PDB-7ycf: HYDROXYNITRILE LYASE FROM THE MILLIPEDE, Oxidus gracilis IN ACETO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ycf

タイトル

HYDROXYNITRILE LYASE FROM THE MILLIPEDE, Oxidus gracilis IN ACETONITRILE

要素

Hydroxynitrile lyase

キーワード

LYASE

機能・相同性

lyase activity / 2-HYDROXY-2-METHYLPROPANENITRILE / Hydroxynitrile lyase

機能・相同性情報

生物種

Oxidus gracilis (ヤケヤスデ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Chaikaew, S. / Watanabe, Y. / Zheng, D. / Motojima, F. / Asano, Y.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Site-Directed Mutagenesis of Hydroxynitrile Lyase from Cyanogenic Millipede, Oxidus gracilis for Hydrocyanation and Henry Reactions.
著者: Chaikaew, S. / Watanabe, Y. / Zheng, D. / Motojima, F. / Yamaguchi, T. / Asano, Y.

履歴

登録	2022年7月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ycf.cif.gz	266.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ycf.ent.gz	211.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ycf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ycf_validation.pdf.gz	8.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ycf_full_validation.pdf.gz	8.4 MB	表示
XML形式データ	7ycf_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	7ycf_validation.cif.gz	42.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/7ycf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/7ycf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yaxC 7ycbC 7ycdC 7yctC 6kfeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hydroxynitrile lyase

B: Hydroxynitrile lyase

C: Hydroxynitrile lyase

D: Hydroxynitrile lyase

ヘテロ分子

83.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.110, 123.110, 129.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-384- HOH
2	1	C-385- HOH
3	1	C-386- HOH

#1: タンパク質	Hydroxynitrile lyase 分子量: 20383.896 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oxidus gracilis (ヤケヤスデ) / 遺伝子: OgraHNL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Z5XCT7
#2: 化合物	ChemComp-CNH / 2-HYDROXY-2-METHYLPROPANENITRILE / ACETONE CYANOHYDRIN / アセトンシアノヒドリン分子量: 85.104 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.84 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS containing 2.0 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年8月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→61.56 Å / Num. obs: 73724 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.01→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.302 / Num. unique obs: 4511

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KFE

6kfe

解像度: 2.01→53.365 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 3.164 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.117 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2028	3594	4.876 %
R_work	0.1729	70114	-
all	0.174	-	-
obs	-	73708	99.362 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.328 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.611 Å²	0.305 Å²	0 Å²
2-	-	0.611 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.981 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→53.365 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5072	0	145	350	5567

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.011	5363
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4567
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.69	1.665	7351
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.564	1.551	10707
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.745	5	654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.881	10	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.264	10	790
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.953	10	258
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	804
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6033
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	983
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	4337
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	2536
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	2628
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.339	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.121	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.134	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.949	3.193	2619
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.949	3.193	2619
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.901	4.77	3272
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.901	4.77	3273
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.546	3.609	2744
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.12	3.55	2708
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.172	5.26	4079
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.913	5.173	4026
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.555	43.07	5783
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.424	41.911	5711

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.06	0.277	277	0.231	5155	X-RAY DIFFRACTION	99.2146
2.06-2.117	0.27	228	0.228	5056	X-RAY DIFFRACTION	100
2.117-2.178	0.234	253	0.209	4942	X-RAY DIFFRACTION	99.9808
2.178-2.245	0.223	249	0.197	4808	X-RAY DIFFRACTION	99.9802
2.245-2.318	0.236	240	0.194	4622	X-RAY DIFFRACTION	99.9589
2.318-2.399	0.224	208	0.186	4503	X-RAY DIFFRACTION	99.9788
2.399-2.49	0.24	240	0.186	4302	X-RAY DIFFRACTION	99.956
2.49-2.591	0.23	215	0.175	4165	X-RAY DIFFRACTION	99.7949
2.591-2.706	0.225	195	0.185	4014	X-RAY DIFFRACTION	99.7866
2.706-2.838	0.189	194	0.174	3823	X-RAY DIFFRACTION	99.6774
2.838-2.991	0.181	180	0.166	3621	X-RAY DIFFRACTION	99.633
2.991-3.172	0.227	177	0.183	3431	X-RAY DIFFRACTION	99.2845
3.172-3.39	0.201	167	0.173	3216	X-RAY DIFFRACTION	99.2664
3.39-3.66	0.189	129	0.161	3010	X-RAY DIFFRACTION	99.0221
3.66-4.008	0.178	150	0.16	2735	X-RAY DIFFRACTION	98.6662
4.008-4.478	0.164	114	0.136	2506	X-RAY DIFFRACTION	98.2009
4.478-5.164	0.164	133	0.134	2166	X-RAY DIFFRACTION	97.9548
5.164-6.31	0.204	94	0.164	1832	X-RAY DIFFRACTION	97.4696
6.31-8.862	0.19	103	0.161	1417	X-RAY DIFFRACTION	96.6306

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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