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- PDB-7ybd: Crystal structure of sliding DNA clamp of Clostridioides difficile -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ybd
タイトルCrystal structure of sliding DNA clamp of Clostridioides difficile
要素Beta sliding clamp
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA replication
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / :
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Hishiki, A. / Okazaki, S. / Hara, K. / Hashimoto, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the sliding DNA clamp from the Gram-positive anaerobic bacterium Clostridioides difficile.
著者: Hishiki, A. / Okazaki, S. / Hara, K. / Hashimoto, H.
履歴
登録2022年6月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7932
ポリマ－41,6431
非ポリマー1501
水2,612145
1
A: Beta sliding clamp
ヘテロ分子

A: Beta sliding clamp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5864
ポリマ－83,2862
非ポリマー3002
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2580 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area34430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.899, 65.233, 81.994
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.105, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-638-

HOH

21A-645-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta sliding clamp


分子量: 41642.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: dnaN, CD630_00020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q18C88
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5, 0.2 M magnesium formate, and 18% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→48.68 Å / Num. obs: 21383 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.13→2.19 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1733 / CC1/2: 0.769 / Rrim(I) all: 0.718 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238 2018/15/10精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.13→41.452 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 6.632 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.201 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2392 1095 -
Rwork0.1786 20287 -
all0.182 --
obs-21382 98.453 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.552 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.133 Å20 Å20.015 Å2
2--0.083 Å20 Å2
3----0.148 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→41.452 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2863 0 10 145 3018
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0122904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.633917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4565357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.34124.69145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.36715569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9691513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022108
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.21267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.22007
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2480.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2160.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3234.091437
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8496.1121791
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8634.6781467
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.3976.7692126
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.16156.3464343
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.1850.331790.2661484X-RAY DIFFRACTION97.6265
2.185-2.2450.33650.2471431X-RAY DIFFRACTION98.0984
2.245-2.310.257840.2351412X-RAY DIFFRACTION98.0984
2.31-2.3810.272830.2211363X-RAY DIFFRACTION98.4343
2.381-2.4590.312730.2131286X-RAY DIFFRACTION97.8402
2.459-2.5450.254760.2251311X-RAY DIFFRACTION98.5785
2.545-2.6410.296770.221247X-RAY DIFFRACTION98.3655
2.641-2.7480.29700.2031182X-RAY DIFFRACTION97.889
2.748-2.870.296630.211132X-RAY DIFFRACTION98.5161
2.87-3.010.275620.1931096X-RAY DIFFRACTION98.8898
3.01-3.1720.224570.1851061X-RAY DIFFRACTION98.6761
3.172-3.3630.203560.165986X-RAY DIFFRACTION98.8615
3.363-3.5940.223460.16937X-RAY DIFFRACTION98.497
3.594-3.8810.212350.158892X-RAY DIFFRACTION99.4635
3.881-4.2480.215390.154808X-RAY DIFFRACTION98.4884
4.248-4.7460.168230.128756X-RAY DIFFRACTION99.4891
4.746-5.4720.173420.153644X-RAY DIFFRACTION99.2764
5.472-6.6810.242340.19559X-RAY DIFFRACTION99.33
6.681-9.3660.245160.141441X-RAY DIFFRACTION99.3478

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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