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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yc6 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of D110P mutant of GATase subunit of Methanocaldococcus jannaschii GMP synthetase | |||||||||
![]() | GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] subunit A | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / amidotransferase / succinimide / deamidation / thermostability | |||||||||
機能・相同性 | ![]() GMP synthase activity / GMP synthase (glutamine-hydrolysing) / glutamine metabolic process / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Chandrashekarmath, A. / Bellur, A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of D110P mutant of GATase subunit of Methanocaldococcus jannaschii GMP synthetase 著者: Chandrashekarmath, A. / Bellur, A. / Balaram, H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 425.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7d40S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21033.277 Da / 分子数: 1 / 変異: D110P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.12 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 0.2M Zinc acetate dihydrate, 20% PEG 3350, pH 6.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2022年3月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54179 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→54.63 Å / Num. obs: 9659 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / Num. unique obs: 9659 / CC1/2: 0.995 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7D40 解像度: 2.4→54.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.321 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.4→54.63 Å
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拘束条件 |
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