PDB-7ycb: HYDROXYNITRILE LYASE FROM THE MILLIPEDE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ycb

タイトル

HYDROXYNITRILE LYASE FROM THE MILLIPEDE

要素

Hydroxynitrile lyase

キーワード

LYASE

機能・相同性

lyase activity / benzaldehyde / Hydroxynitrile lyase

機能・相同性情報

生物種

Oxidus gracilis (ヤケヤスデ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Chaikaew, S. / Watanabe, Y. / Zheng, D. / Motojima, F. / Asano, Y.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Site-Directed Mutagenesis of Hydroxynitrile Lyase from Cyanogenic Millipede, Oxidus gracilis for Hydrocyanation and Henry Reactions.
著者: Chaikaew, S. / Watanabe, Y. / Zheng, D. / Motojima, F. / Yamaguchi, T. / Asano, Y.

履歴

登録	2022年7月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ycb.cif.gz	267.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ycb.ent.gz	211.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ycb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ycb_validation.pdf.gz	7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ycb_full_validation.pdf.gz	7 MB	表示
XML形式データ	7ycb_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	7ycb_validation.cif.gz	42.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/7ycb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/7ycb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yaxC 7ycdC 7ycfC 7yctC 6kfeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hydroxynitrile lyase

B: Hydroxynitrile lyase

C: Hydroxynitrile lyase

D: Hydroxynitrile lyase

ヘテロ分子

83.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.160, 123.160, 130.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-397- HOH
2	1	B-398- HOH
3	1	B-399- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Hydroxynitrile lyase 分子量: 20383.896 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oxidus gracilis (ヤケヤスデ) / 遺伝子: OgraHNL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Z5XCT7

-
非ポリマー , 5種, 362分子

#2: 化合物	ChemComp-HBX / benzaldehyde / ベンズアルデヒド分子量: 106.122 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.8 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 2.0 M ammonium sulfate, incubated in 25% glycerol with a drop of benzaldehyde and 2 M potassium cyanide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年8月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→61.58 Å / Num. obs: 74529 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 2.01→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.069 / Num. unique obs: 4631

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KFE

6kfe

解像度: 2.01→49.396 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 5.101 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2349	3631	4.873 %
R_work	0.2061	70882	-
all	0.208	-	-
obs	-	74513	99.893 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.323 Å²	0.162 Å²	0 Å²
2-	-	0.323 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.049 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→49.396 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5072	0	125	339	5536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.011	5357
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.541	1.655	7320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.514	1.552	10659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.923	5	656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.637	10	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.696	10	793
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.57	10	259
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	791
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6106
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	1021
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	4415
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	337
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.216	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.149	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.148	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.503	4.082	2612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.502	4.082	2612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.807	6.102	3260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.806	6.102	3261
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.63	4.448	2745
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.25	4.381	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.165	6.518	4056
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.907	6.42	4003
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.824	53.003	5872
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.827	52.538	5803

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.06	0.358	271	0.347	5254	X-RAY DIFFRACTION	99.9277
2.06-2.116	0.341	240	0.317	5098	X-RAY DIFFRACTION	100
2.116-2.178	0.32	257	0.292	4940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.178-2.245	0.289	247	0.279	4831	X-RAY DIFFRACTION	99.9803
2.245-2.318	0.305	234	0.271	4649	X-RAY DIFFRACTION	99.9795
2.318-2.399	0.284	216	0.261	4535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.399-2.49	0.29	241	0.239	4321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.591	0.297	208	0.224	4183	X-RAY DIFFRACTION	100
2.591-2.706	0.261	193	0.225	4052	X-RAY DIFFRACTION	99.9764
2.706-2.837	0.236	210	0.203	3842	X-RAY DIFFRACTION	99.9507
2.837-2.99	0.233	179	0.212	3675	X-RAY DIFFRACTION	99.9741
2.99-3.171	0.263	170	0.225	3472	X-RAY DIFFRACTION	100
3.171-3.389	0.246	170	0.211	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
3.389-3.659	0.236	136	0.19	3062	X-RAY DIFFRACTION	99.9687
3.659-4.006	0.201	153	0.176	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.8976
4.006-4.475	0.164	121	0.142	2536	X-RAY DIFFRACTION	99.7747
4.475-5.161	0.183	135	0.148	2231	X-RAY DIFFRACTION	99.7891
5.161-6.303	0.189	94	0.157	1884	X-RAY DIFFRACTION	99.5972
6.303-8.842	0.197	104	0.164	1461	X-RAY DIFFRACTION	99.4282

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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