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- PDB-7yaz: Crystal structure of ZAK in complex with compound YH-186 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yaz
タイトルCrystal structure of ZAK in complex with compound YH-186
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase MLT
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/INHIBITOR / ZAK / Inhibitor / YH-186 / STRUCTURAL PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mitotic DNA damage checkpoint / negative regulation of stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / stalled ribosome sensor activity / GCN2-mediated signaling / cell death / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / protein kinase regulator activity ...positive regulation of mitotic DNA damage checkpoint / negative regulation of stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / stalled ribosome sensor activity / GCN2-mediated signaling / cell death / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / protein kinase regulator activity / positive regulation of programmed cell death / limb development / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / embryonic digit morphogenesis / cellular response to UV-B / pyroptotic inflammatory response / p38MAPK cascade / protein kinase activator activity / MAP kinase kinase kinase activity / stress-activated MAPK cascade / JNK cascade / cytoskeleton organization / DNA damage checkpoint signaling / chromosome segregation / cellular response to gamma radiation / MAPK cascade / ribosome binding / protein autophosphorylation / small ribosomal subunit rRNA binding / cell differentiation / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SAM domain (Sterile alpha motif) / : / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...SAM domain (Sterile alpha motif) / : / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IGV / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 20
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Kong, L.L. / Yun, C.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Rational Design of Covalent Kinase Inhibitors by an Integrated Computational Workflow (Kin-Cov).
著者: Zhou, Y. / Yu, H. / Vind, A.C. / Kong, L. / Liu, Y. / Song, X. / Tu, Z. / Yun, C. / Smaill, J.B. / Zhang, Q.W. / Ding, K. / Bekker-Jensen, S. / Lu, X.
履歴
登録2022年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase MLT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0082
ポリマ－35,3381
非ポリマー6711
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.976, 48.608, 42.881
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.780, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-523-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase MLT / ZAK


分子量: 35337.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZAK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NYL2, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-IGV / ~{N}-[2,4-bis(fluoranyl)-3-[4-[3-[(3~{S})-1-propanoylpyrrolidin-3-yl]oxy-1~{H}-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl]-1,2,3-triazol-1-yl]phenyl]-3-phenyl-benzenesulfonamide


分子量: 670.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H28F2N8O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.05 M Magnesium acetate, 0.05 M Sodium acetate pH 5.0, 28% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→50 Å / Num. obs: 8584 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 17 % / Biso Wilson estimate: 37.18 Å2 / Rpim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 829 / Rpim(I) all: 0.252

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X5O

5x5o


解像度: 2.54→31.27 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2518 384 4.48 %
Rwork0.1835 8180 -
obs0.1866 8564 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.56 Å2 / Biso mean: 42.8447 Å2 / Biso min: 12.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.54→31.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2369 0 0 23 2392
Biso mean---38.49 -
残基数----291
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.54-2.910.32661360.2147263297
2.91-3.660.26621130.19382763100
3.66-4.360.22171350.1681278599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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