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- PDB-7yc2: Crystal structure of auxiliary protein in complex with human protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yc2
タイトルCrystal structure of auxiliary protein in complex with human protein
要素
  • ORF
  • Protein zyg-11 homolog B
キーワードVIRAL PROTEIN / auxiliary protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Cul2-RING ubiquitin ligase complex / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein zyg-11 homolog B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gao, X. / Cui, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2024
タイトル: SARS-CoV-2 ORF10 hijacking ubiquitination machinery reveals potential unique drug targeting sites
著者: Zhu, K. / Song, L. / Wang, L. / Hua, L. / Luo, Z. / Wang, T. / Qin, B. / Yuan, S. / Gao, X. / Mi, W. / Cui, S.
履歴
登録2022年6月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein zyg-11 homolog B
B: Protein zyg-11 homolog B
C: Protein zyg-11 homolog B
D: Protein zyg-11 homolog B
E: ORF
F: ORF
G: ORF
H: ORF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,3498
ポリマ－113,3498
非ポリマー00
水00
1
A: Protein zyg-11 homolog B
F: ORF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3372
ポリマ－28,3372
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area10840 Å2
手法PISA
2
B: Protein zyg-11 homolog B
G: ORF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3372
ポリマ－28,3372
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area10720 Å2
手法PISA
3
C: Protein zyg-11 homolog B
E: ORF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3372
ポリマ－28,3372
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area11110 Å2
手法PISA
4
D: Protein zyg-11 homolog B
H: ORF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3372
ポリマ－28,3372
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area10760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.300, 72.800, 127.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Protein zyg-11 homolog B


分子量: 27554.486 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZYG11B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9C0D3
#2: タンパク質・ペプチド
ORF


分子量: 782.884 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.36 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 1.4 M Sodium phosphate monobasic monohydrate/Potassium phosphate dibasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→39.65 Å / Num. obs: 19906 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.36 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Net I/σ(I): 4.13
反射 シェル解像度: 2.89→3.07 Å / Num. unique obs: 6197 / CC1/2: 0.12 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EP0

7ep0


解像度: 2.9→17.05 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2623 981 4.94 %
Rwork0.2498 18888 -
obs0.2504 19869 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.62 Å2 / Biso mean: 68.3244 Å2 / Biso min: 38.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→17.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7885 0 0 0 7885
残基数----979
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-3.050.3881590.36522637279699
3.05-3.240.3151020.338127172819100
3.24-3.490.29861520.299126882840100
3.49-3.840.29051650.266526732838100
3.84-4.380.23421570.231826482805100
4.38-5.490.23771120.229927642876100
5.49-17.050.22681340.20752761289599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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