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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ya2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of capsular polysaccharide synthesis enzyme CapG from Staphylococcus aureus | ||||||
![]() | Capsular polysaccharide synthesis enzyme CapG | ||||||
![]() | ISOMERASE / 2-epimerase | ||||||
機能・相同性 | UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase WecB-like / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase domain / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / Capsular polysaccharide synthesis enzyme CapG![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, Y. / Wang, Y.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the capsular polysaccharide-synthesis enzyme CapG from Staphylococcus aureus. 著者: Tien, N. / Ho, C.Y. / Lai, S.J. / Lin, Y.C. / Yang, C.S. / Wang, Y.C. / Huang, W.C. / Chen, Y. / Chang, J.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 444.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 363.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 484.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 563 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 80.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 106.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4hwgS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42905.785 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: Newman / 遺伝子: capG, NWMN_0101, CNH35_00585 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.48 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M ammonium citrate tribasic pH 7.2, 18 % w/v polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 56178 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 9.675 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3.4 % / Num. unique obs: 5591 / CC1/2: 0.591 / CC star: 0.862 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4HWG 解像度: 3.2→25.57 Å / 交差検証法: THROUGHOUT 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 74.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→25.57 Å
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拘束条件 |
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