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- PDB-7y9b: Crystal structure of the membrane (M) protein of a SARS-COV-2-rel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y9b
タイトルCrystal structure of the membrane (M) protein of a SARS-COV-2-related coronavirus
要素Membrane protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / M protein / SARS-COV-2 related
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / structural constituent of virion / virus-mediated perturbation of host defense response / viral envelope / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
M matrix/glycoprotein, MERS-like-CoV / M matrix/glycoprotein, coronavirus / Coronavirus M matrix/glycoprotein / Coronavirus membrane (Cov-M) protein profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pipistrellus bat coronavirus HKU5 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.214 Å
データ登録者Wang, X. / Sun, Z. / Zhou, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770783 中国
引用ジャーナル: Pnas Nexus / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of the membrane (M) protein from a bat betacoronavirus.
著者: Wang, X. / Yang, Y. / Sun, Z. / Zhou, X.
履歴
登録2022年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年11月23日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / struct / struct_asym / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.title / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _struct.title
解説: Ligand identity
詳細: One reviewer pointed out that an ammonium ion placement in the original model was not conclusive, and suggested us to remove the ammonium ion. Therefore, we have removed the ammonium ion and ...詳細: One reviewer pointed out that an ammonium ion placement in the original model was not conclusive, and suggested us to remove the ammonium ion. Therefore, we have removed the ammonium ion and have updated the coordinate file accordingly.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.32023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.42023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane protein
B: Membrane protein
C: Membrane protein
D: Membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,3228
ポリマ－98,9204
非ポリマー1,4024
水724
1
A: Membrane protein
B: Membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1614
ポリマ－49,4602
非ポリマー7012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7390 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area18330 Å2
手法PISA
2
C: Membrane protein
D: Membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1614
ポリマ－49,4602
非ポリマー7012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area18310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.569, 66.571, 112.628
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Membrane protein / M protein / E1 glycoprotein / Matrix glycoprotein / Membrane glycoprotein


分子量: 24729.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pipistrellus bat coronavirus HKU5 (ウイルス)
遺伝子: M, 5 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A3EXD6
#2: 化合物
ChemComp-N8E / 3,6,9,12,15-PENTAOXATRICOSAN-1-OL / N-OCTYLPENTAOXYETHYLENE / PENTAETHYLENE GLYCOL MONOOCTYL ETHER / OCTYLPENTAGLYCOL N-OCTYLPENTAOXYETHYLENE / ペンタエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 350.491 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O6 / コメント: C8E5, 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8.8
詳細: 300 mM ammonium formate, 50 mM Tris-HCl pH 8.8, 35% PEG 500 MME, 7.1 mM pentaethylene glycol monooctyl ether

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.194→48.878 Å / Num. obs: 16908 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 58.69 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 56567
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.194-3.2523.20.69726928460.7640.4530.8351.691.9
8.904-48.8783.10.03525808440.9980.0250.04319.395.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7Y96

7y96


解像度: 3.214→37.09 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2931 766 4.62 %
Rwork0.2709 --
obs0.2719 16586 94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.214→37.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5928 0 96 4 6028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026201
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4128427
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4413598
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04969
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003999
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.214-3.46180.33481620.32493117X-RAY DIFFRACTION94
3.4618-3.80990.33761630.30063072X-RAY DIFFRACTION93
3.8099-4.36040.30371510.27273050X-RAY DIFFRACTION91
4.3604-5.49080.27381490.25933255X-RAY DIFFRACTION97
5.4908-37.090.23921410.23793326X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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