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万見
- PDB-7y9g: Crystal structure of diterpene synthase VenA from Streptomyces ve... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y9g
タイトルCrystal structure of diterpene synthase VenA from Streptomyces venezuelae ATCC 15439 in complex with pyrophosphate
要素Diterpene synthase VenA
キーワードLYASE / pyrophosphate / terpenoids
機能・相同性Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYROPHOSPHATE 2-
機能・相同性情報
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Zhang, L.L. / Xie, Z.Z. / Huang, J.-W. / Hu, Y.C. / Liu, W.D. / Yang, Y. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Molecular insights into the catalytic promiscuity of a bacterial diterpene synthase.
著者: Li, Z. / Zhang, L. / Xu, K. / Jiang, Y. / Du, J. / Zhang, X. / Meng, L.H. / Wu, Q. / Du, L. / Li, X. / Hu, Y. / Xie, Z. / Jiang, X. / Tang, Y.J. / Wu, R. / Guo, R.T. / Li, S.
履歴
登録2022年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diterpene synthase VenA
B: Diterpene synthase VenA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,14930
ポリマ－83,1832
非ポリマー1,96528
水7,746430
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.789, 92.789, 81.048
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Diterpene synthase VenA


分子量: 41591.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS QGF19026.1.
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

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非ポリマー , 7種, 458分子

#2: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG SMEAR MEDIUM; 0.1M HEPES; pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34138 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→36.02 Å / Num. obs: 40733 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.49 % / Rmerge(I) obs: 0.0652 / Net I/σ(I): 10.43
反射 シェル解像度: 2.18→2.21 Å / 冗長度: 3.44 % / Rmerge(I) obs: 0.4139 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 1690 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SAINTデータ削減
SAINTデータスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TBD

6tbd


解像度: 2.18→36.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 6.783 / SU ML: 0.167 / SU R Cruickshank DPI: 0.2542 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 2077 5.3 %RANDOM
Rwork0.1749 ---
obs0.1783 36822 95.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.27 Å2 / Biso mean: 40.118 Å2 / Biso min: 20.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20.05 Å20 Å2
2--0.09 Å2-0 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.18→36.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5161 0 118 462 5741
Biso mean--58.74 44.25 -
残基数----655
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0135405
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4641.6477252
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3111.57211287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9115652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.23420.272331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.11515822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2151559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021280
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.237 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 151 -
Rwork0.256 2375 -
all-2526 -
obs--83.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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