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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yaw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ZAK in complex with compound YH-180 | ||||||
要素 | Mitogen-activated protein kinase kinase kinase MLT | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/INHIBITOR / ZAK / Inhibitor / YH-180 / STRUCTURAL PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of mitotic DNA damage checkpoint / negative regulation of stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / stalled ribosome sensor activity / GCN2-mediated signaling / cell death / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of programmed cell death ...positive regulation of mitotic DNA damage checkpoint / negative regulation of stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / stalled ribosome sensor activity / GCN2-mediated signaling / cell death / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of programmed cell death / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / limb development / embryonic digit morphogenesis / cellular response to UV-B / protein kinase activator activity / pyroptotic inflammatory response / p38MAPK cascade / MAP kinase kinase kinase activity / stress-activated MAPK cascade / JNK cascade / cytoskeleton organization / DNA damage checkpoint signaling / chromosome segregation / cellular response to gamma radiation / MAPK cascade / ribosome binding / small ribosomal subunit rRNA binding / protein autophosphorylation / cell differentiation / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Kong, L.L. / Yun, C.H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Rational Design of Covalent Kinase Inhibitors by an Integrated Computational Workflow (Kin-Cov). 著者: Zhou, Y. / Yu, H. / Vind, A.C. / Kong, L. / Liu, Y. / Song, X. / Tu, Z. / Yun, C. / Smaill, J.B. / Zhang, Q.W. / Ding, K. / Bekker-Jensen, S. / Lu, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yaw.cif.gz | 246.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yaw.ent.gz | 202.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yaw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7yaw_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7yaw_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7yaw_validation.xml.gz | 50 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7yaw_validation.cif.gz | 68.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/7yaw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/7yaw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7yazC 5x5oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35337.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZAK 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9NYL2, mitogen-activated protein kinase kinase kinase #2: 化合物 | ChemComp-IGS / ~{ #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.35 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.05 M Magnesium acetate, 0.05 M Sodium acetate pH 5.0, 28% PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→31.69 Å / Num. obs: 83627 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 28.13 Å2 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5784 / Rpim(I) all: 0.487 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5X5O 解像度: 2.1→31.69 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.14 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 105.04 Å2 / Biso mean: 35.2366 Å2 / Biso min: 12.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→31.69 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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