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万見
- PDB-7yb4: Solution structure of homeodomain of EXTRADENTICLE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yb4
タイトルSolution structure of homeodomain of EXTRADENTICLE
要素Homeobox protein extradenticle
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcription factor / Homeotic protein / DNA binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


salivary gland boundary specification / oenocyte development / somatic muscle development / eye development / regulation of cell fate specification / peripheral nervous system development / neuron development / embryonic organ development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex ...salivary gland boundary specification / oenocyte development / somatic muscle development / eye development / regulation of cell fate specification / peripheral nervous system development / neuron development / embryonic organ development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / animal organ morphogenesis / transcription coregulator activity / brain development / RNA polymerase II transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain ...PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Homeobox protein extradenticle
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Acharya, B. / Basak, A.J. / Lee, W. / De, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2020/004984 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure of homeodomain of EXTRADENTICLE
著者: Acharya, B. / Basak, A.J. / Lee, W. / De, S.
履歴
登録2022年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeobox protein extradenticle


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9671
ポリマ－7,9671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Homeobox protein extradenticle / Dpbx


分子量: 7967.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: exd, CG8933 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40427

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
132isotropic13D 1H-15N NOESY
141isotropic13D HBHA(CO)NH
151isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
161isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
181isotropic13D (H)CCH-TOCSY
192isotropic13D 1H-15N TOCSY
1101isotropic13D H(CCO)NH
1112isotropic13D HNCO
1122isotropic13D HN(CO)CA
1132isotropic13D CBCA(CO)NH
1142isotropic13D HN(CA)CB

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.6 mM [U-13C; U-15N] Homeobox protein Extradenticle, 90% H2O/10% D2O13C_15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.6 mM [U-13C; U-15N] Homeobox protein Extradenticle, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMHomeobox protein Extradenticle[U-13C; U-15N]1
0.6 mMHomeobox protein Extradenticle[U-13C; U-15N]2
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: conditions_1 / pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AscendTM / 製造業者: Bruker / モデル: AscendTM / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRFAM-SPARKYLee, Tonelli and Markleyデータ解析
PONDEROSA-C/SLee, Stark and Markleystructure calculation
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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