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万見
- PDB-7y96: Crystal structure of the carboxy-terminal domain of a coronavirus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y96
タイトルCrystal structure of the carboxy-terminal domain of a coronavirus M protein fused with a split GFP
要素Green fluorescent protein,Membrane protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / M protein / Cytosolic domain / SARS-COV-2 related
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / structural constituent of virion / viral envelope / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
M matrix/glycoprotein, MERS-like-CoV / M matrix/glycoprotein, coronavirus / Coronavirus M matrix/glycoprotein / Coronavirus membrane (Cov-M) protein profile. / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane protein / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Pipistrellus bat coronavirus HKU5 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.415 Å
データ登録者Wang, X. / Sun, Z. / Zhou, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770783 中国
引用ジャーナル: Pnas Nexus / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of the membrane (M) protein from a bat betacoronavirus.
著者: Wang, X. / Yang, Y. / Sun, Z. / Zhou, X.
履歴
登録2022年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年5月31日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein,Membrane protein
B: Green fluorescent protein,Membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2362
ポリマ－76,2362
非ポリマー00
水00
1
A: Green fluorescent protein,Membrane protein

B: Green fluorescent protein,Membrane protein

A: Green fluorescent protein,Membrane protein

B: Green fluorescent protein,Membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,4724
ポリマ－152,4724
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation8_455x-y-1,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.020, 82.020, 427.841
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and (resid 2 through 232 or resid 242 through 322))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER

Dom-IDComponent-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAchain AAA2 - 3222 - 320
21ARGARG(chain B and (resid 2 through 232 or resid 242 through 322))BB2 - 2322 - 230
22ALAALA(chain B and (resid 2 through 232 or resid 242 through 322))BB242 - 322240 - 320

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein,Membrane protein / M protein / E1 glycoprotein / Matrix glycoprotein / Membrane glycoprotein


分子量: 38118.020 Da / 分子数: 2 / 断片: carboxy-terminal domain / 変異: R30S,Y39N,M153T,V163A,I171A,A206V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Pipistrellus bat coronavirus HKU5 (ウイルス)
遺伝子: GFP, M, 5 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P42212, UniProt: A3EXD6
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 0.4 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.3, PEG 3350 27%, 0.5% ethyl acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→46.33 Å / Num. obs: 11907 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 70.96 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.169 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 52103
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.4-3.4624.50.56326985960.8210.280.6322.793.9
9.437-46.3340.04123615950.9970.0220.0472380.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B3Q

2b3q


解像度: 3.415→38.292 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2646 555 4.72 %
Rwork0.2397 11207 -
obs0.2409 11762 93.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.48 Å2 / Biso mean: 65.0833 Å2 / Biso min: 38.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.415→38.292 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4890 0 0 0 4890
残基数----623
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2764X-RAY DIFFRACTION14.067TORSIONAL
12B2764X-RAY DIFFRACTION14.067TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.4151-3.75850.35811330.3035275996
3.7585-4.30170.26191430.2554277096
4.3017-5.41730.2131440.204278594
5.4173-38.2920.26911350.2299289390
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3029-0.93970.43182.5267-1.0131.61520.2383-0.31640.1664-0.9004-0.56480.3034-0.22460.2684-0.07850.56350.1473-0.1270.96170.0350.8213-43.61822.3214-18.7378
24.3371-1.46661.30081.7533-1.12851.5695-0.3397-0.85170.93420.21770.4444-0.5732-0.10780.5554-0.07420.31850.03060.00970.9383-0.13440.7871-51.539910.4752-17.7306
31.4364-0.60560.84630.2208-0.27710.92020.07860.30930.1850.1229-0.1206-0.1057-0.13280.1695-0.00870.61760.0299-0.10080.53310.00610.5106-79.2723-6.2621-13.8779
41.03680.1899-0.52882.7531-1.01923.0437-0.07080.1391-0.2867-0.6319-0.2358-0.5210.3-0.38560.23330.70850.1065-0.04240.34460.01320.4054-91.0376-11.2941-20.377
51.33330.47750.63161.54121.01230.7210.0258-0.06660.1542-0.1538-0.0989-0.0629-0.33170.1330.03540.48570.09160.00940.7232-0.08990.6301-56.118310.1265-28.6447
61.0992-0.46810.04181.4578-0.21531.3965-0.5013-1.0970.16360.43380.13480.0111-0.335-0.16860.28570.56260.21450.00981.1839-0.01840.7907-57.07223.4384-11.8587
72.29920.01780.76341.73320.2112.90490.11810.10010.29940.0825-0.09860.1976-0.3372-0.23670.00170.35790.14710.06540.27490.01610.3519-15.949622.5121-19.2586
80.3842-0.278-0.37380.10970.2910.35750.046-0.0504-0.0739-0.0560.0551-0.0264-0.07740.2096-0.11950.5470.03110.00340.6170.02110.48955.19150.765-10.4582
92.00430.01710.7261.0659-0.64391.5809-0.3243-0.8920.24280.14330.8416-0.40050.54320.5464-0.1960.57880.11230.06581.08950.08670.5649-9.601119.0998-0.5874
101.12690.2371-0.26512.2344-0.07771.30590.0809-0.02230.01410.0513-0.2036-0.1768-0.24880.03410.0660.3820.09970.01720.46480.11530.3618-10.356818.4343-16.595
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 22 )A2 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 147 )A23 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 148 through 192 )A148 - 192
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 193 through 231 )A193 - 231
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 232 through 293 )A232 - 293
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 294 through 322 )A294 - 322
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 138 )B2 - 138
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 139 through 231 )B139 - 231
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 232 through 254 )B232 - 254
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 255 through 322 )B255 - 322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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