PDB-7ycd: HYDROXYNITRILE LYASE FROM THE MILLIPEDE, Oxidus gracilis bound wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ycd

タイトル

HYDROXYNITRILE LYASE FROM THE MILLIPEDE, Oxidus gracilis bound with (R)-(+)-ALPHA-HYDROXYBENZENE-ACETONITRILE

要素

Hydroxynitrile lyase

キーワード

LYASE

機能・相同性

lyase activity / (2R)-hydroxy(phenyl)ethanenitrile / Hydroxynitrile lyase

機能・相同性情報

生物種

Oxidus gracilis (ヤケヤスデ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Chaikaew, S. / Watanabe, Y. / Zheng, D. / Motojima, F. / Asano, Y.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Site-Directed Mutagenesis of Hydroxynitrile Lyase from Cyanogenic Millipede, Oxidus gracilis for Hydrocyanation and Henry Reactions.
著者: Chaikaew, S. / Watanabe, Y. / Zheng, D. / Motojima, F. / Yamaguchi, T. / Asano, Y.

履歴

登録	2022年7月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ycd.cif.gz	263.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ycd.ent.gz	208.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ycd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/7ycd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/7ycd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yaxC 7ycbC 7ycfC 7yctC 6kfeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hydroxynitrile lyase

B: Hydroxynitrile lyase

C: Hydroxynitrile lyase

D: Hydroxynitrile lyase

ヘテロ分子

83.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.430, 123.430, 129.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-384- HOH
2	1	A-385- HOH
3	1	A-386- HOH

#1: タンパク質	Hydroxynitrile lyase 分子量: 20383.896 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oxidus gracilis (ヤケヤスデ) / 遺伝子: OgraHNL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Z5XCT7
#2: 化合物	ChemComp-MXN / (2R)-hydroxy(phenyl)ethanenitrile / (R)-mandelonitrile / (R)-マンデロニトリル分子量: 133.147 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₇NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.88 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 2.0 M ammonium sulfate, incubated in 25% (v/v) glycerol with a drop of BA and 2M potassium cyanide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年8月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→64.94 Å / Num. obs: 74395 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.01→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.846 / Num. unique obs: 4496

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KFE

6kfe

解像度: 2.01→40.435 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 5.422 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	3640	4.896 %
R_work	0.2019	70710	-
all	0.203	-	-
obs	-	74350	99.458 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.782 Å²	0.391 Å²	0 Å²
2-	-	0.782 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.538 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→40.435 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5058	0	110	342	5510

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.011	5349
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4511
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.546	1.66	7317
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.526	1.553	10609
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.666	5	656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.262	10	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.716	10	777
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.159	10	258
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	794
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.02	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6088
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	4395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2632
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	329
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.099	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.1	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.078	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.501	4.477	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.501	4.477	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.751	6.696	3270
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.751	6.696	3271
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.537	4.852	2731
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.337	4.815	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.368	7.117	4045
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.171	7.063	4010
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.748	57.079	5834
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.725	56.602	5756

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.06	0.345	278	0.336	5093	X-RAY DIFFRACTION	97.2655
2.06-2.116	0.336	237	0.324	5048	X-RAY DIFFRACTION	98.9145
2.116-2.178	0.353	248	0.302	4921	X-RAY DIFFRACTION	99.0799
2.178-2.244	0.282	253	0.28	4795	X-RAY DIFFRACTION	99.5072
2.244-2.318	0.33	233	0.26	4656	X-RAY DIFFRACTION	99.7959
2.318-2.399	0.27	214	0.248	4532	X-RAY DIFFRACTION	99.8317
2.399-2.489	0.271	242	0.241	4350	X-RAY DIFFRACTION	99.9782
2.489-2.59	0.3	214	0.23	4173	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.705	0.247	192	0.22	4059	X-RAY DIFFRACTION	99.953
2.705-2.836	0.274	211	0.211	3837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.836-2.989	0.219	178	0.207	3685	X-RAY DIFFRACTION	99.9482
2.989-3.169	0.268	168	0.221	3490	X-RAY DIFFRACTION	99.9454
3.169-3.386	0.236	172	0.209	3265	X-RAY DIFFRACTION	99.9709
3.386-3.656	0.253	138	0.19	3056	X-RAY DIFFRACTION	100
3.656-4.001	0.224	151	0.178	2790	X-RAY DIFFRACTION	99.7626
4.001-4.468	0.174	121	0.142	2547	X-RAY DIFFRACTION	99.8503
4.468-5.149	0.178	137	0.138	2236	X-RAY DIFFRACTION	99.9158
5.149-6.281	0.202	95	0.159	1909	X-RAY DIFFRACTION	99.7015
6.281-8.777	0.157	105	0.145	1448	X-RAY DIFFRACTION	98.8542

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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