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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7y8o | ||||||
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タイトル | Structure of ScIRED-R3-V4 from Streptomyces clavuligerus in complex with 5-(3-fluorophenyl)-3,4-dihydro-2H-pyrrole | ||||||
要素 | SciR | ||||||
キーワード | HYDROLASE/INHIBITOR / substrate binding / HYDROLASE-inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2-[2,5-bis(fluoranyl)phenyl]pyrrolidine 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces clavuligerus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, L.L. / Liu, W.D. / Shi, M. / Huang, J.W. / Yang, Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Structure of ScIRED-R3-V4 from Streptomyces clavuligerus in complex with 5-(3-fluorophenyl)-3,4-dihydro-2H-pyrrole 著者: Zhang, L.L. / Liu, W.D. / Shi, M. / Huang, J.W. / Yang, Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T. #1: ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022 タイトル: Engineered Imine Reductase for Larotrectinib Intermediate Manufacture 著者: Chen, Q. / Li, B.B. / Zhang, L. / Chen, X.R. / Zhu, X.X. / Chen, F.F. / Shi, M. / Chen, C.C. / Yang, Y. / Guo, R.T. / Liu, W. / Xu, J.H. / Zheng, G.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7y8o.cif.gz | 125.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7y8o.ent.gz | 96.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7y8o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7y8o_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7y8o_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7y8o_validation.xml.gz | 25.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7y8o_validation.cif.gz | 36.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/7y8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/7y8o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4oqyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30417.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-Q0R / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.59 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15% Polyethylene glycol 6000, 0.1 M 2-(4-Morpholino) ethanesulfonic acid pH 6.5, 5% 2-methyl-1,3-propanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.34138 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→34.7 Å / Num. obs: 43563 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 2186 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4OQY 解像度: 2.3→34.58 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.43 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 98.07 Å2 / Biso mean: 27.98 Å2 / Biso min: 13.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→34.58 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %
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