PDB-7ybf: Crystal structure of inner membrane protein Sad1 in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ybf

タイトル

Crystal structure of inner membrane protein Sad1 in complex with histone H2A-H2B

要素

Histone H2B-alpha,Histone H2A-beta
Spindle pole body-associated protein sad1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Heterochromatin / Histone chaperone / Histone / Phase separation

機能・相同性

機能・相同性情報

old mitotic spindle pole body / new mitotic spindle pole body / mitotic spindle pole body localization / Sad1-Kms1 LINC complex / inner plaque of mitotic spindle pole body / centromere clustering at the mitotic interphase nuclear envelope / spindle pole body-nuclear membrane anchor activity / : / meiotic attachment of telomeric heterochromatin to spindle pole body / meiotic spindle pole body ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Sun, W. / Hu, C. / Chen, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The SUN-family protein Sad1 mediates heterochromatin spatial organization through interaction with histone H2A-H2B.
著者: Sun, W. / Dong, Q. / Li, X. / Gao, J. / Ye, X. / Hu, C. / Li, F. / Chen, Y.

履歴

登録	2022年6月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb7ybf.ent.gz	122.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	7ybf_full_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示
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CIF形式データ	7ybf_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/7ybf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/7ybf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8j0hC 4wnnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (10) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Histone H2B-alpha,Histone H2A-beta

B: Histone H2B-alpha,Histone H2A-beta

C: Spindle pole body-associated protein sad1

43.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histone H2B-alpha,Histone H2A-beta

C: Spindle pole body-associated protein sad1

登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
22.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histone H2B-alpha,Histone H2A-beta

登録者が定義した集合体
20.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.804, 61.981, 76.016
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.890, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Histone H2B-alpha,Histone H2A-beta / H2B.1 / H2A.2 分子量: 20717.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: htb1, SPCC622.09, hta2, SPAC19G12.06c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04913, UniProt: P04910
#2: タンパク質・ペプチド	Spindle pole body-associated protein sad1 分子量: 2006.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: sad1, SPBC12D12.01, SPBC16H5.01c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09825
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.85 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Potassium nitrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月16日

放射

モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97853 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 21380 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.123 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.136 / Χ²: 0.915 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 118345

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.15-2.23	5.5	0.552	2114	0.789	0.256	0.61	0.849	99.7
2.23-2.32	5.2	0.451	2095	0.856	0.215	0.501	1.058	99.7
2.32-2.42	5.7	0.349	2133	0.913	0.159	0.384	0.953	99.8
2.42-2.55	5.7	0.274	2133	0.94	0.124	0.301	0.992	99.9
2.55-2.71	5.6	0.232	2145	0.951	0.107	0.257	0.995	99.9
2.71-2.92	5.4	0.181	2114	0.968	0.085	0.201	1.018	99.8
2.92-3.21	5.8	0.151	2126	0.974	0.068	0.166	0.989	99.8
3.21-3.68	5.5	0.109	2161	0.983	0.051	0.12	0.891	100
3.68-4.63	5.7	0.087	2158	0.99	0.04	0.096	0.725	100
4.63-50	5.4	0.086	2201	0.991	0.041	0.096	0.689	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WNN

4wnn

解像度: 2.15→37.19 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2481	1983	9.43 %
R_work	0.198	19053	-
obs	0.2028	21036	98.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.32 Å² / B_iso mean: 29.6401 Å² / B_iso min: 11.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→37.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2849	0	0	97	2946
B_iso mean	-	-	-	35.76	-
残基数	-	-	-	-	368

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.15-2.2	0.291	133	0.2189	1294	1427	95
2.2-2.26	0.2571	137	0.2106	1307	1444	95
2.26-2.33	0.2934	134	0.2119	1311	1445	97
2.33-2.41	0.242	147	0.201	1363	1510	99
2.41-2.49	0.2778	138	0.2038	1363	1501	100
2.49-2.59	0.2504	147	0.2011	1372	1519	100
2.59-2.71	0.2712	126	0.2063	1384	1510	99
2.71-2.85	0.2616	148	0.2038	1371	1519	99
2.85-3.03	0.2487	136	0.2066	1373	1509	100
3.03-3.26	0.2632	147	0.2088	1378	1525	100
3.26-3.59	0.2133	141	0.1969	1390	1531	100
3.59-4.11	0.2338	149	0.1755	1361	1510	100
4.11-5.18	0.2226	148	0.1856	1378	1526	99
5.18-37.19	0.2617	152	0.2007	1408	1560	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6306	-0.0072	0.5062	0.4916	-0.303	0.4437	0.0352	0.1371	0.1412	0.011	0.0492	-0.1629	-0.0755	0.1729	-0.0001	0.1229	0.0137	0.0138	0.1836	0.0197	0.2074	4.1392	-11.8484	-46.5998
2	0.4697	-0.2914	0.3816	0.5106	-0.1759	0.4791	-0.1942	-0.3248	0.2603	0.1921	-0.054	-0.0459	-0.5387	-0.4316	-0.0258	0.2176	0.0086	-0.0059	0.1931	0.0079	0.1557	2.4753	-12.5701	-29.4629
3	0.113	-0.0062	-0.2311	0.3396	-0.1451	0.2938	-0.0822	-0.1433	0.1207	0.1967	-0.0057	-0.1046	0.1679	0.2571	-0.0129	0.2512	0.0118	-0.0242	0.2029	0.0183	0.1403	13.4947	-18.2316	-22.6049
4	1.4084	0.7625	-0.0992	1.0765	-0.5458	1.3057	0.0994	-0.1119	-0.0202	0.1886	-0.2227	-0.3317	0.1607	0.2394	-0.0407	0.1542	-0.0157	-0.0021	0.1899	0.0271	0.2179	17.2244	-12.2687	-34.1061
5	0.234	0.0237	0.2967	0.3074	-0.4863	0.2352	0.1032	0.111	0.0613	-0.0238	0.0066	0.0124	0.1186	0.1093	0.0001	0.1486	-0.0072	0.0084	0.151	0.0076	0.1485	6.3516	-19.3427	-40.5241
6	0.2797	-0.0584	0.1504	0.1522	0.0678	0.2276	0.0841	-0.1194	-0.1063	0.1478	0.3159	0.364	0.3431	-0.8196	0.0147	0.2368	-0.0461	-0.0148	0.2524	0.0421	0.1982	-8.0657	-21.1844	-47.2963
7	0.8532	1.7018	-0.7537	4.8264	-1.2201	0.864	0.4517	0.1562	0.2358	-0.0385	0.327	1.094	0.0602	-0.5542	0.2672	0.4224	-0.0764	-0.0149	0.2224	-0.0517	0.1214	-3.9207	-25.1631	-32.9409
8	1.1449	-0.1711	-0.3441	0.4822	-0.3372	0.2908	-0.0867	-0.5132	-0.1768	0.161	0.1611	-0.4334	0.4565	0.2685	-0.012	0.1228	0.0062	0.0301	0.2404	0.0197	0.2247	-7.4715	-29.7658	7.9151
9	0.9879	-0.4865	0.17	2.0406	0.1734	0.9067	-0.1573	0.5472	-0.9124	-0.9211	-0.4547	0.7626	0.3293	-0.3797	-0.2265	0.1136	-0.0842	-0.1364	0.0839	-0.077	0.032	-2.0362	-29.3748	-8.5683
10	0.8355	0.1888	-0.1384	0.4521	-0.8919	0.6864	0.1125	0.1291	0.0938	-0.0091	-0.1659	-0.1126	-0.1719	0.2779	0.0003	0.2221	0.0322	-0.0036	0.1848	-0.0095	0.1456	10.0394	-22.6391	-4.5982
11	0.6094	0.3302	0.2218	0.8481	-0.246	0.2958	0.0878	-0.0183	-0.7287	0.1245	0.081	-0.1418	0.4436	0.2008	0.0568	0.2257	0.0638	-0.0349	0.2401	-0.0552	0.3845	9.1134	-36.1843	-0.3775
12	0.5846	-0.0811	0.3611	0.9001	0.002	0.6745	0.1024	-0.2101	0.0622	-0.0551	0.0809	-0.0389	0.0439	0.0074	0.0024	0.1349	0.007	-0.0049	0.1465	0.0318	0.1767	-6.7583	-22.4435	4.5949
13	0.1243	-0.2401	-0.0464	0.1728	-0.2731	0.2977	0.2747	0.5109	0.4466	-0.2332	-0.1538	0.4758	-0.3853	-0.6386	0.0033	0.2868	0.0382	0.0004	0.2992	0.0625	0.2898	-12.6368	-17.4893	-4.0185
14	0.0993	-0.1098	0.0001	0.2855	0.1498	0.3621	0.5067	-0.0686	0.3538	-0.6403	-0.306	0.1116	-0.2053	0.225	0.0086	0.52	-0.0715	0.016	0.3836	0.0508	0.3276	-2.1001	-4.8513	-50.3037

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 37 through 58 )	A	37 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 59 through 87 )	A	59 - 87
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 88 through 106 )	A	88 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 107 through 161 )	A	107 - 161
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 162 through 189 )	A	162 - 189
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 190 through 206 )	A	190 - 206
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 207 through 216 )	A	207 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 37 through 58 )	B	37 - 58
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 59 through 87 )	B	59 - 87
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 88 through 126 )	B	88 - 126
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 127 through 161 )	B	127 - 161
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 162 through 196 )	B	162 - 196
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 197 through 215 )	B	197 - 215
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 112 through 123 )	C	112 - 123

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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