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- PDB-7y9i: Complex structure of AtYchF1 with ppGpp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y9i
タイトルComplex structure of AtYchF1 with ppGpp
要素Obg-like ATPase 1
キーワードHYDROLASE / AtYchF1 / GTP-BINDING PROTEIN / ppGpp / YchF-type / P-Loop NTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of response to salt stress / negative regulation of defense response to bacterium / plasmodesma / ribosomal large subunit binding / response to salt stress / defense response / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding ...negative regulation of response to salt stress / negative regulation of defense response to bacterium / plasmodesma / ribosomal large subunit binding / response to salt stress / defense response / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosome-binding ATPase YchF/Obg-like ATPase 1 / YchF, C-terminal domain / TGS-like domain superfamily / YchF, N-terminal / Protein of unknown function (DUF933) / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. ...Ribosome-binding ATPase YchF/Obg-like ATPase 1 / YchF, C-terminal domain / TGS-like domain superfamily / YchF, N-terminal / Protein of unknown function (DUF933) / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / Beta-grasp domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / Obg-like ATPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Li, X. / Chen, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071210 中国
引用
ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Co-crystalization reveals the interaction between AtYchF1 and ppGpp.
著者: Cheung, M.Y. / Li, X. / Ku, Y.S. / Chen, Z. / Lam, H.M.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: ATP binding by the P-loop NTPase OsYchF1 (an unconventional G protein) contributes to biotic but not abiotic stress responses
著者: Cheung, M.-Y. / Li, X. / Miao, R. / Fong, Y.-H. / Li, K.-P. / Yung, Y.-L. / Yu, M.-H. / Wong, K.-B. / Chen, Z. / Lam, M.-H.
履歴
登録2022年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Obg-like ATPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1633
ポリマ－44,5361
非ポリマー6272
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.460, 111.500, 52.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Obg-like ATPase 1 / Ribosome-binding ATPase YchF / AtYchF1


分子量: 44536.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: YchF1, At1g30580, T5I8.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9SA73, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-G4P / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / guanosine tetraphosphate;ppGpp / ppGpp


タイプ: RNA linking / 分子量: 603.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N5O17P4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50.01 Å / Num. obs: 26569 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.07→2.12 Å / Num. unique obs: 1922 / Rpim(I) all: 0.392

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EE0

5ee0


解像度: 2.07→50.005 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 5.971 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.168 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2355 1367 5.154 %
Rwork0.2056 25155 -
all0.207 --
obs-26522 99.853 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 48.867 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.63 Å20 Å2-0 Å2
2---0.066 Å20 Å2
3---2.696 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→50.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2785 0 37 61 2883
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0132885
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172701
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4251.6583925
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2531.5846182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5215360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.3222.029138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.22315463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7271517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02667
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.2522
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1650.22266
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1580.21418
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.21297
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.150.213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1770.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1220.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.085.1491446
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.085.1461445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3397.7131804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3387.7151805
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6755.4871439
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6735.4871438
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6188.0812121
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6188.0822122
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.85160.0393098
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.82860.0063092
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.07-2.1240.348970.32718210.32819230.6620.70799.740.308
2.124-2.1820.339930.29517880.29718840.7160.76199.84080.27
2.182-2.2450.3351060.28617030.28818110.7690.80899.88960.253
2.245-2.3140.271790.26817060.26917890.8570.84599.77640.234
2.314-2.390.316800.25316390.25617200.8440.87799.94190.223
2.39-2.4730.258940.24515890.24516850.8860.90199.88130.213
2.473-2.5660.349820.25115290.25516130.8710.90699.8760.216
2.566-2.6710.276720.24614790.24815540.9050.91299.8070.219
2.671-2.7890.312710.23514390.23915100.90.9241000.205
2.789-2.9250.204660.22113560.2214250.9340.93499.78950.198
2.925-3.0830.232770.23713040.23613820.9140.91799.92760.221
3.083-3.2690.292660.22512240.22812920.8970.92399.84520.217
3.269-3.4930.277670.21311600.21712280.9130.93999.91860.212
3.493-3.7720.221640.19910780.20111420.9440.9541000.204
3.772-4.1290.184560.179990.17110550.9680.9671000.183
4.129-4.6130.175690.1459020.1479720.9690.97699.89710.166
4.613-5.3190.235470.1548280.1588750.9470.9721000.181
5.319-6.4960.17380.2197000.2167380.9530.9491000.251
6.496-9.110.209280.1995640.1995930.9580.95999.83140.248
9.11-50.0050.234150.1673470.173670.9570.97498.63760.232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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