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万見
- PDB-7ybf: Crystal structure of inner membrane protein Sad1 in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ybf
タイトルCrystal structure of inner membrane protein Sad1 in complex with histone H2A-H2B
要素
  • Histone H2B-alpha,Histone H2A-beta
  • Spindle pole body-associated protein sad1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Heterochromatin / Histone chaperone / Histone / Phase separation
機能・相同性
機能・相同性情報


old mitotic spindle pole body / spindle pole body-nuclear membrane anchor activity / mitotic spindle pole body insertion into the nuclear envelope / Sad1-Kms1 LINC complex / inner plaque of mitotic spindle pole body / centromere clustering at the mitotic interphase nuclear envelope / Condensation of Prophase Chromosomes / HATs acetylate histones / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 ...old mitotic spindle pole body / spindle pole body-nuclear membrane anchor activity / mitotic spindle pole body insertion into the nuclear envelope / Sad1-Kms1 LINC complex / inner plaque of mitotic spindle pole body / centromere clustering at the mitotic interphase nuclear envelope / Condensation of Prophase Chromosomes / HATs acetylate histones / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / meiotic attachment of telomeric heterochromatin to spindle pole body / new mitotic spindle pole body / Oxidative Stress Induced Senescence / meiotic spindle pole body / RMTs methylate histone arginines / Ub-specific processing proteases / HDACs deacetylate histones / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase I Promoter Escape / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Transcriptional regulation by small RNAs / mating-type region heterochromatin / meiotic spindle pole / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / mitotic DNA damage checkpoint signaling / chromosome, subtelomeric region / mitotic spindle pole body / homologous chromosome segregation / interphase microtubule organizing center / rDNA heterochromatin / chromatin-protein adaptor activity / mitotic chromosome condensation / nuclear inner membrane / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / pericentric heterochromatin / protein-membrane adaptor activity / double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of chromatin / nuclear envelope / nucleosome / site of double-strand break / heterochromatin formation / double-strand break repair / protein-macromolecule adaptor activity / microtubule / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / cell division / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SUN domain-containing protein 1-5 / SUN domain profile. / SUN domain / Sad1 / UNC-like C-terminal / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain ...SUN domain-containing protein 1-5 / SUN domain profile. / SUN domain / Sad1 / UNC-like C-terminal / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2A-beta / Histone H2B-alpha / Spindle pole body-associated protein sad1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Sun, W. / Hu, C. / Chen, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB37010303 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The SUN-family protein Sad1 mediates heterochromatin spatial organization through interaction with histone H2A-H2B.
著者: Sun, W. / Dong, Q. / Li, X. / Gao, J. / Ye, X. / Hu, C. / Li, F. / Chen, Y.
履歴
登録2022年6月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H2B-alpha,Histone H2A-beta
B: Histone H2B-alpha,Histone H2A-beta
C: Spindle pole body-associated protein sad1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4423
ポリマ－43,4423
非ポリマー00
水1,74797
1
A: Histone H2B-alpha,Histone H2A-beta
C: Spindle pole body-associated protein sad1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7252
ポリマ－22,7252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone H2B-alpha,Histone H2A-beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7181
ポリマ－20,7181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.804, 61.981, 76.016
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Histone H2B-alpha,Histone H2A-beta / H2B.1 / H2A.2


分子量: 20717.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: htb1, SPCC622.09, hta2, SPAC19G12.06c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04913, UniProt: P04910
#2: タンパク質・ペプチド Spindle pole body-associated protein sad1


分子量: 2006.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: sad1, SPBC12D12.01, SPBC16H5.01c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09825
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.85 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Potassium nitrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月16日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 21380 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.136 / Χ2: 0.915 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 118345
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.15-2.235.50.55221140.7890.2560.610.84999.7
2.23-2.325.20.45120950.8560.2150.5011.05899.7
2.32-2.425.70.34921330.9130.1590.3840.95399.8
2.42-2.555.70.27421330.940.1240.3010.99299.9
2.55-2.715.60.23221450.9510.1070.2570.99599.9
2.71-2.925.40.18121140.9680.0850.2011.01899.8
2.92-3.215.80.15121260.9740.0680.1660.98999.8
3.21-3.685.50.10921610.9830.0510.120.891100
3.68-4.635.70.08721580.990.040.0960.725100
4.63-505.40.08622010.9910.0410.0960.68999.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WNN

4wnn


解像度: 2.15→37.19 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2481 1983 9.43 %
Rwork0.198 19053 -
obs0.2028 21036 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.32 Å2 / Biso mean: 29.6401 Å2 / Biso min: 11.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→37.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2849 0 0 97 2946
Biso mean---35.76 -
残基数----368
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.20.2911330.21891294142795
2.2-2.260.25711370.21061307144495
2.26-2.330.29341340.21191311144597
2.33-2.410.2421470.2011363151099
2.41-2.490.27781380.203813631501100
2.49-2.590.25041470.201113721519100
2.59-2.710.27121260.20631384151099
2.71-2.850.26161480.20381371151999
2.85-3.030.24871360.206613731509100
3.03-3.260.26321470.208813781525100
3.26-3.590.21331410.196913901531100
3.59-4.110.23381490.175513611510100
4.11-5.180.22261480.18561378152699
5.18-37.190.26171520.20071408156099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6306-0.00720.50620.4916-0.3030.44370.03520.13710.14120.0110.0492-0.1629-0.07550.1729-0.00010.12290.01370.01380.18360.01970.20744.1392-11.8484-46.5998
20.4697-0.29140.38160.5106-0.17590.4791-0.1942-0.32480.26030.1921-0.054-0.0459-0.5387-0.4316-0.02580.21760.0086-0.00590.19310.00790.15572.4753-12.5701-29.4629
30.113-0.0062-0.23110.3396-0.14510.2938-0.0822-0.14330.12070.1967-0.0057-0.10460.16790.2571-0.01290.25120.0118-0.02420.20290.01830.140313.4947-18.2316-22.6049
41.40840.7625-0.09921.0765-0.54581.30570.0994-0.1119-0.02020.1886-0.2227-0.33170.16070.2394-0.04070.1542-0.0157-0.00210.18990.02710.217917.2244-12.2687-34.1061
50.2340.02370.29670.3074-0.48630.23520.10320.1110.0613-0.02380.00660.01240.11860.10930.00010.1486-0.00720.00840.1510.00760.14856.3516-19.3427-40.5241
60.2797-0.05840.15040.15220.06780.22760.0841-0.1194-0.10630.14780.31590.3640.3431-0.81960.01470.2368-0.0461-0.01480.25240.04210.1982-8.0657-21.1844-47.2963
70.85321.7018-0.75374.8264-1.22010.8640.45170.15620.2358-0.03850.3271.0940.0602-0.55420.26720.4224-0.0764-0.01490.2224-0.05170.1214-3.9207-25.1631-32.9409
81.1449-0.1711-0.34410.4822-0.33720.2908-0.0867-0.5132-0.17680.1610.1611-0.43340.45650.2685-0.0120.12280.00620.03010.24040.01970.2247-7.4715-29.76587.9151
90.9879-0.48650.172.04060.17340.9067-0.15730.5472-0.9124-0.9211-0.45470.76260.3293-0.3797-0.22650.1136-0.0842-0.13640.0839-0.0770.032-2.0362-29.3748-8.5683
100.83550.1888-0.13840.4521-0.89190.68640.11250.12910.0938-0.0091-0.1659-0.1126-0.17190.27790.00030.22210.0322-0.00360.1848-0.00950.145610.0394-22.6391-4.5982
110.60940.33020.22180.8481-0.2460.29580.0878-0.0183-0.72870.12450.081-0.14180.44360.20080.05680.22570.0638-0.03490.2401-0.05520.38459.1134-36.1843-0.3775
120.5846-0.08110.36110.90010.0020.67450.1024-0.21010.0622-0.05510.0809-0.03890.04390.00740.00240.13490.007-0.00490.14650.03180.1767-6.7583-22.44354.5949
130.1243-0.2401-0.04640.1728-0.27310.29770.27470.51090.4466-0.2332-0.15380.4758-0.3853-0.63860.00330.28680.03820.00040.29920.06250.2898-12.6368-17.4893-4.0185
140.0993-0.10980.00010.28550.14980.36210.5067-0.06860.3538-0.6403-0.3060.1116-0.20530.2250.00860.52-0.07150.0160.38360.05080.3276-2.1001-4.8513-50.3037
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 37 through 58 )A37 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 87 )A59 - 87
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 88 through 106 )A88 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 107 through 161 )A107 - 161
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 162 through 189 )A162 - 189
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 190 through 206 )A190 - 206
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 207 through 216 )A207 - 216
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 37 through 58 )B37 - 58
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 59 through 87 )B59 - 87
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 88 through 126 )B88 - 126
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 127 through 161 )B127 - 161
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 162 through 196 )B162 - 196
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 197 through 215 )B197 - 215
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 112 through 123 )C112 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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