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- PDB-7y9l: Crystal structure of P450 BM3-2F from Bacillus megaterium in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y9l
タイトルCrystal structure of P450 BM3-2F from Bacillus megaterium in complex with 2-Hydroxy-5-Nitrobenzonitrile
要素Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / synthesis / monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


aromatase activity / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding ...Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Flavoprotein-like superfamily / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
5-nitro-2-oxidanyl-benzenecarbonitrile / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NICKEL (II) ION / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Priestia megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Wang, Q. / Zhang, L.L. / Liu, W.D. / Huang, J.-W. / Yang, Y. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of P450 BM3-2F from Bacillus megaterium in complex with 2-Hydroxy-5-Nitrobenzonitrile
著者: Wang, Q. / Zhang, L.L. / Liu, W.D. / Huang, J.-W. / Yang, Y. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T.
履歴
登録2022年6月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,4908
ポリマ－104,8112
非ポリマー1,6796
水12,322684
1
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2454
ポリマ－52,4061
非ポリマー8393
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA
2
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2454
ポリマ－52,4061
非ポリマー8393
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.014, 146.956, 63.271
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 through 52 or resid 54...
21(chain B and (resid 5 through 40 or (resid 41...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLEULEU(chain A and (resid 5 through 52 or resid 54...AA5 - 525 - 52
12SERSERLEULEU(chain A and (resid 5 through 52 or resid 54...AA54 - 26254 - 262
13ALAALATHRTHR(chain A and (resid 5 through 52 or resid 54...AA264 - 269264 - 269
14GLYGLYGLNGLN(chain A and (resid 5 through 52 or resid 54...AA271 - 403271 - 403
15PHEPHELEULEU(chain A and (resid 5 through 52 or resid 54...AA405 - 455405 - 455
166VP6VP6VP6VP(chain A and (resid 5 through 52 or resid 54...AC1001
21METMETPHEPHE(chain B and (resid 5 through 40 or (resid 41...BB5 - 405 - 40
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 5 through 40 or (resid 41...BB4141
23METMETLEULEU(chain B and (resid 5 through 40 or (resid 41...BB5 - 4555 - 455
24METMETLEULEU(chain B and (resid 5 through 40 or (resid 41...BB5 - 4555 - 455
25METMETLEULEU(chain B and (resid 5 through 40 or (resid 41...BB5 - 4555 - 455
26METMETLEULEU(chain B and (resid 5 through 40 or (resid 41...BB5 - 4555 - 455
27METMETLEULEU(chain B and (resid 5 through 40 or (resid 41...BB5 - 4555 - 455
28METMETLEULEU(chain B and (resid 5 through 40 or (resid 41...BB5 - 4555 - 455
29METMETLEULEU(chain B and (resid 5 through 40 or (resid 41...BB5 - 4555 - 455

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase / Cytochrome P450(BM-3) / Cytochrome P450BM-3 / Fatty acid monooxygenase / Flavocytochrome P450 BM3


分子量: 52405.730 Da / 分子数: 2 / 変異: A82F,A328F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Priestia megaterium (バクテリア)
株: ATCC 14581 / DSM 32 / CCUG 1817 / JCM 2506 / NBRC 15308 / NCIMB 9376 / NCTC 10342 / NRRL B-14308 / VKM B-512 / Ford 19
遺伝子: cyp102A1, cyp102, BG04_163 / プラスミド: pRSF-DuetI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase
#2: 化合物 ChemComp-6VP / 5-nitro-2-oxidanyl-benzenecarbonitrile / 2-hydroxy-5-nitrobenzonitrile


分子量: 164.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H4N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 684 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25-30% PEG 3350, 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月8日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→25 Å / Num. obs: 100707 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 1.981 / Net I/σ(I): 19.3 / Num. measured all: 530937
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.76-1.824.80.42993460.8570.2140.4810.90289.3
1.82-1.95.50.30395420.9420.1390.3341.0391.1
1.9-1.985.50.21498120.9730.0960.2351.18193.1
1.98-2.095.40.14299930.9860.0650.1561.41295.2
2.09-2.225.40.104101240.9920.0480.1151.67396.4
2.22-2.395.30.083102230.9950.0390.0922.10497.3
2.39-2.635.30.067103060.9960.0320.0742.48797.9
2.63-3.015.20.053103880.9970.0250.0592.79598.5
3.01-3.795.10.041104720.9980.020.0452.97999.3
3.79-255.20.038105010.9980.0180.0423.04498.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KPA

4kpa


解像度: 1.76→24.78 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2031 2012 2 %
Rwork0.173 98598 -
obs0.1736 100610 95.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.19 Å2 / Biso mean: 36.5465 Å2 / Biso min: 17.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.76→24.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7250 0 112 684 8046
Biso mean--26.29 42.83 -
残基数----896
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2694X-RAY DIFFRACTION6.016TORSIONAL
12B2694X-RAY DIFFRACTION6.016TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.76-1.820.25272010.239073927489
1.82-1.90.22241890.20219345953491
1.9-1.980.22781770.19789639981693
1.98-2.090.24292130.188397881000195
2.09-2.220.23972030.182999101011396
2.22-2.390.21111960.1784100361023297
2.39-2.630.22322030.181101041030798
2.63-3.010.21362110.1855101721038399
3.01-3.790.19082110.164102601047199
3.79-24.780.17822080.1562102711047998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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