+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7y87 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | class I diterpene synthase mutant (CyS-C59A) from Streptomyces cattleya | ||||||
![]() | Putative glutamate dehydrogenase/leucine dehydrogenase | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / class I diterpene synthase mutant (CyS-C59A) from Streptomyces cattleya | ||||||
機能・相同性 | terpene synthase activity / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily / metal ion binding / Putative glutamate dehydrogenase/leucine dehydrogenase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xing, B. / Ma, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure Based Mutagenesis of Cattleyene Synthase Leads to the Generation of Rearranged Polycyclic Diterpenes. 著者: Xing, B. / Xu, H. / Li, A. / Lou, T. / Xu, M. / Wang, K. / Xu, Z. / Dickschat, J.S. / Yang, D. / Ma, M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 65.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 433.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7y50SC ![]() 7y88C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42018.492 Da / 分子数: 1 / 変異: C59A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 35852 / DSM 46488 / JCM 4925 / NBRC 14057 / NRRL 8057 遺伝子: SCATT_p16530 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 0.49 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.91 M Potassium phosphate dibasic, pH 6.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→29.3 Å / Num. obs: 98052 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.26 / Num. unique obs: 17379 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7y50 解像度: 2.3→29.3 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.16 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.47 Å2 / Biso mean: 19.473 Å2 / Biso min: 2.57 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→29.3 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|