PDB-7yb8: Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR do...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yb8

タイトル

Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with D-2-hydroxyglutarate and factor X-derived peptide (39mer-4Ser)

要素

Aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase
Coagulation factor X

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase / Dioxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide-aspartate beta-dioxygenase / regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / regulation of protein depolymerization / activation of store-operated calcium channel activity / regulation of cell communication by electrical coupling / junctional sarcoplasmic reticulum membrane / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / sarcoplasmic reticulum lumen / limb morphogenesis / cortical endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Nakashima, Y. / Brewitz, L. / Schofield, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Aspartyl/Asparaginyl beta-hydroxylase (AspH) oxygenase and TPR domains in complex with D-2-hydroxyglutarate and factor X-derived peptide (39mer-4Ser)
著者: Nakashima, Y. / Brewitz, L. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2022年6月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yb8.cif.gz	328.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yb8.ent.gz	224.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yb8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/7yb8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/7yb8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jtcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (4) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (4)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (4)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase

B: Coagulation factor X

ヘテロ分子

54 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.879, 91.063, 122.351
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase / Aspartate beta-hydroxylase / ASP beta-hydroxylase / Peptide-aspartate beta-dioxygenase 分子量: 49405.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASPH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12797, peptide-aspartate beta-dioxygenase
#2: タンパク質・ペプチド	Coagulation factor X 分子量: 4190.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

#1: タンパク質

Aspartyl/asparaginyl beta-hydroxylase / Aspartate beta-hydroxylase / ASP beta-hydroxylase / Peptide-aspartate beta-dioxygenase

分子量: 49405.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASPH / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12797, peptide-aspartate beta-dioxygenase

#2: タンパク質・ペプチド

Coagulation factor X

分子量: 4190.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 123分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物	ChemComp-2HG / (2R)-2-hydroxypentanedioic acid / D-2-ヒドロキシグルタル酸分子量: 148.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.55 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M lithium chloride, 20 % w/v Polyethylene glycol 6,000, 0.1 M Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→91.06 Å / Num. obs: 69097 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / B_iso Wilson estimate: 38.8 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.238 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.248 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 12.9 % / R_merge(I) obs: 3.527 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 1927 / CC_1/2: 0.367 / R_pim(I) all: 1.008 / R_rim(I) all: 3.671 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5JTC

5jtc

解像度: 1.98→50.78 Å / SU ML: 0.3564 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.14
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2479	3494	5.06 %
R_work	0.2191	65603	-
obs	0.2205	69097	92.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→50.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3591	0	12	119	3722

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3714
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4999	5017
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0378	525
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	656
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.6169	1406

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2.01	0.4944	45	0.4181	815	X-RAY DIFFRACTION	28.95
2.01-2.04	0.4343	77	0.402	1393	X-RAY DIFFRACTION	49.35
2.04-2.07	0.4067	99	0.4037	2032	X-RAY DIFFRACTION	71.37
2.07-2.1	0.3809	131	0.3815	2335	X-RAY DIFFRACTION	82.84
2.1-2.13	0.3998	132	0.3724	2525	X-RAY DIFFRACTION	88.27
2.13-2.17	0.3663	142	0.3616	2762	X-RAY DIFFRACTION	94.72
2.17-2.21	0.3545	139	0.3519	2666	X-RAY DIFFRACTION	95.25
2.21-2.25	0.4044	150	0.3462	2840	X-RAY DIFFRACTION	97.55
2.25-2.3	0.3155	148	0.3416	2737	X-RAY DIFFRACTION	98.03
2.3-2.35	0.3663	153	0.3198	2827	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.35-2.4	0.3825	151	0.3009	2839	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.4-2.46	0.3131	152	0.2868	2873	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.46-2.53	0.297	151	0.2636	2799	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.53-2.6	0.2594	150	0.2693	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.69	0.2803	154	0.2569	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.78	0.2578	151	0.2541	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.89	0.2467	150	0.2621	2826	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.89-3.03	0.2632	152	0.2299	2861	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.03-3.19	0.2604	158	0.2218	2827	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.19-3.39	0.2514	147	0.2107	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.65	0.199	151	0.1838	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-4.01	0.1652	152	0.1614	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
4.01-4.59	0.207	150	0.1513	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
4.59-5.79	0.1825	152	0.1587	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
5.79-50.78	0.2217	157	0.1736	2844	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.102177909527	0.191181109556	-0.56239303832	1.15039079771	1.71839304669	1.99833171871	0.235433790606	0.0564897130027	-0.0272613826944	0.0151944543783	-0.0994138747256	0.0421477217871	0.0359452377014	-0.0787775135623	3.6403080407E-5	0.476326952812	0.0823187118642	-0.0712240293892	0.349091590073	-0.0062899931787	0.425499885043	65.1069756507	32.0776853666	50.0668446813
2	1.29147283362	-0.113153338351	1.56766255478	0.546117242033	0.0640548829066	2.66038046772	0.0806412876819	-0.265829353029	-0.0701323235105	0.0822202478595	0.0550646945982	-0.0249997915735	0.212054114652	-0.517258410458	0.00524408719115	0.278403988717	-0.0607161394267	-0.010435553692	0.348816736208	0.0330916014158	0.289399576686	53.3672295991	19.2948084084	16.4717656333
3	0.0118305001079	-0.00723622370902	-0.0121201982928	0.0257373269636	0.00871967391451	0.0098185236805	0.130597969835	0.176513334047	-0.0114499677205	-0.0319290111319	0.0679157846631	0.278597136009	-0.00272311602968	0.0102041937034	-6.93286599248E-5	0.404303517874	-0.0340234669804	0.0412452916944	0.408106478626	-0.00229643125268	0.400528116637	59.9555061663	26.3150096712	23.5184248647
4	0.00692968265095	-0.00584336613316	0.0116897395424	0.00621303249256	0.00118227598909	0.0288724291804	0.0534404219923	0.0664507931936	0.237190873129	0.117278939241	0.0191315760491	-0.212093784107	-0.152183222743	0.154527327108	0.000429323114143	0.434153593414	0.0826458386913	-0.0893543995578	0.494239976231	0.0286474152621	0.580750801078	63.7867547272	23.3683258744	30.6560318779
5	0.0161384421327	-0.0220553931164	0.0114393648324	0.0305341757407	0.00643537974096	0.0321399867528	-0.128951605863	-0.355061306949	0.221625694127	0.630402426698	0.0950698316433	0.145233056492	-0.0780070901847	-0.201834311695	0.000558988977669	0.700119026416	0.144305912281	-0.00330210073781	0.785126904224	-0.0856640391778	0.510242539383	57.557568326	29.3595958002	33.8930272601
6	0.117537009007	0.0150632910486	-0.241512157309	0.00509276574105	-0.0630063876492	0.909587172931	0.103316192313	-0.00666308559226	-0.0319592847453	0.158438980593	-0.0838634884419	0.0692287839236	-0.0152770665013	0.0403126474728	0.000213916874424	0.987763313419	0.223414633271	0.257178970059	0.960174821519	-0.213221010454	0.831845634774	49.9499062926	34.6443766363	42.4584149294

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 330 through 537 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 538 through 758 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 99 through 103 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 104 through 108 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 109 through 113 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 114 through 116 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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