac17
著者: Kim, H. / Park, J. / Kim, H. / Ko, N. / Park, J. / Lee, C. / Jun, Y.
履歴
登録2022年7月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar protein 8
B: vacuole-related protein 17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3322
ポリマ－61,3322
非ポリマー00
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area24640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.446, 147.446, 121.514
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Vacuolar protein 8


分子量: 55469.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: VAC8, YEB3, YEL013W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39968
#2: タンパク質 vacuole-related protein 17 / Vacuole-specific MYO2 receptor VAC17


分子量: 5862.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: VAC17, YCL063W, YCL63W/YCL62W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25591
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 25% (w/v) SOKALAN cp42, 100 mM, Tris-HCl pH 8.5, 100 mM sarcosine

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9919 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 38976 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Num. unique obs: 38976 / CC1/2: 0.365

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XJG

5xjg


解像度: 2.101→36.862 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 22.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2233 1947 5 %
Rwork0.1875 37025 -
obs0.1893 38972 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.57 Å2 / Biso mean: 47.1867 Å2 / Biso min: 19.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.101→36.862 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4097 0 0 182 4279
Biso mean---48.55 -
残基数----536
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1012-2.15370.35261360.3292257999
2.1537-2.21190.28431360.2823260499
2.2119-2.2770.30431390.24962623100
2.277-2.35050.2511360.22942597100
2.3505-2.43450.26591390.21682617100
2.4345-2.53190.27811380.20382630100
2.5319-2.64720.2471370.19012610100
2.6472-2.78670.22421390.18462628100
2.7867-2.96120.24341380.17852639100
2.9612-3.18970.2151410.18342665100
3.1897-3.51050.20231390.18862652100
3.5105-4.01790.21721410.16692681100
4.0179-5.06010.17171420.14782698100
5.0601-36.8620.20381460.1739280299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.75790.1761-0.47652.6617-0.02192.58820.11530.40690.0276-0.5022-0.1239-0.22650.46270.5557-0.02240.44990.22320.03140.54590.03580.302343.437276.471918.5235
20.6741-1.53130.27842.9129-1.261.1498-0.1738-0.01950.16010.12560.07110.0975-0.6302-0.38830.05070.52690.1092-0.1540.3263-0.05110.447647.383948.815732.7981
32.5082-0.51391.91760.2971-0.42812.2228-0.02080.1952-0.0848-0.008-0.0063-0.00740.05180.35070.02890.2757-0.0044-0.02420.255-0.01110.280777.502823.742747.0067
44.211.6376-2.93332.30640.61783.8905-0.07260.1733-0.22750.29540.0853-0.58680.03740.0633-0.36920.5169-0.1475-0.20020.6113-0.0650.592368.99629.705762.5993
53.6587-2.33981.75918.75222.15772.3358-0.01970.01660.71880.451-0.5606-0.2104-0.10180.14120.47110.4357-0.0946-0.07270.3957-0.00790.376364.046238.233745.9539
60.5655-0.3785-0.78580.45160.70721.2671-0.33180.35680.30420.9692-0.4723-1.0927-0.68920.31470.93610.8338-0.344-0.42510.7515-0.00710.86352.916457.679421.6062
74.1592-1.51184.4918.0988-1.97595.19190.32280.58460.0761-0.7223-0.96070.18270.2066-0.11650.03510.69810.3116-0.00010.5824-0.03610.308936.927579.36525.6542
86.1466-3.9513.55065.3297-0.54023.1318-0.04570.17060.801-0.1695-0.6124-0.44540.31890.41810.23030.64630.23740.06430.60770.01330.388134.133192.2822-1.0275
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 14 through 139 )A14 - 139
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 140 through 264 )A140 - 264
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 265 through 515 )A265 - 515
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 289 through 294 )B289 - 294
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 295 through 304 )B295 - 304
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 305 through 331 )B305 - 331
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 332 through 339 )B332 - 339
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 340 through 344 )B340 - 344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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