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- PDB-7ybf: Crystal structure of inner membrane protein Sad1 in complex with ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ybf | ||||||
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Title | Crystal structure of inner membrane protein Sad1 in complex with histone H2A-H2B | ||||||
![]() |
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / Heterochromatin / Histone chaperone / Histone / Phase separation | ||||||
Function / homology | ![]() old mitotic spindle pole body / new mitotic spindle pole body / mitotic spindle pole body localization / Sad1-Kms1 LINC complex / inner plaque of mitotic spindle pole body / centromere clustering at the mitotic interphase nuclear envelope / spindle pole body-nuclear membrane anchor activity / : / meiotic attachment of telomeric heterochromatin to spindle pole body / meiotic spindle pole body ...old mitotic spindle pole body / new mitotic spindle pole body / mitotic spindle pole body localization / Sad1-Kms1 LINC complex / inner plaque of mitotic spindle pole body / centromere clustering at the mitotic interphase nuclear envelope / spindle pole body-nuclear membrane anchor activity / : / meiotic attachment of telomeric heterochromatin to spindle pole body / meiotic spindle pole body / mating-type region heterochromatin / heterochromatin formation => GO:0031507 / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / mitotic spindle pole body / mitotic DNA damage checkpoint signaling / chromosome, subtelomeric region / nuclear envelope organization / interphase microtubule organizing center / chromatin-protein adaptor activity / rDNA heterochromatin / mitotic chromosome condensation / pericentric heterochromatin / protein-membrane adaptor activity / double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of chromatin / nucleosome / chromatin organization / nuclear envelope / site of double-strand break / microtubule / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / cell division / DNA repair / DNA binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sun, W. / Hu, C. / Chen, Y. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The SUN-family protein Sad1 mediates heterochromatin spatial organization through interaction with histone H2A-H2B. Authors: Sun, W. / Dong, Q. / Li, X. / Gao, J. / Ye, X. / Hu, C. / Li, F. / Chen, Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 155.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 122.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 448.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 20.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8j0hC ![]() 4wnnS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 20717.734 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: 972 / ATCC 24843 / Gene: htb1, SPCC622.09, hta2, SPAC19G12.06c / Production host: ![]() ![]() #2: Protein/peptide | | Mass: 2006.853 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: 972 / ATCC 24843 / Gene: sad1, SPBC12D12.01, SPBC16H5.01c / Production host: ![]() ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M Potassium nitrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: M / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. obs: 21380 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.136 / Χ2: 0.915 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 118345 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4WNN Resolution: 2.15→37.19 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 24.1 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 79.32 Å2 / Biso mean: 29.6401 Å2 / Biso min: 11.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.15→37.19 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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