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- PDB-7y8v: Crystal structure of AlbEF homolog mutant (AlbF-H54A/H58A) from Q... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7y8v

タイトル

Crystal structure of AlbEF homolog mutant (AlbF-H54A/H58A) from Quasibacillus thermotolerans

要素

AlbE homolog
AlbF homolog H54A/H58A mutant

キーワード

HYDROLASE / Subtilosin Biosynthesis / M16B Metalloprotease / Macrocyclase

機能・相同性

PHOSPHATE ION / : / :

機能・相同性情報

生物種

Quasibacillus thermotolerans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ishida, K. / Nakamura, A. / Kojima, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the AlbEF complex involved in subtilosin A biosynthesis.
著者: Ishida, K. / Nakamura, A. / Kojima, S.

履歴

登録	2022年6月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7y8v.cif.gz	385.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7y8v.ent.gz	261.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7y8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7y8v_validation.pdf.gz	464.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7y8v_full_validation.pdf.gz	475.4 KB	表示
XML形式データ	7y8v_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	7y8v_validation.cif.gz	36.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/7y8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/7y8v	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7y8uSC 7y8xC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

E: AlbE homolog

F: AlbF homolog H54A/H58A mutant

ヘテロ分子

89.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.423, 136.423, 119.001
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質	AlbE homolog 分子量: 45754.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Quasibacillus thermotolerans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A837GIQ1
#2: タンパク質	AlbF homolog H54A/H58A mutant 分子量: 42495.230 Da / 分子数: 1 / Mutation: H54A,H58A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Quasibacillus thermotolerans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A837GEN5
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: sodium/potassium phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→44.84 Å / Num. obs: 57022 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.2 % / B_iso Wilson estimate: 50.47 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 25.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 9.9 % / R_merge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 4391 / CC_1/2: 0.971 / R_pim(I) all: 0.153 / R_rim(I) all: 0.483 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS	20190315	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
MOLREP	11.7.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7Y8U

7y8u

解像度: 2.3→41.92 Å / SU ML: 0.2933 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.1 / 位相誤差: 25.3194
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2331	2681	4.71 %
R_work	0.1999	54292	-
obs	0.2014	56973	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5863	0	63	58	5984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	6057
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.506	8169
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0414	906
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0035	1033
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.712	2238

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.34	0.3462	105	0.2733	2859	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.34-2.39	0.3001	138	0.2549	2820	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.39-2.44	0.2342	139	0.2488	2825	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.44-2.49	0.2742	129	0.2363	2837	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.49-2.55	0.2906	158	0.2335	2798	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.55-2.61	0.2924	169	0.2372	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.61-2.68	0.2599	184	0.2295	2800	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.68-2.76	0.2843	133	0.2384	2833	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.76-2.85	0.2739	111	0.2565	2878	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.85-2.95	0.2925	141	0.2662	2847	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.95-3.07	0.273	123	0.239	2877	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.07-3.21	0.2563	129	0.223	2834	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.21-3.38	0.2523	150	0.2145	2864	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.38-3.59	0.2719	142	0.2071	2866	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.59-3.87	0.2129	127	0.1897	2891	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.87-4.25	0.2101	144	0.1729	2872	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.26-4.87	0.1937	152	0.1503	2884	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.87-6.13	0.2178	150	0.1934	2910	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.13-41.92	0.197	157	0.1789	3022	X-RAY DIFFRACTION	99.72

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.02059416236	-3.53246413373	-0.978747921189	8.5775921738	1.99384869451	5.52929839125	0.11046188955	-0.842760932053	0.240550072604	0.896633735578	0.0717943603599	-0.412596194638	-0.43485840811	0.141075437964	-0.220460918773	0.7524566622	0.00867725629783	0.00330565123866	0.66151835373	0.0486771993422	0.386075655597	70.9650922805	1.88139384714	37.1184105384
2	6.36624927694	4.93468303074	-5.68687820414	7.3682119422	-3.084902598	5.57558243169	-1.18483479498	-0.373391866326	-1.03877351948	-0.296754730975	0.293633143914	-0.298579416385	1.31439630572	1.44767683239	0.637507581875	0.561516881805	0.121054214786	0.131177845535	0.442547767167	0.0262692459004	0.597070044212	75.9338204735	-9.11184322938	24.8146725688
3	7.83721414899	-1.2412238288	0.741729622841	7.40388169477	-0.281412737393	7.89248523025	0.705570256783	0.160101136047	1.07731503339	-0.262274486886	-0.588988918574	-0.170398988958	-0.701653318002	0.0637785944012	-0.238892923905	0.51431322138	-0.0182432749893	0.0941262625153	0.205520772426	0.0133453979369	0.368437254428	68.9812657887	5.12331921491	24.6103583501
4	0.584710875503	-0.190512914762	-1.07060324928	0.0524331548842	0.351968742017	2.09673546841	0.327725089378	-1.15583850605	-0.620932713654	1.30134812269	1.98920523049	3.67040474829	-0.0506473531718	-0.654153390969	-2.21072890072	1.0989608762	0.226693151205	0.0779081873909	0.846161775635	0.359327653231	1.83429098307	49.0258775897	12.402610355	18.3717622286
5	2.03735044301	-2.65532054424	1.62544597901	6.45238943178	-1.64125868142	4.93630985244	0.177802321219	0.805397966329	-0.014819633805	-1.30682990987	-0.280693556393	0.0799705426674	0.285015157767	0.0290877178948	0.107110378673	0.844934645309	-0.0577283763389	-0.046460058709	0.433163369806	0.0426862833952	0.405568160199	65.0933666272	11.796376271	9.6348907164
6	3.15423506187	-4.29479139099	-1.1125103797	7.06894822933	-1.13253700526	5.10151346737	-0.342432572764	1.4299935739	0.103347805203	-0.871514463963	-0.0409207733948	-0.26872445001	0.0296428407348	0.159248117392	0.230173502532	0.811635251216	-0.0816190980093	0.0640439877817	0.430131234696	0.0414541116689	0.447982410334	71.9233896863	4.74715325084	14.6279608857
7	7.75982452896	4.54451318968	-2.00257689926	3.8237308792	-3.86987157171	6.73839670641	-0.229033589901	-0.201305336527	1.16780353091	-0.078295845231	0.111438307006	1.69457167747	-1.23553683931	-1.06601762897	-0.0227204212255	0.573163208719	0.0718579425183	-0.136950347145	0.593667161718	0.135295540026	0.982942576132	51.8639238685	4.1317494313	22.0269320111
8	4.07880800024	-5.31333896093	1.10812479393	7.02473308134	-0.954003811908	1.6970286409	-0.0533846771765	-0.331525691065	-0.148565442203	-0.352172378256	0.0406763644095	0.142590436509	-0.0654580793482	-0.165648411873	0.0461023538243	0.686830715206	0.00211046865996	-0.00370532948528	0.342307682738	-0.0189678443188	0.448297350864	68.0742423208	5.39082950749	20.4181220372
9	4.78334289397	-5.03641048503	-2.76225794479	5.57755654026	4.30754998907	7.42101598957	-1.36319609546	-0.31193112859	0.656673105246	1.92220584303	0.72601898155	-1.53519603273	-0.13395258566	1.23597986286	0.408893139305	0.818102456744	0.0522382729919	-0.0590331958535	0.542088072717	0.115968199299	0.780185252775	84.3944152915	3.64901884849	21.8232568453
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53	5.35496848492	2.68204722863	-1.84038048234	4.20187199977	-4.04370068375	4.0211585137	0.0755239789707	0.0422140198943	0.235818026114	-0.206123837293	-0.262432494665	1.10016207319	0.0113251864112	-0.683344824752	0.166454522529	0.522882340815	-0.0464183941275	0.0752831291789	0.358168283627	-0.0666187798969	0.427252095592	77.8353304331	-10.1424314221	14.0390448231
54	4.435278596	2.79557464788	0.735812488838	4.30123515678	-1.44770559583	6.55262553742	0.061822620303	-0.161139994032	0.130617420372	-0.234204655849	-0.238533929138	0.0493770624141	0.1766343279	0.0923311674661	0.198702680811	0.456184840567	-0.014934418983	0.0138405416351	0.367898355425	0.0142058046565	0.381461825479	80.7929862789	-19.9756398274	9.25249461466
55	3.36006077981	1.32360081918	-0.508685336677	6.68144814095	-4.43140521486	8.40428314111	0.0864293224316	0.186772840185	-0.104807177501	-0.231001661479	-0.370440056776	-0.26384119534	-0.553292321933	0.576514670635	0.316199033401	0.501444322749	-0.105733878117	0.035571899706	0.605694175957	-0.0238491074156	0.501728780991	92.3429985564	-11.8281724143	6.82585789841
56	5.37319759993	2.57079872697	5.45373958169	6.9321837147	2.66537837195	5.5381368604	0.291944561381	1.01340969201	-0.386768532584	-0.235270327106	0.284426359295	-0.132264468605	0.735524774207	1.9288834857	-0.372340465732	0.75298191989	-0.0040562173053	0.0798675237272	0.696260739513	0.0570293964941	0.568973820494	90.5107870872	-11.4765256496	-14.8577867114

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'E' and (resid -2 through 7 )	E	A	-2 - 7	1 - 10
2	2	chain 'E' and (resid 8 through 13 )	E	A	8 - 13	11 - 16
3	3	chain 'E' and (resid 14 through 21 )	E	A	14 - 21	17 - 24
4	4	chain 'E' and (resid 22 through 32 )	E	A	22 - 32	25 - 35
5	5	chain 'E' and (resid 33 through 50 )	E	A	33 - 50	36 - 53
6	6	chain 'E' and (resid 51 through 63 )	E	A	51 - 63	54 - 66
7	7	chain 'E' and (resid 64 through 69 )	E	A	64 - 69	67 - 72
8	8	chain 'E' and (resid 70 through 77 )	E	A	70 - 77	73 - 80
9	9	chain 'E' and (resid 78 through 90 )	E	A	78 - 90	81 - 93
10	10	chain 'E' and (resid 91 through 101 )	E	A	91 - 101	94 - 104
11	11	chain 'E' and (resid 102 through 109 )	E	A	102 - 109	105 - 112
12	12	chain 'E' and (resid 110 through 125 )	E	A	110 - 125	113 - 128
13	13	chain 'E' and (resid 126 through 140 )	E	A	126 - 140	129 - 143
14	14	chain 'E' and (resid 141 through 160 )	E	A	141 - 160	144 - 163
15	15	chain 'E' and (resid 161 through 178 )	E	A	161 - 178	164 - 181
16	16	chain 'E' and (resid 179 through 184 )	E	A	179 - 184	182 - 187
17	17	chain 'E' and (resid 185 through 188 )	E	A	185 - 188	188 - 191
18	18	chain 'E' and (resid 189 through 192 )	E	A	189 - 192	192 - 195
19	19	chain 'E' and (resid 193 through 206 )	E	A	193 - 206	196 - 209
20	20	chain 'E' and (resid 207 through 217 )	E	A	207 - 217	210 - 220
21	21	chain 'E' and (resid 222 through 234 )	E	A	222 - 234	222 - 234
22	22	chain 'E' and (resid 235 through 250 )	E	A	235 - 250	235 - 250
23	23	chain 'E' and (resid 251 through 264 )	E	A	251 - 264	251 - 264
24	24	chain 'E' and (resid 269 through 276 )	E	A	269 - 276	265 - 272
25	25	chain 'E' and (resid 277 through 280 )	E	A	277 - 280	273 - 276
26	26	chain 'E' and (resid 281 through 286 )	E	A	281 - 286	277 - 282
27	27	chain 'E' and (resid 290 through 308 )	E	A	290 - 308	286 - 304
28	28	chain 'E' and (resid 309 through 330 )	E	A	309 - 330	305 - 326
29	29	chain 'E' and (resid 331 through 341 )	E	A	331 - 341	327 - 337
30	30	chain 'E' and (resid 342 through 346 )	E	A	342 - 346	338 - 342
31	31	chain 'E' and (resid 347 through 359 )	E	A	347 - 359	343 - 355
32	32	chain 'E' and (resid 360 through 369 )	E	A	360 - 369	356 - 365
33	33	chain 'E' and (resid 370 through 378 )	E	A	370 - 378	366 - 374
34	34	chain 'F' and (resid 2 through 14 )	F	B	2 - 14	1 - 13
35	35	chain 'F' and (resid 15 through 29 )	F	B	15 - 29	14 - 28
36	36	chain 'F' and (resid 30 through 34 )	F	B	30 - 34	29 - 33
37	37	chain 'F' and (resid 35 through 46 )	F	B	35 - 46	34 - 45
38	38	chain 'F' and (resid 47 through 51 )	F	B	47 - 51	46 - 50
39	39	chain 'F' and (resid 52 through 117 )	F	B	52 - 117	51 - 116
40	40	chain 'F' and (resid 118 through 133 )	F	B	118 - 133	117 - 132
41	41	chain 'F' and (resid 154 through 164 )	F	B	154 - 164	133 - 143
42	42	chain 'F' and (resid 165 through 186 )	F	B	165 - 186	144 - 165
43	43	chain 'F' and (resid 187 through 200 )	F	B	187 - 200	166 - 179
44	44	chain 'F' and (resid 201 through 220 )	F	B	201 - 220	180 - 199
45	45	chain 'F' and (resid 221 through 227 )	F	B	221 - 227	200 - 206
46	46	chain 'F' and (resid 228 through 232 )	F	B	228 - 232	207 - 211
47	47	chain 'F' and (resid 233 through 243 )	F	B	233 - 243	212 - 222
48	48	chain 'F' and (resid 244 through 254 )	F	B	244 - 254	223 - 233
49	49	chain 'F' and (resid 255 through 260 )	F	B	255 - 260	234 - 239
50	50	chain 'F' and (resid 261 through 274 )	F	B	261 - 274	240 - 253
51	51	chain 'F' and (resid 275 through 294 )	F	B	275 - 294	254 - 273
52	52	chain 'F' and (resid 295 through 309 )	F	B	295 - 309	274 - 288
53	53	chain 'F' and (resid 310 through 319 )	F	B	310 - 319	289 - 298
54	54	chain 'F' and (resid 320 through 334 )	F	B	320 - 334	299 - 313
55	55	chain 'F' and (resid 335 through 347 )	F	B	335 - 347	314 - 326
56	56	chain 'F' and (resid 348 through 364 )	F	B	348 - 364	327 - 343

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